PDB-4cj7: Structure of Crenactin, an archeal actin-like protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cj7

タイトル

Structure of Crenactin, an archeal actin-like protein

要素

ACTIN/ACTIN FAMILY PROTEIN

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / PARM / ARCHEA / FILAMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROBACULUM CALIDIFONTIS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Izore, T. / Duman, R.E. / Kureisaite-Ciziene, D. / Lowe, J.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2014
タイトル: Crenactin from Pyrobaculum Calidifontis is Closely Related to Actin in Structure and Forms Steep Helical Filaments.
著者: Izore, T. / Duman, R. / Kureisaite-Ciziene, D. / Lowe, J.

履歴

登録	2013年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cj7.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cj7.ent.gz	143.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cj7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cj7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yvnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bs9-d 4iz7-d 1ktw-d 2y3i-d 5kou-d 5k9t-d 6wai-d 3jbi-d 6sf2-d 5m0p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ACTIN/ACTIN FAMILY PROTEIN

B: ACTIN/ACTIN FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

97.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.127, 78.127, 418.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ASP	ASP	A	A	5 - 45	5 - 45
2	1	SER	SER	ASP	ASP	B	B	5 - 45	5 - 45
1	2	PRO	PRO	SER	SER	A	A	56 - 75	56 - 75
2	2	PRO	PRO	SER	SER	B	B	56 - 75	56 - 75
1	3	TYR	TYR	PRO	PRO	A	A	86 - 430	86 - 430
2	3	TYR	TYR	PRO	PRO	B	B	86 - 430	86 - 430

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.670873, -0.739876, -0.05012), (0.73503, 0.672392, -0.087289), (0.098284, 0.02172, 0.994921)	-30.37477, -19.34356, 52.47317

#1: タンパク質	ACTIN/ACTIN FAMILY PROTEIN / CRENACTIN 分子量: 48425.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROBACULUM CALIDIFONTIS (古細菌) / 株: JCM 11548 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3MWN5
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M PHOSPHATE CITRATE PH 4.2, 20% W/V PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 22716 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.31 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YVN

1yvn

解像度: 3.2→48.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 34.58 / SU ML: 0.534 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.54 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29549	1129	5 %	RANDOM
R_work	0.23513	-	-	-
obs	0.23811	21505	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.618 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.69 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6728	0	54	0	6782

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.975	1.983	9428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.958	5	850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.92	22.922	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.725	15	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.357	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	5228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.519	8.961	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.653	13.427	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.38	9.662	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1574	medium positional	0.32	0.5
1624	tight thermal	7.52	0.5
1574	medium thermal	9.12	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.436	68	-
R_work	0.421	1561	-
obs	-	-	99.82 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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