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万見
- PDB-4jzu: Crystal structure of the Bacillus subtilis pyrophosphohydrolase B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jzu
タイトルCrystal structure of the Bacillus subtilis pyrophosphohydrolase BsRppH bound to a non-hydrolysable triphosphorylated dinucleotide RNA (pcp-pGpG) - first guanosine residue in guanosine binding pocket
要素
  • RNA (5'-R(*(GCP)P*G)-3')
  • RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE/RNA / Nudix hydrolase / RNA pyrophosphohydrolase / RppH / cytosol / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside triphosphatase YtkD / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Nucleoside triphosphatase YtkD / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Putative 8-oxo-dGTP diphosphatase YtkD
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Piton, J. / Larue, V. / Thillier, Y. / Dorleans, A. / Pellegrini, O. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Vasseur, J.J. / Debart, F. / Tisne, C. / Condon, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Bacillus subtilis RNA deprotection enzyme RppH recognizes guanosine in the second position of its substrates.
著者: Piton, J. / Larue, V. / Thillier, Y. / Dorleans, A. / Pellegrini, O. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Vasseur, J.J. / Debart, F. / Tisne, C. / Condon, C.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE
B: RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE
C: RNA (5'-R(*(GCP)P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1224
ポリマ－37,8843
非ポリマー2381
水3,945219
1
A: RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE
C: RNA (5'-R(*(GCP)P*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3442
ポリマ－19,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7792
ポリマ－18,5401
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.377, 137.288, 34.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE / 8-oxo-dGTPase / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase / dGTP pyrophosphohydrolase


分子量: 18540.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU30630, mutTA, ytkD / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35013, 8-oxo-dGTP diphosphatase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*(GCP)P*G)-3')


分子量: 803.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes pH 7.5, 25% PEG 1000, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月10日
放射モノクロメーター: DIAMOND (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.76 Å / Num. all: 31819 / Num. obs: 30642 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4543 / % possible all: 90.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNTBUSTER 2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STRUCTURE OF BSRPPH E68A

解像度: 1.7→21.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9616 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2089 1553 5.08 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.184 30581 95.03 %-
原子変位パラメータBiso max: 140.43 Å2 / Biso mean: 39.8196 Å2 / Biso min: 20.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6258 Å20 Å20 Å2
2--2.0339 Å20 Å2
3---0.5918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.231 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→21.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2550 36 15 219 2820
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d963SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes364HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2670HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion310SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3210SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2670HARMONIC20.011
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3592HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.31
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 121 4.84 %
Rwork0.2174 2378 -
all0.2204 2499 -
obs--95.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8812-0.38730.46891.92-0.53221.57620.0353-0.1649-0.14470.00180.06840.11620.0549-0.1599-0.1037-0.0752-0.0128-0.0037-0.07920.0177-0.071612.068619.981210.2258
21.44521.40570.21945.24680.61340.9812-0.04690.0061-0.26870.080.1325-0.31080.14370.0381-0.0857-0.0342-0.0157-0.0009-0.0944-0.0051-0.0735-17.017215.7062-6.3702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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