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- PDB-4clm: Structure of Salmonella typhi type I dehydroquinase irreversibly ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4clm
タイトルStructure of Salmonella typhi type I dehydroquinase irreversibly inhibited with a 1,3,4-trihydroxyciclohexane-1-carboxylic acid derivative
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / TYPE I DEHYDROQUINASE / INHIBITOR / SHIKIMIS ACID PATHWAY / SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / 3-dehydroquinate dehydratase, active site / Dehydroquinase class I active site. / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-WPL / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHI (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Tizon, L. / Maneiro, M. / Lence, E. / Poza, S. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Blanco, B. / Sedes, A. ...Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Tizon, L. / Maneiro, M. / Lence, E. / Poza, S. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Blanco, B. / Sedes, A. / Peon, A. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Irreversible covalent modification of type I dehydroquinase with a stable Schiff base.
著者: Tizon, L. / Maneiro, M. / Peon, A. / Otero, J.M. / Lence, E. / Poza, S. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月19日Group: Database references
改定 1.22015年1月14日Group: Database references
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42018年8月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation_author / struct / Item: _citation_author.identifier_ORCID / _struct.title
改定 2.02018年8月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12019年8月28日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
B: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6657
ポリマ－55,3622
非ポリマー3035
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-50.6 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.590, 44.470, 84.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE I DHQASE


分子量: 27680.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHI (サルモネラ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24670, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物 ChemComp-WPL / (1~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-3-methyl-1,4,5-tris(hydroxyl)cyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 190.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細WPL: THE PROTEIN IS MODIFIED USING AN IRREVERSIBLE INHIBITOR. A THE INHIBITION TAKE PLACE VIA A ...WPL: THE PROTEIN IS MODIFIED USING AN IRREVERSIBLE INHIBITOR. A THE INHIBITION TAKE PLACE VIA A NUCLEOPHILIC RING OPENING OF THE EPOXIDE GROUP OF THE INHIBITOR BY THE NZ-ATOM OF LYS-170 WHICH IS FOLLOWED BY ELIMINATION OF A WATER MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6 / 詳細: 34% PEG 4000, 0.1 M CITRATE-PHOSPHATE PH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.8729
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月8日 / 詳細: PLANE-ELLIPSOIDAL MIRRORS (SI, RH, IR)
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→47.17 Å / Num. obs: 85495 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 9.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 76.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QFE

1qfe


解像度: 1.4→47.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.702 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY. GAP BY DISORDERED REGION BETWEEN VAL-228 AND ILE-237 IN CHAIN A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15498 4293 5 %RANDOM
Rwork0.1199 ---
obs0.12168 81186 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å2-0.47 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3790 0 17 665 4472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9645555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9473.0029430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6785504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36924.382178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35315774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1351527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2840.21646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1710.23819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21930
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22350
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1510.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2430.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.26450.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0710.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.77671.1014090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.28971.1514097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.5511.6235551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.56811.137053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2471.6919430
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.84738187
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.7175120
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.92158673
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.476 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 478 -
Rwork0.152 9343 -
obs--75.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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