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万見
- PDB-4cc3: Complex of human Tuba C-terminal SH3 domain and Mena proline-rich... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cc3
タイトルComplex of human Tuba C-terminal SH3 domain and Mena proline-rich peptide - H3
要素
  • DYNAMIN-BINDING PROTEIN
  • PROTEIN ENABLED HOMOLOG
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TUBA / SRC HOMOLOGY 3 / SH3 DOMAIN / MENA / NDPP-1 / PROLINE- RICH PEPTIDE / ACTIN CYTOSKELETON / CORTICAL TENSION
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ROBO receptors / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / actin polymerization or depolymerization / Golgi stack / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / stress fiber / axon guidance ...Signaling by ROBO receptors / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / actin polymerization or depolymerization / Golgi stack / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / stress fiber / axon guidance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin filament organization / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / filopodium / SH3 domain binding / cell-cell junction / presynapse / regulation of cell shape / lamellipodium / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / neuron projection / intracellular signal transduction / nuclear body / focal adhesion / synapse / nucleolus / Golgi apparatus / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dynamin-binding protein, first N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, second N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, third N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, first C-terminal SH3 domain / : / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / BAR domain / BAR domain profile. ...Dynamin-binding protein, first N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, second N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, third N-terminal SH3 domain / Dynamin-binding protein, first C-terminal SH3 domain / : / VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / BAR domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Variant SH3 domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein enabled homolog / Dynamin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Polle, L. / Rigano, L. / Julian, R. / Ireton, K. / Schubert, W.-D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Details of Human Tuba Recruitment by Inlc of Listeria Monocytogenes Elucidate Bacterial Cell-Cell Spreading.
著者: Polle, L. / Rigano, L.A. / Julian, R. / Ireton, K. / Schubert, W.
履歴
登録2013年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
B: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
C: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
D: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
E: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
F: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
G: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
H: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,96512
ポリマ－35,5048
非ポリマー4614
水2,666148
1
A: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
B: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9113
ポリマ－8,8762
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-15.8 kcal/mol
Surface area4540 Å2
手法PISA
2
C: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
D: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2664
ポリマ－8,8762
非ポリマー3902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-14.7 kcal/mol
Surface area4750 Å2
手法PISA
3
E: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
F: PROTEIN ENABLED HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9113
ポリマ－8,8762
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-19.5 kcal/mol
Surface area4540 Å2
手法PISA
4
G: DYNAMIN-BINDING PROTEIN
H: PROTEIN ENABLED HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8762
ポリマ－8,8762
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-9.1 kcal/mol
Surface area4840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.870, 115.870, 73.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
DYNAMIN-BINDING PROTEIN / SCAFFOLD PROTEIN TUBA


分子量: 7712.617 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL SH3 DOMAIN, RESIDUES 1513-1577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS / 参照: UniProt: Q6XZF7
#2: タンパク質・ペプチド
PROTEIN ENABLED HOMOLOG / NPC-DERIVED PROLINE-RICH PROTEIN 1 / NDPP-1 / MURINE MENA


分子量: 1163.321 Da / 分子数: 4 / 断片: PROLINE-RICH PEPTIDE, RESIDUES 547-558 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q03173
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST TWO RESIDUES OF THE SEQUENCE GP ARE REMNANTS OF THE FUSION PROTEIN CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 2.5 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 25648 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZUU

1zuu


解像度: 1.97→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.721 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21508 1282 5 %RANDOM
Rwork0.18084 ---
obs0.1826 24356 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.781 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.1 Å20 Å20 Å2
2---23.1 Å20 Å2
3---46.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→34.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2355 0 10 148 2513
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.022363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0511.9633419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.88435471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0125305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23924.825114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60315393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.294159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 88 -
Rwork0.251 1673 -
obs--94.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76640.7481-0.03945.381-0.4851.76220.1688-0.02950.35340.2732-0.09960.5504-0.12010.004-0.06920.2336-0.00010.02920.21080.02720.085111.272-25.4715.195
22.83390.41960.73894.4340.2621.68590.1703-0.27150.05680.436-0.128-0.3189-0.1730.0118-0.04240.2943-0.045-0.01480.1828-0.00380.027224.293-7.73510.446
33.0999-1.14440.19113.4409-0.96572.14480.00140.25410.3062-0.2688-0.2239-0.51960.06430.16470.22250.2419-0.00180.07930.18640.01930.101824.5163.488-8.098
42.6216-1.2255-0.32164.32-1.05411.9450.11770.24160.0064-0.4349-0.25-0.27140.154-0.05970.13220.2181-0.0110.04410.20130.02430.024211.61919.809-15.63
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1514 - 1577
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 12
3X-RAY DIFFRACTION2C1514 - 1577
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION3E1514 - 1577
6X-RAY DIFFRACTION3F1 - 12
7X-RAY DIFFRACTION4G1514 - 1577
8X-RAY DIFFRACTION4H1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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