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万見
- PDB-4cmv: Crystal structure of Rv3378c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cmv
タイトルCrystal structure of Rv3378c
要素DITERPENE SYNTHASE
キーワードHYDROLASE / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine tuberculosinyltransferase / (13S)-vitexifolin A synthase activity / tuberculosinol biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / response to host immune response / phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Tuberculosinyl adenosine transferase / Tuberculosinyl adenosine transferase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Layre, E. / Lee, H.J. / Young, D.C. / Martinot, A.J. / Buter, J. / Minnaard, A.J. / Annand, J.W. / Fortune, S.M. / Snider, B.B. / Matsunaga, I. ...Layre, E. / Lee, H.J. / Young, D.C. / Martinot, A.J. / Buter, J. / Minnaard, A.J. / Annand, J.W. / Fortune, S.M. / Snider, B.B. / Matsunaga, I. / Rubin, E.J. / Alber, T. / Moody, D.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular Profiling of Mycobacterium Tuberculosis Identifies Tuberculosinyl Nucleoside Products of the Virulence-Associated Enzyme Rv3378C.
著者: Layre, E. / Lee, H.J. / Young, D.C. / Jezek Martinot, A. / Buter, J. / Minnaard, A.J. / Annand, J.W. / Fortune, S.M. / Snider, B.B. / Matsunaga, I. / Rubin, E.J. / Alber, T. / Moody, D.B.
履歴
登録2014年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DITERPENE SYNTHASE
B: DITERPENE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,12617
ポリマ－68,1432
非ポリマー2,98315
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-295.8 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.705, 94.983, 111.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DITERPENE SYNTHASE / ISOTUBERCULOSINOL SYNTHASE / NOSYBERKOL SYNTHASE / TUBERCULOSINOL SYNTHASE / RV3378C


分子量: 34071.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O50407, UniProt: P9WJ61*PLUS, EC: 3.1.7.9, EC: 3.1.7.8
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUES 1-3, 82-88, AND 296 ARE DISORDERED RESIDUES 1-2, 81-86, AND 295-296 ARE DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.0083
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 51789 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.307→49.317 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1388 5 %
Rwork0.1885 --
obs0.1906 27535 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.307→49.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4641 0 51 251 4943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1716522
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6931754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.307-2.38950.27181220.22012530X-RAY DIFFRACTION98
2.3895-2.48510.2861500.22062553X-RAY DIFFRACTION100
2.4851-2.59820.28441300.21792582X-RAY DIFFRACTION100
2.5982-2.73520.25371310.19912601X-RAY DIFFRACTION100
2.7352-2.90660.27541520.19952584X-RAY DIFFRACTION100
2.9066-3.13090.23481340.19662594X-RAY DIFFRACTION100
3.1309-3.44590.26071510.18822605X-RAY DIFFRACTION100
3.4459-3.94440.21331170.16432664X-RAY DIFFRACTION100
3.9444-4.96880.17031580.15082636X-RAY DIFFRACTION100
4.9688-49.32830.22071430.212798X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.110.84270.46752.07620.81032.6329-0.09210.3828-0.1308-0.1320.102-0.11970.0816-0.0508-0.01720.0626-0.03870.01140.2325-0.00950.165736.056639.4559.1874
21.0154-1.0495-0.43992.0842-0.00850.56690.1035-0.061-0.41620.09520.16290.42320.06030.0196-0.04830.0673-0.0563-0.0490.1310.00210.310741.617234.138619.382
32.12880.0022-0.33413.3378-0.04183.86580.0554-0.0724-0.36550.0762-0.1096-0.19520.23980.3690.05060.10920.00590.02680.14220.00620.256251.730133.942718.1921
42.57570.04371.25140.43690.19682.5857-0.0912-0.0274-0.01270.00460.0997-0.0748-0.04190.2364-0.02570.0859-0.03150.00820.098-0.01230.136440.834640.293129.0662
58.7136-1.0885-3.87830.30250.47761.79630.0487-0.28450.47270.04820.17810.1796-0.22280.0467-0.28830.22030.0218-0.04890.11430.0340.288322.266753.073820.2335
64.5951-4.8004-2.90686.21372.79142.1520.19990.4711-0.0388-0.2826-0.40040.308-0.0303-0.53570.32080.1629-0.0639-0.10090.28470.00680.291810.348938.052823.5082
73.00520.08960.582.9965-1.25931.9843-0.0849-0.05620.03740.16420.17760.010.0913-0.40270.00370.0635-0.08130.04460.21580.01020.15112.171934.18137.0756
82.6763-1.2860.15694.5086-0.72142.3221-0.0274-0.28740.19730.21770.08610.2104-0.1406-0.4586-0.09190.0358-0.0310.05620.29040.00290.352811.778139.148545.2331
92.28740.88360.31762.66991.76222.37740.0199-0.19030.03610.1847-0.13010.1185-0.0413-0.16430.05720.0958-0.01260.04660.14040.01260.168624.35741.54750.8555
101.493-0.01510.09430.9877-0.11031.15890.0935-0.0167-0.15720.06580.01110.07170.1670.0698-0.06920.0623-0.01650.00150.0847-0.00970.184729.329833.714938.2699
112.21730.2552-1.71773.42662.47575.4492-0.09860.3411-0.47730.0402-0.24490.42970.9899-0.52660.1550.3079-0.0829-0.04540.3229-0.14060.370323.73821.512910.6531
123.8837-4.092-1.55459.21694.07812.53330.4990.3747-0.1807-0.8595-0.27730.1937-0.2464-0.263-0.02640.14010.0143-0.09320.21940.0460.310118.984244.68115.5416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 4 THROUGH 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 91 THROUGH 165 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 166 THROUGH 236 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 237 THROUGH 263 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 264 THROUGH 295 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 50 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 51 THROUGH 68 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 69 THROUGH 165 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 166 THROUGH 249 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 250 THROUGH 274 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 275 THROUGH 294 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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