PDB-4c9p: Structure of camphor bound T260A mutant of CYP101D1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c9p

タイトル

Structure of camphor bound T260A mutant of CYP101D1

要素

CYTOCHROME P450

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MONO-OXYGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Batabyal, D. / L Poulos, T.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures and Functional Characterization of Wild Type and Active Sites Mutants of Cyp101D1.
著者: Batabyal, D. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2013年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c9p.cif.gz	345.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c9p.ent.gz	284.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/4c9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c9kC 4c9lC 4c9mC 4c9nC 4c9oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tyw-4 4c9o-2 4c9o-1 4c9k-1 4c9m-1 3lxi-1 3lxh-2 5mns-4 4c9m-2 3lxi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: CYTOCHROME P450

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

96.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYTOCHROME P450

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.702, 151.702, 196.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2027- HOH

#1: タンパク質	CYTOCHROME P450 / CYP101D1 分子量: 47307.949 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS (バクテリア) 株: DSM12444 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GB12
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-CAM / CAMPHOR / (+)-カンファ- 分子量: 152.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.37 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 / 詳細: 100 MM TRIS, PH 8.2, 1.6M AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.58 Å / Num. obs: 123065 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 16.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 14.9 % / R_merge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.799→39.581 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.55 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1938	6228	5.1 %
R_work	0.1686	-	-
obs	0.1699	122867	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→39.581 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6467	0	120	791	7378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6765
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	9226
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.224	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	991
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7987-1.8191	0.2941	186	0.2626	3588	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8191-1.8405	0.2405	192	0.2476	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8405-1.863	0.3749	208	0.2619	3806	X-RAY DIFFRACTION	99
1.863-1.8865	0.287	227	0.234	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8865-1.9114	0.2522	222	0.2007	3835	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9114-1.9376	0.1876	216	0.1813	3826	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9376-1.9652	0.2305	193	0.178	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9652-1.9946	0.1798	199	0.1746	3872	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9946-2.0257	0.1953	219	0.1755	3842	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0257-2.0589	0.2145	172	0.1738	3869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0589-2.0944	0.1923	223	0.1715	3836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0944-2.1325	0.1905	210	0.1748	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1325-2.1735	0.1846	207	0.1589	3864	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1735-2.2179	0.1795	200	0.157	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2179-2.2661	0.1803	210	0.1609	3871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2661-2.3188	0.1855	219	0.1704	3847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3188-2.3768	0.2044	202	0.1802	3848	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3768-2.4411	0.2067	213	0.1675	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4411-2.5129	0.1944	214	0.1669	3858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5129-2.594	0.1839	192	0.1731	3903	X-RAY DIFFRACTION	100
2.594-2.6867	0.2155	229	0.1738	3879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6867-2.7942	0.2077	199	0.181	3938	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7942-2.9213	0.2237	229	0.1812	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9213-3.0753	0.1919	203	0.1767	3906	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0753-3.2679	0.1902	218	0.1707	3925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2679-3.5201	0.1927	206	0.1683	3937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5201-3.874	0.1699	206	0.1504	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.874-4.434	0.1572	211	0.136	3992	X-RAY DIFFRACTION	100
4.434-5.5838	0.1814	179	0.1473	4086	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5838-39.5905	0.187	224	0.1761	4251	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8485	-0.3861	0.0446	1.1328	0.1611	0.464	-0.0133	0.0738	0.021	-0.0977	0.0246	-0.0892	-0.0718	0.0805	-0.0093	0.1595	-0.0249	-0.0097	0.2503	-0.0192	0.1582	35.0225	17.6155	3.9181
2	1.352	0.1617	-0.1063	0.6749	0.2854	0.8872	0.0229	0.1406	0.0278	-0.1887	-0.0221	0.1708	-0.1822	-0.1255	-0.0413	0.2529	0.0344	-0.0767	0.2494	0.0269	0.2034	11.3285	30.607	3.2604
3	1.2462	0.1488	0.0472	2.0327	-0.1772	1.4321	-0.0271	0.2598	0.2466	-0.128	0.0491	-0.068	-0.182	0.1965	-0.0296	0.2994	-0.0479	-0.0358	0.2846	0.058	0.2222	27.5683	38.6592	-4.8743
4	1.4595	-0.0666	-0.0759	1.9572	0.353	1.9577	-0.0779	-0.1133	-0.1689	0.1034	0.0978	0.3214	-0.0848	-0.1844	-0.0478	0.1699	0.0455	-0.0158	0.2717	0.0161	0.2431	10.7854	18.9219	16.2511
5	1.0442	-0.3011	-0.2186	0.7662	-0.0338	0.7419	-0.0759	-0.1572	0.0049	0.0515	0.0873	-0.0306	-0.0732	0.0851	-0.0031	0.1232	0.0046	-0.0216	0.2229	-0.0099	0.1378	30.1751	19.4987	14.803
6	1.3738	-0.2607	-0.0892	1.3134	0.5341	1.3538	-0.0767	-0.0742	-0.1944	0.0013	-0.0018	0.2927	-0.0327	-0.2463	0.0535	0.1635	0.0163	-0.0405	0.2639	0.0202	0.2378	8.1886	20.602	10.5964
7	2.3885	-0.8149	-0.1776	0.8787	0.062	0.1995	-0.0555	-0.1859	0.0864	0.0451	0.0587	-0.0504	-0.0146	0.0378	0.0058	0.1405	0.0235	-0.0079	0.2775	-0.011	0.1492	51.3505	12.1101	34.5253
8	2.5315	-0.3748	0.0937	1.1834	0.2605	1.5049	-0.0419	-0.5062	0.4609	0.0815	-0.0152	-0.2416	-0.1421	0.0565	0.0542	0.1556	0.0017	-0.0535	0.3933	-0.0254	0.3283	66.8485	18.8193	35.8504
9	2.107	-0.7921	0.017	1.312	-0.1921	0.619	-0.0103	0.0516	-0.2514	-0.0878	0.0102	0.0983	0.0651	-0.0197	0.0099	0.1315	0.015	0.0026	0.2466	0.0054	0.1886	45.529	5.0802	29.0022
10	1.6472	-0.2621	0.0346	1.1799	0.4735	1.4141	-0.1196	-0.1652	-0.548	0.2274	0.098	0.0819	0.2687	0.0386	0.0965	0.1677	0.0625	0.0278	0.2711	0.0744	0.3369	55.649	-6.8745	37.1887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 10 THROUGH 122 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 123 THROUGH 193 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 194 THROUGH 258 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 259 THROUGH 285 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 286 THROUGH 367 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 368 THROUGH 417 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 11 THROUGH 172 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 173 THROUGH 258 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 259 THROUGH 367 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 368 THROUGH 417 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)