PDB-4ccl: X-Ray structure of E. coli ycfD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ccl

タイトル

X-Ray structure of E. coli ycfD

要素

50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 ARGININE HYDROXYLASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2OG AND IRON DEPENDENT OXYGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

[50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / post-translational protein modification / ferrous iron binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.596 Å

データ登録者

McDonough, M.A. / Ho, C.H. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans.
著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...

履歴

登録	2013年10月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.3	2014年6月25日	Group: Database references
改定 1.4	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2019年10月16日	Group: Data collection / Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / reflns_shell / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.6	2020年6月3日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 1.7	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ccl.cif.gz	316.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ccl.ent.gz	261.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ccl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ccl_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ccl_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	4ccl_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	4ccl_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4ccl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4ccl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xdvC 4bu2C 4bxfC 4ccjC 4cckC 4ccmC 4ccnC 4ccoC 4cswC 4cugC 4litC 4liuC 4livC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nub-1 4liu-1 5i73-d 4lit-1 5i75-d 5i74-d 6w2b-d 5i6x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 ARGININE HYDROXYLASE

B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 ARGININE HYDROXYLASE

ヘテロ分子

87.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.693, 120.693, 133.498
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 ARGININE HYDROXYLASE / RIBOSOMAL OXYGENASE YCFD / ROX 分子量: 43091.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P27431, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P27431, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1M TRIS.HCL PH 8.5, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 1.26 M AMMONIUM SULFATE, 0.001 M FECL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→44.8 Å / Num. obs: 31066 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 68.23 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.596→41.765 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	2000	6.4 %
R_work	0.1983	-	-
obs	0.2016	31048	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.596→41.765 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5877	0	49	155	6081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	8334
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.612	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	856
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1113

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5964-2.6613	0.4435	138	0.3729	1997	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6613-2.7333	0.4119	141	0.3123	2043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7333-2.8137	0.3434	140	0.2955	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8137-2.9045	0.3523	141	0.2632	2043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9045-3.0083	0.326	140	0.2546	2035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0083-3.1287	0.2937	140	0.2548	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1287-3.271	0.2979	143	0.2629	2068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.271-3.4434	0.2992	141	0.2199	2054	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4434-3.659	0.3141	143	0.2044	2076	X-RAY DIFFRACTION	100
3.659-3.9413	0.2407	142	0.1809	2064	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9413-4.3376	0.208	144	0.1591	2094	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3376-4.9643	0.1853	145	0.1398	2105	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9643-6.2512	0.2212	147	0.1813	2133	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2512-41.77	0.2118	155	0.1895	2242	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6341	-0.4575	0.5862	3.4786	-0.2699	1.4374	0.1678	-0.5123	0.8415	-0.02	-0.2389	0.1954	-0.169	-0.5087	0.0277	0.5447	0.2869	-0.0507	0.9444	-0.2139	0.7492	38.5502	29.0692	44.6246
2	2.0201	1.283	0.5323	3.8004	-0.3679	0.9509	-0.0601	-0.3851	0.8953	0.7775	-0.3413	-1.2125	-0.5296	0.4361	0.1879	0.7243	0.1137	-0.279	0.9702	-0.1574	1.3615	57.885	39.0291	52.6095
3	2.8609	-0.2427	1.4114	2.9092	0.5556	3.2642	-0.0232	-0.4453	1.1136	0.0841	-0.2528	-0.5235	-0.2444	0.2934	0.2745	0.5217	0.1972	-0.0154	0.7414	-0.1202	0.9032	46.6462	30.0164	45.4412
4	1.7852	-1.0677	-0.3804	2.3455	0.1845	-0.0726	-0.4218	0.4259	0.0351	1.2589	0.4371	-0.8987	0.5842	-0.4676	-0.1301	1.2143	0.0529	0.0667	1.087	0.119	1.2361	58.2284	28.8028	28.7895
5	2.0914	0.2852	0.3244	2.2122	-0.5339	1.6074	-0.0566	0.2248	1.4589	-0.1085	-0.4522	-0.6998	-0.4635	0.4691	0.3647	0.6096	0.2593	-0.055	0.7645	0.0214	1.146	45.0945	35.3564	39.5554
6	2.48	-1.5731	-1.7037	2.1713	0.6773	0.2096	-0.096	0.1116	-0.1637	-0.0021	0.0895	0.2599	-0.1904	-0.2463	-0.0689	0.5961	0.295	-0.1337	0.7956	-0.1294	0.5146	69.6414	-3.1532	36.5398
7	4.2687	-1.0302	0.1841	2.5748	-0.1576	2.3815	-0.1525	-1.2974	-0.2052	0.5318	0.0212	0.332	0.2032	-0.1457	0.1592	0.695	0.2918	0.0942	1.2363	0.118	0.5597	47.1516	8.7585	62.7562
8	2.5661	-1.0487	0.7733	2.9153	-0.746	2.8154	0.0022	0.3877	-0.3505	-0.0522	-0.1518	-0.3668	0.0691	0.5225	0.1014	0.4263	0.1807	-0.0351	0.5911	-0.0109	0.4827	95.8238	-19.4932	35.0365
9	0.6079	0.1457	-0.0035	1.8514	-1.0895	4.614	-0.0418	-0.4526	-0.0341	0.917	-0.2814	-0.4703	-0.9649	0.7186	0.1887	1.0958	0.0949	-0.4227	0.8767	-0.0361	0.7557	100.9239	-6.1692	53.619
10	1.4483	-0.5022	1.1256	2.7619	-0.4031	2.1397	-0.3009	-0.2181	0.1732	0.4638	-0.0874	-0.2556	-0.6335	0.2159	0.4259	0.5157	0.1451	-0.1088	0.5771	0.0015	0.4501	94.0509	-14.3444	41.0462
11	2.946	-0.7455	0.5437	3.201	1.358	2.8668	-0.3402	-0.8576	0.5034	1.5605	-0.0739	0.403	0.0243	-0.6706	0.3854	1.224	0.0691	0.0876	0.8551	-0.1539	0.7366	83.6914	-17.119	56.7201
12	1.7104	-0.4394	-0.2421	2.1318	-0.2889	2.1536	-0.2288	-0.2808	-0.3263	0.4718	-0.0331	-0.4174	-0.0398	0.2437	0.1877	0.4538	0.1654	-0.0488	0.5191	0.0241	0.4371	94.7756	-21.503	45.3696
13	1.8762	-2.0841	-0.4402	1.7006	0.2797	0.1089	0.3417	0.1405	0.0255	-0.2124	-0.2255	0.1157	0.1062	-0.1028	-0.0681	0.7622	0.3267	-0.0887	0.7518	-0.0844	0.5377	58.5036	6.5571	38.3045
14	3.3805	0.8294	-1.7761	3.6081	-1.1643	3.6329	-0.3014	0.2239	0.1162	0.1775	0.1523	-0.204	-0.2298	-0.0666	0.1123	0.7097	0.1696	-0.0507	0.5156	0.0056	0.4357	90.8547	5.7454	22.7067

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:44)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 45:89)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 90:144)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 145:166)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 167:202)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 203:259)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 260:372)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1:44)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 45:89)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 90:144)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 145:166)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 167:202)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 203:259)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 260:372)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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