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- PDB-4cgr: Structure of Regulator Protein SCO3201 from Streptomyces coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cgr
タイトルStructure of Regulator Protein SCO3201 from Streptomyces coelicolor
要素PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / REGULATOR / TETR
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
MftR, C-terminal / MftR C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TetR-family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Waack, P. / Werten, S. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structure and Regulatory Targets of Sco3201, a Highly Promiscuous Tetr-Like Regulator of Streptomyces Coelicolor M145.
著者: Xu, D. / Waack, P. / Zhang, Q. / Werten, S. / Hinrichs, W. / Virolle, M.
履歴
登録2013年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
B: PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0033
ポリマ－46,9082
非ポリマー951
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-14.1 kcal/mol
Surface area19500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.680, 79.630, 95.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.970304, -0.238294, -0.041539), (-0.133006, 0.382179, 0.914466), (-0.202036, 0.892836, -0.402524)
ベクター: 7.49188, 15.84406, -18.1361)

-
要素

#1: タンパク質 PUTATIVE TETR-FAMILY TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / SCO3201


分子量: 23454.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9KYU4
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION 0.1 M (NH4)H2PO4, 0.1 M TRIS/HCL PH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97549
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97549 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→61.3 Å / Num. obs: 25127 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→61.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 14.76 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26893 1282 5.1 %RANDOM
Rwork0.22699 ---
obs0.22922 23803 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å20 Å20 Å2
2---3.03 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→61.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2872 0 5 31 2908
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.9543987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85436376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5755382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22421.121116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.49115416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1071535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7223.6351546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7213.6341545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7195.431922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4783.9841384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 80 -
Rwork0.324 1743 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1681.9592-2.29875.3274-0.89936.052-0.22610.2266-0.1487-0.09010.1555-0.36640.3499-0.16160.07060.0728-0.0477-0.02920.2059-0.07540.143121.312.7948-6.3018
22.65832.1381-0.71345.18071.83894.4431-0.0047-0.18090.17830.15440.05130.17580.01440.358-0.04660.17910.03210.10430.1626-0.04010.092113.7041-4.6257-24.102
37.7402-1.2228-0.594111.24432.79515.01080.1383-0.1382-0.06520.0364-0.12920.39750.296-0.1018-0.00920.0772-0.05430.08270.1473-0.02270.2829-14.1587.1575-9.2711
47.6772-1.4744-2.60625.28640.39934.0749-0.4152-0.0007-0.90870.34150.14760.68690.8344-0.28980.26760.3931-0.03270.24770.2167-0.04440.3531-2.4128-13.978-16.596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 86
2X-RAY DIFFRACTION1A127 - 139
3X-RAY DIFFRACTION2A87 - 126
4X-RAY DIFFRACTION2A140 - 230
5X-RAY DIFFRACTION3B6 - 86
6X-RAY DIFFRACTION3B127 - 139
7X-RAY DIFFRACTION4B87 - 126
8X-RAY DIFFRACTION4B140 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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