PDB-4cl3: 1.70 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Chlo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cl3

タイトル

1.70 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus

要素

MALATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / THERMOPHILE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能

生物種

CHLOROFLEXUS SP. Y-400-FL (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.699 Å

データ登録者

Talon, R. / Madern, D. / Girard, E.

引用

ジャーナル: Front.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: An Experimental Point of View on Hydration/Solvation in Halophilic Proteins.
著者: Talon, R. / Coquelle, N. / Madern, D. / Girard, E.

履歴

登録	2014年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2014年2月5日	ID: 4BGT
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cl3.cif.gz	269.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cl3.ent.gz	218.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/4cl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bgu 4bgv
類似構造データ	7bya-d 2x8l-1 7aob-d 4plw-d 4q3n-1 2hlp-1 1guz-d 4plh-d 6vdi-1 5w8j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: MALATE DEHYDROGENASE

D: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MALATE DEHYDROGENASE

D: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: MALATE DEHYDROGENASE

D: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.226, 106.226, 102.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1312- CD
2	1	A-2017- HOH
3	1	A-2041- HOH
4	1	D-2030- HOH
5	1	D-2034- HOH
6	1	D-2183- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質	MALATE DEHYDROGENASE 分子量: 32747.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DSM 63 由来: (天然) CHLOROFLEXUS SP. Y-400-FL (バクテリア) 参照: UniProt: B9LLP6, malate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 966分子

#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 945 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 4.6 詳細: 4-14% PEG 400, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.04 M CADMIUM ACETATE, 293 K, 1-3 DAYS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月6日 / 詳細: TWO MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTALS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→19.7 Å / Num. obs: 68673 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	10-05-2010	データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.699→19.701 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ONLY THE A-D PROTEIN HOMODIMER WAS FOUND INSIDE THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	3433	5.1 %
R_work	0.1663	-	-
obs	0.1685	67827	91.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.699→19.701 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4590	0	60	945	5595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.29	6574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.531	1826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	781
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6994-1.7227	0.2782	133	0.2059	2614	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7227-1.7473	0.2439	135	0.1839	2649	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7473-1.7733	0.2499	135	0.179	2693	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7733-1.801	0.2531	137	0.1764	2666	X-RAY DIFFRACTION	96
1.801-1.8305	0.2257	147	0.1751	2617	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8305-1.8621	0.2422	133	0.1919	2677	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8621-1.8959	0.3237	124	0.2485	2526	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8959-1.9324	0.4079	130	0.3458	2462	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9324-1.9718	0.2368	121	0.2008	2597	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9718-2.0146	0.202	135	0.1595	2597	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0146-2.0614	0.1816	127	0.1497	2652	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0614-2.1129	0.1944	154	0.1486	2604	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1129-2.17	0.1936	128	0.1607	2648	X-RAY DIFFRACTION	94
2.17-2.2337	0.2306	152	0.2263	2405	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2337-2.3057	0.3636	118	0.2813	2424	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3057-2.388	0.2367	164	0.1628	2553	X-RAY DIFFRACTION	93
2.388-2.4834	0.2069	149	0.1424	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4834-2.5962	0.172	134	0.1364	2604	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5962-2.7328	0.1817	148	0.1395	2554	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7328-2.9035	0.1961	131	0.1488	2573	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9035-3.1268	0.218	137	0.1467	2585	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1268-3.44	0.1817	145	0.143	2551	X-RAY DIFFRACTION	90
3.44-3.9343	0.1646	141	0.1394	2511	X-RAY DIFFRACTION	89
3.9343-4.9439	0.1448	142	0.1317	2509	X-RAY DIFFRACTION	88
4.9439-19.7023	0.2152	133	0.1673	2515	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6562	0.1176	-1.0492	0.4417	-0.3802	0.9708	0.005	0.0283	-0.0896	-0.066	0.0205	0.0675	0.0885	0.0125	-0.022	0.1772	-0.0063	-0.0052	0.1622	-0.0275	0.208	-21.5382	29.6392	5.2104
2	0.4535	0.6056	0.0686	2.0401	0.5485	3.5993	0.3589	-0.7695	-0.3639	0.4757	0.0229	-0.3198	0.1939	0.0159	-0.2892	0.4376	0.2247	0.0109	0.8686	-0.0047	0.8876	5.0795	23.31	5.9523
3	0.7483	0.4064	0.1987	1.0503	0.6682	1.3466	-0.0353	0.1225	-0.1397	-0.1204	0.0412	-0.1534	0.0718	0.0994	-0.0129	0.1262	0.0203	0.0237	0.1331	0.003	0.1371	-3.8036	40.2545	5.8699
4	0.9762	-0.0551	0.2211	0.7576	-0.1156	1.1215	-0.0619	0.0535	-0.0605	-0.0955	0.0002	-0.1412	0.0446	0.1325	0.0648	0.1237	0.0116	0.0343	0.1311	0.0006	0.1553	-0.0186	43.7834	8.3169
5	2.737	-1.6506	0.2243	1.0122	-0.2545	0.9936	-0.2267	0.3952	-0.8088	-0.4452	-0.1199	0.0032	0.609	0.0469	0.3033	0.446	0.0066	0.174	0.3027	-0.0923	0.633	8.3309	28.379	-6.8034
6	1.2711	0.528	0.3708	1.1722	0.6527	0.8642	0.005	-0.1211	0.0273	0.1177	-0.0188	0.0878	-0.0054	-0.0941	0.0073	0.149	0.0051	0.0259	0.1459	0.0051	0.1249	-36.0174	57.4859	29.5986
7	3.1352	2.276	-1.0015	5.2603	0.0669	1.6229	-0.1246	0.8771	0.7636	-1.4539	0.3414	0.4349	-0.576	0.1526	-0.1733	0.6618	0.0223	-0.074	0.363	-0.0035	0.5954	-28.5794	85.8362	27.8852
8	0.8934	-0.0765	-0.437	0.6274	0.1976	1.2287	-0.0123	-0.0922	0.1396	0.0746	0.0016	-0.0191	-0.0956	-0.0379	0.0027	0.1269	0.0078	-0.0184	0.1153	-0.0068	0.13	-18.1109	67.3091	26.1349
9	0.4808	0.0881	0.1096	0.6311	-0.3242	1.0732	-0.0264	-0.0724	0.1015	0.0448	-0.0335	-0.0823	-0.1056	0.0545	0.0627	0.115	-0.0022	-0.008	0.1042	-0.0099	0.141	-13.3814	68.7957	23.5414
10	2.5873	2.4744	-0.4813	2.7177	0.0564	2.2833	0.3179	-0.5301	0.7794	0.4305	0.0097	0.0256	-0.4401	-0.1729	-0.3198	0.3689	0.0156	0.0013	0.2679	-0.157	0.4095	-20.7657	84.4597	39.4394

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:78)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 79:92)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 93:193)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 194:304)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 305:309)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN D AND RESID 1:78)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN D AND RESID 79:92)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN D AND RESID 93:193)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN D AND RESID 194:304)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESID 305:309)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)