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- PDB-4cmx: Crystal structure of Rv3378c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cmx
タイトルCrystal structure of Rv3378c
要素RV3378C
キーワードNUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine tuberculosinyltransferase / (13S)-vitexifolin A synthase activity / tuberculosinol biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / response to host immune response / phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tuberculosinyl adenosine transferase / Tuberculosinyl adenosine transferase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Layre, E. / Lee, H.J. / Young, D.C. / Martinot, A.J. / Buter, J. / Minnaard, A.J. / Annand, J.W. / Fortune, S.M. / Snider, B.B. / Matsunaga, I. ...Layre, E. / Lee, H.J. / Young, D.C. / Martinot, A.J. / Buter, J. / Minnaard, A.J. / Annand, J.W. / Fortune, S.M. / Snider, B.B. / Matsunaga, I. / Rubin, E.J. / Alber, T. / Moody, D.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular Profiling of Mycobacterium Tuberculosis Identifies Tuberculosinyl Nucleoside Products of the Virulence-Associated Enzyme Rv3378C.
著者: Layre, E. / Lee, H.J. / Young, D.C. / Jezek Martinot, A. / Buter, J. / Minnaard, A.J. / Annand, J.W. / Fortune, S.M. / Snider, B.B. / Matsunaga, I. / Rubin, E.J. / Alber, T. / Moody, D.B.
履歴
登録2014年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RV3378C
B: RV3378C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4629
ポリマ－68,1432
非ポリマー1,3197
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.460, 94.231, 94.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RV3378C


分子量: 34071.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O50407, UniProt: P9WJ61*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BHC / BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID / メリト酸


分子量: 342.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H6O12
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 1-3 ARE DISORDERED RESIDUES 1-3 AND 277-278 ARE DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1111
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 26204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY CODE 4CMV

4cmv


解像度: 2.36→48.154 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 1984 7.6 %
Rwork0.1638 --
obs0.1695 26204 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→48.154 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4744 0 91 256 5091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1166733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1131859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006881
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.4190.2761390.19581686X-RAY DIFFRACTION100
2.419-2.48440.33011360.1931721X-RAY DIFFRACTION100
2.4844-2.55750.2841410.18981709X-RAY DIFFRACTION100
2.5575-2.64010.261340.18651693X-RAY DIFFRACTION100
2.6401-2.73440.26361440.18621705X-RAY DIFFRACTION100
2.7344-2.84390.2751420.17121717X-RAY DIFFRACTION100
2.8439-2.97330.30231400.17571707X-RAY DIFFRACTION100
2.9733-3.130.28221390.18211716X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.32610.25571420.16341723X-RAY DIFFRACTION100
3.3261-3.58280.20691410.14991732X-RAY DIFFRACTION100
3.5828-3.94320.1991430.13491736X-RAY DIFFRACTION100
3.9432-4.51350.18221430.13271749X-RAY DIFFRACTION100
4.5135-5.68510.21611480.14771760X-RAY DIFFRACTION100
5.6851-48.16390.24251520.1921866X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10420.24720.12452.04470.22921.3173-0.0112-0.1557-0.04010.13710.0145-0.165-0.04050.1025-0.01090.14730.0215-0.0190.20320.02040.167319.55152.1655-20.8617
20.63850.37320.30560.6450.47242.14050.00750.13020.0171-0.1231-0.0068-0.0709-0.02090.0546-0.0140.19030.03340.02280.17820.01240.215213.07580.839-35.2145
30.9080.56220.00631.7783-0.76141.1060.1343-0.09850.03910.3694-0.12620.09040.107-0.24060.01340.2773-0.04140.0060.3015-0.03070.1474-4.0882-7.0643-11.0305
41.5838-0.2022-0.221.56130.04861.3409-0.0185-0.1080.2041-0.0499-0.05750.25210.014-0.21680.0590.13660.02220.00940.2612-0.07890.3205-19.7051-0.613-24.3641
51.5270.1396-0.37980.79980.07341.69470.1090.3040.0426-0.2196-0.09530.1971-0.066-0.1343-0.01170.19980.0771-0.03650.2035-0.02210.2263-10.97941.122-37.3668
60.70060.36220.10831.48030.37350.56230.1193-0.21490.1720.3124-0.24960.2546-0.0716-0.09080.07710.25420.00210.03840.3066-0.03050.19341.43689.1504-10.8389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 4 THROUGH 114 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 115 THROUGH 236 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 237 THROUGH 296 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 4 THROUGH 113 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 114 THROUGH 236 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 237 THROUGH 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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