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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cck | ||||||
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タイトル | 60S ribosomal protein L8 histidine hydroxylase (NO66) in complex with Mn(II) and N-oxalylglycine (NOG) | ||||||
![]() | BIFUNCTIONAL LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE AND HISTIDYL-HYDROXYLASE NO66 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON-BINDING / DSBH / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE / JMJC DOMAIN / RIBOSOME BIOGENESIS / NUCLEAR PROTEIN / RPL8 / BETA-HYDROXYLATION / TRANSCRIPTION AND EPIGENETIC REGULATION / SIGNALING | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation ...protein-L-histidine (3S)-3-hydroxylase / protein demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / Protein hydroxylation / negative regulation of osteoblast differentiation / iron ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chowdhury, R. / Ge, W. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ribosomal oxygenases are structurally conserved from prokaryotes to humans. 著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. ...著者: Chowdhury, R. / Sekirnik, R. / Brissett, N.C. / Krojer, T. / Ho, C.H. / Ng, S.S. / Clifton, I.J. / Ge, W. / Kershaw, N.J. / Fox, G.C. / Muniz, J.R.C. / Vollmar, M. / Phillips, C. / Pilka, E.S. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Oppermann, U. / McDonough, M.A. / Doherty, A.J. / Schofield, C.J. #1: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Oxygenase-Catalyzed Ribosome Hydroxylation Occurs in Prokaryotes and Humans. 著者: Ge, W. / Wolf, A. / Feng, T. / Ho, C. / Sekirnik, R. / Zayer, A. / Granatino, N. / Cockman, M.E. / Loenarz, C. / Loik, N.D. / Hardy, A.P. / Claridge, T.D.W. / Hamed, R.B. / Chowdhury, R. / ...著者: Ge, W. / Wolf, A. / Feng, T. / Ho, C. / Sekirnik, R. / Zayer, A. / Granatino, N. / Cockman, M.E. / Loenarz, C. / Loik, N.D. / Hardy, A.P. / Claridge, T.D.W. / Hamed, R.B. / Chowdhury, R. / Gong, L. / Robinson, C.V. / Trudgian, D.C. / Jiang, M. / Mackeen, M.M. / Mccullagh, J.S. / Gordiyenko, Y. / Thalhammer, A. / Yamamoto, A. / Yang, M. / Liu-Yi, P. / Zhang, Z. / Schmidt-Zachmann, M. / Kessler, B.M. / Ratcliffe, P.J. / Preston, G.M. / Coleman, M.L. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 388 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 314.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xdvC ![]() 4bu2C ![]() 4bxfC ![]() 4ccjC ![]() 4cclC ![]() 4ccmC ![]() 4ccnC ![]() 4ccoC ![]() 4cswC ![]() 4cugC ![]() 4litC ![]() 4liuC ![]() 4livC ![]() 4diqS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53241.191 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 183-641 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H6W3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-OGA / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 5.6-6.5, 0.5-0.7M MAGNESIUM FORMATE, 0.002M MNCL2, TEMPERATURE 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月7日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→81.1 Å / Num. obs: 131084 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4DIQ 解像度: 2.15→81.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 77626.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.914 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→81.1 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 12
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Xplor file |
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