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- PDB-5m0p: Crystal structure of cytochrome P450 OleT F79A in complex with ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m0p
タイトルCrystal structure of cytochrome P450 OleT F79A in complex with arachidonic acid
要素Terminal olefin-forming fatty acid decarboxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / decarboxylase / oxidase / peroxide
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
icosanoic acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Jeotgalicoccus sp. ATCC 8456 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Tee, K.L. / Munro, A. / Matthews, S. / Leys, D. / Levy, C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Catalytic Determinants of Alkene Production by the Cytochrome P450 Peroxygenase OleTJE.
著者: Matthews, S. / Belcher, J.D. / Tee, K.L. / Girvan, H.M. / McLean, K.J. / Rigby, S.E. / Levy, C.W. / Leys, D. / Parker, D.A. / Blankley, R.T. / Munro, A.W.
履歴
登録2016年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal olefin-forming fatty acid decarboxylase
B: Terminal olefin-forming fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2447
ポリマ－98,3632
非ポリマー1,8815
水12,629701
1
A: Terminal olefin-forming fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1113
ポリマ－49,1821
非ポリマー9292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Terminal olefin-forming fatty acid decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1344
ポリマ－49,1821
非ポリマー9523
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.880, 110.120, 164.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Terminal olefin-forming fatty acid decarboxylase


分子量: 49181.684 Da / 分子数: 2 / 変異: F79A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Jeotgalicoccus sp. ATCC 8456 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NSU2
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DCR / icosanoic acid


分子量: 312.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 20% PEG 6000, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→55.12 Å / Num. obs: 66360 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.842 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化解像度: 1.95→55.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 8.406 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.136 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2012 3443 4.9 %RANDOM
Rwork0.15718 ---
obs0.15937 66360 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.706 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.48 Å20 Å2-0 Å2
2---1.97 Å2-0 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→55.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6792 0 131 701 7624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0197182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9729753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.15315596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3775861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87223.668349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.449151218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.871558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.894313967
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.695261
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.995514228
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 257 -
Rwork0.271 4861 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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