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万見
- PDB-4cn2: Crystal Structure of the Human Retinoid X Receptor DNA-Binding Do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cn2
タイトルCrystal Structure of the Human Retinoid X Receptor DNA-Binding Domain Bound to the Human Ramp2 Response Element
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*DC *TP*CP*AP)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*DC *AP*AP*TP)-3'
  • RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX / NUCLEAR RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine metabolism / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Retinoic acid receptor RXR-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.069 Å
データ登録者McEwen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Osz, J. / Rochel, N.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Natural Promoter Recognition by the Retinoid X Nuclear Receptor.
著者: Osz, J. / Mcewen, A.G. / Poussin-Courmontagne, P. / Moutier, E. / Birck, C. / Davidson, I. / Moras, D. / Rochel, N.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*DC *AP*AP*TP)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*DC *TP*CP*AP)-3'
C: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
D: RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,70720
ポリマ－30,9394
非ポリマー76916
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.234, 43.952, 63.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*AP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*DC *AP*AP*TP)-3'


分子量: 5266.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*AP*DC *TP*CP*AP)-3'


分子量: 5146.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 RETINOIC ACID RECEPTOR RXR-ALPHA / NUCLEAR RECEPTOR SUBFAMILY 2 GROUP B MEMBER 1 / RETINOID X RECEPTOR ALPHA / RETINOID X RECEPTOR


分子量: 10262.926 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 130-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHXGW / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793

-
非ポリマー , 5種, 172分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M NH4CL, 0.1M MGCL2, 0.1M MES PH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.283
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月8日 / 詳細: TOROIDAL MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→25 Å / Num. obs: 18563 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 26.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.06→2.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 70.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DSZ

1dsz


解像度: 2.069→23.898 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 1616 5.1 %
Rwork0.1648 --
obs0.1674 18563 87.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.014 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2178 Å2-0 Å2-7.7875 Å2
2---2.4683 Å20 Å2
3---1.2504 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.069→23.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1332 691 27 156 2206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1643029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.79897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0692-2.130.2732890.21311496X-RAY DIFFRACTION53
2.13-2.19870.21911190.20551999X-RAY DIFFRACTION71
2.1987-2.27730.27171230.20512307X-RAY DIFFRACTION81
2.2773-2.36840.25781490.17532605X-RAY DIFFRACTION94
2.3684-2.47610.2411820.16832675X-RAY DIFFRACTION95
2.4761-2.60640.23881450.18722710X-RAY DIFFRACTION96
2.6064-2.76950.27281560.18092769X-RAY DIFFRACTION97
2.7695-2.9830.2671350.18512783X-RAY DIFFRACTION98
2.983-3.28250.21721150.16842781X-RAY DIFFRACTION98
3.2825-3.75590.19161460.14932713X-RAY DIFFRACTION95
3.7559-4.7260.16671270.13272540X-RAY DIFFRACTION90
4.726-23.90010.17561300.15492467X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79560.4502-0.10330.54660.20020.95010.1-0.2512-0.4150.2940.2199-0.23940.69570.0940.22180.46560.007-0.0960.13280.10290.176325.481814.900152.8709
20.686-0.39550.34910.9985-0.09950.5097-0.1233-0.04030.09950.06220.1001-0.0952-0.17310.04310.01610.13760.01620.02720.098-0.00690.158513.869639.202335.0897
30.4588-0.71330.31341.0726-0.24640.7012-0.2131-0.4281-0.1930.31030.30680.1629-0.0942-0.4114-0.0960.19470.03760.01510.29230.05720.190413.267430.246948.9802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN D
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN C
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A) OR (CHAIN B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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