PDB-4cbn: Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conve...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cbn

タイトル

Crystal structure of Complement Factor D mutant R202A after conventional refinement

要素

COMPLEMENT FACTOR D

キーワード

HYDROLASE / COMPLEMENT SYSTEM / ENSEMBLE REFINEMENT

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Forneris, F. / Burnley, B.T. / Gros, P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Ensemble Refinement Shows Conformational Flexibility in Crystal Structures of Human Complement Factor D
著者: Forneris, F. / Burnley, B.T. / Gros, P.

履歴

登録	2013年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cbn.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cbn.ent.gz	160.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cbn_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cbn_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	4cbn_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	4cbn_validation.cif.gz	32.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/4cbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cboC 1dsuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6fuj-2 6qmr-6 5tca-3 6fui-d 5fck-d 6shh-5 2asu-d 2a31-d 5tcc-6 6fuj-3 1dic-d 6fty-d 6shi-5 6qmr-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COMPLEMENT FACTOR D

B: COMPLEMENT FACTOR D

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COMPLEMENT FACTOR D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COMPLEMENT FACTOR D

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.140, 67.310, 133.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	COMPLEMENT FACTOR D / ADIPSIN / C3 CONVERTASE ACTIVATOR / PROPERDIN FACTOR D 分子量: 24352.691 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-253 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 15% PEG 6000, 50 MM MES/NAOH, PH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.33 Å / Num. obs: 37211 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.81 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DSU

1dsu

解像度: 1.8→47.332 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THIS ENTRY IS RELATED TO PDB ENTRY 4CBO. THESE TWO ENTRIES REFER TO THE SAME CRYSTAL STRUCTURE, REFINED USING CONVENTIONAL AND ENSEMBLE REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1857	5 %
R_work	0.1898	-	-
obs	0.1913	37152	98.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.332 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3412	0	18	308	3738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3729
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.242	5097
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.422	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8487	0.2893	148	0.2605	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8487-1.9031	0.2836	144	0.2465	2658	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9031-1.9645	0.253	150	0.2252	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9645-2.0347	0.2675	137	0.205	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0347-2.1162	0.222	120	0.1973	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1162-2.2125	0.2154	158	0.1921	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2125-2.3291	0.2239	133	0.1868	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3291-2.4751	0.2453	154	0.191	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4751-2.6662	0.2249	134	0.1945	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6662-2.9344	0.2188	157	0.1849	2712	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9344-3.3589	0.2146	137	0.175	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3589-4.2315	0.19	130	0.1574	2709	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2315-47.3479	0.1944	155	0.1983	2899	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6265	-0.1954	0.3662	1.5208	0.025	2.1251	-0.0669	-0.0231	0.4355	0.1702	0.0793	-0.0969	-0.1788	-0.0671	0.0755	0.0965	0.0204	-0.0117	0.1357	-0.0256	0.225	-15.2263	21.7797	-16.2857
2	2.885	0.053	-0.8121	2.1968	0.5803	1.2556	-0.1062	-0.4095	-0.3615	0.2134	0.0961	0.1448	0.227	0.0054	0.0134	0.1481	0.0212	0.0298	0.1972	0.0082	0.17	-16.1876	8.8784	-12.6134
3	2.7136	-0.2697	-0.283	1.2227	-0.0888	0.4276	-0.0507	-0.1442	0.2402	0.1385	0.0336	-0.0098	-0.0107	-0.0177	0.02	0.1209	0.0136	-0.0023	0.14	-0.0343	0.1003	-7.3209	16.7582	-16.2217
4	2.0994	0.7362	0.3094	1.7834	0.8465	0.9065	0.1631	-0.9044	1.102	0.5409	-0.1065	-0.1371	-0.5317	0.2581	-0.0783	0.5356	-0.039	-0.0252	0.4962	-0.144	0.8337	-2.9757	25.9002	-9.8308
5	2.2837	0.5364	1.1538	1.9729	0.7568	2.5499	0.1989	-0.5529	0.2836	0.5528	-0.2036	-0.165	0.0735	0.1512	-0.0273	0.2623	-0.05	-0.0308	0.3044	-0.04	0.1929	-1.0777	20.4685	-12.9353
6	1.6343	0.288	-0.281	2.997	0.8387	1.9788	-0.0686	0.1219	-0.052	-0.2556	-0.0793	-0.034	0.0787	-0.1185	0.1353	0.1147	0.0141	-0.0023	0.1439	0.0003	0.0744	-3.3155	7.8086	-21.1415
7	1.2311	0.4438	0.2436	0.9729	-0.707	1.4194	-0.0553	-0.1106	0.0517	-0.1911	0.018	-0.2746	0.1617	0.047	0.0264	0.2028	-0.0118	0.0403	0.1113	0.0119	0.0736	-5.404	21.429	-47.5204
8	1.589	0.377	-0.2987	0.2918	0.2603	1.3484	0.2738	0.1663	-0.5515	-0.6035	-0.1053	-0.3558	0.8135	0.1915	0.0469	0.475	0.0602	0.0315	0.16	-0.0473	0.1721	-4.4739	9.5434	-50.1276
9	1.5857	-0.2034	0.2283	2.5287	-1.0052	1.8747	0.0395	0.0493	-0.0959	-0.503	0.1125	0.2465	0.288	-0.1601	-0.0647	0.2326	-0.0403	-0.0376	0.1062	0.0137	0.1019	-13.8106	18.1615	-50.1428
10	2.3527	0.0144	0.2987	1.5088	0.0188	1.4459	0.1102	-0.0532	-0.0727	-0.646	0.1275	0.6149	0.2643	-0.4096	-0.0856	0.3568	-0.0893	-0.0851	0.2	0.058	0.1608	-18.3586	15.9713	-50.7582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 33:55)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 56:171)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 172:185)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 186:210)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 211:228)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 1:32)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 33:55)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 56:185)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 186:228)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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