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万見
- PDB-3en1: Crystal structure of Toluene 2,3-Dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3en1
タイトルCrystal structure of Toluene 2,3-Dioxygenase
要素(Benzene 1,2-dioxygenase subunit ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron-sulfur cluster / mononuclear iron / 2Fe-2S / Aromatic hydrocarbons catabolism / Dioxygenase / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene dioxygenase / benzene 1,2-dioxygenase / benzene 1,2-dioxygenase activity / toluene dioxygenase activity / xylene catabolic process / toluene catabolic process / 3-phenylpropionate catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 ...Ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit NdoB-like, C-terminal / Ring hydroxylating beta subunit / Ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, alpha subunit, C-terminal domain / Ring hydroxylating alpha subunit (catalytic domain) / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase, 2Fe-2S-binding site / Bacterial ring hydroxylating dioxygenases alpha-subunit signature. / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / TOLUENE / Chem-PE3 / Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta / Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha / Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha / Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Friemann, R. / Lee, K. / Brown, E.N. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of the multicomponent Rieske non-heme iron toluene 2,3-dioxygenase enzyme system
著者: Friemann, R. / Lee, K. / Brown, E.N. / Gibson, D.T. / Eklund, H. / Ramaswamy, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of the three components of the toluene 2,3-dioxygenase enzyme system
著者: Lee, K. / Friemann, R. / Parales, J.V. / Gibson, D.T. / Ramaswamy, S.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0607
ポリマ－73,0462
非ポリマー1,0145
水32418
1
A: Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子

A: Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子

A: Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha
B: Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,18121
ポリマ－219,1386
非ポリマー3,04315
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation11_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
Buried area32080 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area55260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.531, 234.531, 234.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-188-

FE2

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要素

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Benzene 1,2-dioxygenase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Benzene 1,2-dioxygenase subunit alpha / Benzene 1 / 2-dioxygenase P1 subunit / Toluene 2 / 3-dioxygenase subunit alpha


分子量: 51004.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: F1 / 遺伝子: bnzA, TodA, todC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CGSC#7692
参照: UniProt: P0C618, UniProt: A5W4F2*PLUS, toluene dioxygenase
#2: タンパク質 Benzene 1,2-dioxygenase subunit beta / Benzene 1 / 2-dioxygenase P2 subunit / Toluene 2 / 3-dioxygenase subunit beta


分子量: 22041.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: F1 / 遺伝子: bnzB, TodB, todC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CGSC#7692
参照: UniProt: P0C619, UniProt: A5W4F1*PLUS, toluene dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 23分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略)


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#6: 化合物 ChemComp-MBN / TOLUENE / トルエン


分子量: 92.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.36 Å3/Da
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 40% (w/v) polyethylene glycol 600, 0.1 M sodium citrate pH 6.1, 20 50 mM Fe(NH4)2(SO4)2, 50 mM Toluene, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→165.839 Å / Num. all: 36887 / Num. obs: 36887 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 24 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 6.003
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.2-3.3724.70.381213023452760.381100
3.37-3.5824.60.256312310250090.256100
3.58-3.8224.50.1814.211597647360.181100
3.82-4.1324.40.1295.610746344040.129100
4.13-4.5324.30.17.19916240880.1100
4.53-5.0624.10.0828.38917737030.082100
5.06-5.8423.80.08587873133040.085100
5.84-7.1623.40.0798.46619228330.079100
7.16-10.1222.60.0629.55075922500.062100
10.12-29.7820.20.0599.82591212840.05996.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.372 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.647 / Cor.coef. Io to Ic: 0.492
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å30 Å
Translation3.2 Å30 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.1.20データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ProDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.196 / WRfactor Rwork: 0.174 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.887 / SU B: 9.504 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.343 / SU Rfree: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1836 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.186 ---
obs0.186 36694 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.19 Å2 / Biso mean: 48.958 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4872 0 27 18 4917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0215017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.9366795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1735601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43123.18261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.35315814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8641546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.23409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.53059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27824832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56932237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.714.51963
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 119 -
Rwork0.239 2487 -
all-2606 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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