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- PDB-4c9f: Structure of SIGN-R1 in complex with Sulfodextran -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c9f
タイトルStructure of SIGN-R1 in complex with Sulfodextran
要素CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / C-TYPE LECTIN / INNATE IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of yeast / (1->3)-beta-D-glucan binding / phagocytosis, recognition / polysaccharide binding / D-mannose binding / detection of bacterium / positive regulation of phagocytosis / endocytosis / positive regulation of tumor necrosis factor production / immune response ...detection of yeast / (1->3)-beta-D-glucan binding / phagocytosis, recognition / polysaccharide binding / D-mannose binding / detection of bacterium / positive regulation of phagocytosis / endocytosis / positive regulation of tumor necrosis factor production / immune response / external side of plasma membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...: / CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose / CD209 antigen-like protein B
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Silva-Martin, N. / Bartual, S.G. / Rodriguez, A. / Ramirez, E. / Chacon, P. / Anthony, R.M. / Park, C.G. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Selective Recognition of Endogenous and Microbial Polysaccharides by Macrophage Receptor Sign-R1
著者: Silva-Martin, N. / Bartual, S.G. / Rodriguez, A. / Ramirez, E. / Chacon, P. / Anthony, R.M. / Park, C.G. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
B: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
C: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
D: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,59124
ポリマ－62,0984
非ポリマー3,49320
水2,954164
1
A: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
B: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,55012
ポリマ－31,0492
非ポリマー1,50110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-129.3 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
2
C: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
D: CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,04112
ポリマ－31,0492
非ポリマー1,99210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-69.4 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.025, 97.959, 73.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CD209 ANTIGEN-LIKE PROTEIN B / DC-SIGN-RELATED PROTEIN 1 / DC-SIGNR1 / OTB7 / SIGN-R1


分子量: 15524.574 Da / 分子数: 4 / 断片: CRD, RESIDUES 191-323 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / Cell: MACROPHAGES / 参照: UniProt: Q8CJ91

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-4-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 422.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcp[4S]a1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_4*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp4SO3]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-4-O-sulfo-alpha- ...alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-4-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 746.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcp[4S]a1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1a_1-5_4*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a6-b1_b6-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp4SO3]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-GQ1 / 4-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose / 4-O-sulfo-alpha-D-glucose / 4-O-sulfo-D-glucose / 4-O-sulfo-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O9S
識別子タイププログラム
DGlcp[4S]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
4-sulfo-a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Glcp4SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 178分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→61.8 Å / Num. obs: 30140 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.58→2.98 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZHG

3zhg


解像度: 2.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.36 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23265 1345 5 %RANDOM
Rwork0.19107 ---
obs0.19322 25612 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.49 Å20 Å2-1.02 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4315 0 201 164 4680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.024643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9081.9636322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9083.0079563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8835527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62225.094212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.73515774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.5811516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 105 -
Rwork0.275 1881 -
obs--98.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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