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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cc3 | ||||||
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タイトル | Complex of human Tuba C-terminal SH3 domain and Mena proline-rich peptide - H3 | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / TUBA / SRC HOMOLOGY 3 / SH3 DOMAIN / MENA / NDPP-1 / PROLINE- RICH PEPTIDE / ACTIN CYTOSKELETON / CORTICAL TENSION | ||||||
機能・相同性 | ![]() Signaling by ROBO receptors / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Golgi stack / actin polymerization or depolymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / stress fiber / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...Signaling by ROBO receptors / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Golgi stack / actin polymerization or depolymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cilium assembly / stress fiber / guanyl-nucleotide exchange factor activity / filopodium / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / actin filament organization / axon guidance / SH3 domain binding / cell-cell junction / actin cytoskeleton / presynapse / lamellipodium / actin binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / intracellular signal transduction / neuron projection / focal adhesion / synapse / Golgi apparatus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Polle, L. / Rigano, L. / Julian, R. / Ireton, K. / Schubert, W.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Details of Human Tuba Recruitment by Inlc of Listeria Monocytogenes Elucidate Bacterial Cell-Cell Spreading. 著者: Polle, L. / Rigano, L.A. / Julian, R. / Ireton, K. / Schubert, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 719.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 723.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7712.617 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL SH3 DOMAIN, RESIDUES 1513-1577 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1163.321 Da / 分子数: 4 / 断片: PROLINE-RICH PEPTIDE, RESIDUES 547-558 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PE4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FIRST TWO RESIDUES OF THE SEQUENCE GP ARE REMNANTS OF THE FUSION PROTEIN CLEAVAGE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 2.5 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 25648 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZUU 解像度: 1.97→34.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.721 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.781 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→34.33 Å
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拘束条件 |
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