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- PDB-4cca: Structure of human Munc18-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cca
タイトルStructure of human Munc18-2
要素SYNTAXIN-BINDING PROTEIN 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte mediated cytotoxicity / tertiary granule / neutrophil degranulation / cytolytic granule / syntaxin-3 binding / presynaptic dense core vesicle exocytosis / regulation of mast cell degranulation / specific granule / vesicle docking involved in exocytosis / syntaxin-1 binding ...leukocyte mediated cytotoxicity / tertiary granule / neutrophil degranulation / cytolytic granule / syntaxin-3 binding / presynaptic dense core vesicle exocytosis / regulation of mast cell degranulation / specific granule / vesicle docking involved in exocytosis / syntaxin-1 binding / Other interleukin signaling / azurophil granule / secretory granule / intracellular protein transport / Platelet degranulation / presynapse / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #60 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #60 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Syntaxin-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hackmann, Y. / Graham, S.C. / Ehl, S. / Hoening, S. / Lehmberg, K. / Arico, M. / Owen, D.J. / Griffiths, G.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Syntaxin Binding Mechanism and Disease-Causing Mutations in Munc18-2
著者: Hackmann, Y. / Graham, S.C. / Ehl, S. / Hoening, S. / Lehmberg, K. / Arico, M. / Owen, D.J. / Griffiths, G.G.
履歴
登録2013年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Atomic model / Other
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32013年11月20日Group: Database references
改定 1.42013年12月4日Group: Database references
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.62019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.72023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SYNTAXIN-BINDING PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0972
ポリマ－67,0611
非ポリマー351
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.550, 67.550, 284.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1594-

CL

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要素

#1: タンパク質 SYNTAXIN-BINDING PROTEIN 2 / PROTEIN UNC-18 HOMOLOG 2 / UNC18-2 / PROTEIN UNC-18 HOMOLOG B / UNC-18B / MUNC18-2


分子量: 67061.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: CYTOTOXIC T LYMPHOCYTES / プラスミド: PFASBAC 1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15833
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ADDITIONAL GSPEF BEFORE STARTING METHIONINE RESIDUAL FROM PURIFICATION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: SITTING DROPS CONTAINING 200 NL 8.85 MG/ML MUNC18-2 PLUS 200 NL RESERVOIR SOLUTION (0.1 M MES PH 6, 10% V/V 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL) EQUILIBRATED AGAINST 80 UL RESERVOIRS AT 20C.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月4日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49 Å / Num. obs: 21395 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 73.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C98, CHAIN A

3c98


解像度: 2.6→47.765 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: PROTONS WERE MODELLED IN 'RIDING' POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 1095 5.1 %
Rwork0.2425 --
obs0.2441 21302 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.307 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 95.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1754 Å20 Å20 Å2
2--5.1754 Å20 Å2
3----10.3508 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 1 13 4225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7985828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4031599
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6002-2.71850.36011390.33652427X-RAY DIFFRACTION100
2.7185-2.86180.36981410.32082452X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-3.04110.34471160.29522495X-RAY DIFFRACTION100
3.0411-3.27590.31281440.29352470X-RAY DIFFRACTION100
3.2759-3.60540.33251520.27792488X-RAY DIFFRACTION100
3.6054-4.12690.26731420.24762527X-RAY DIFFRACTION100
4.1269-5.19840.25251250.1982599X-RAY DIFFRACTION100
5.1984-47.77320.22831360.22462749X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.519-0.4247-0.83011.041-0.53381.2693-0.62740.2038-1.3786-0.42950.2218-0.12050.5548-0.4786-0.20161.31240.51840.60670.51540.17971.296-18.03929.3389-18.5373
21.0330.099-0.49621.18590.19410.8873-0.2628-0.2635-0.1031-0.09980.148-0.12390.34710.5468-0.34180.41220.30230.08080.58360.0410.2583-1.171437.2178-17.1971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 5:141
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 142:593

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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