[日本語] English
万見
- PDB-4c98: Thermus thermophilus Cas6 (TTHB231) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c98
タイトルThermus thermophilus Cas6 (TTHB231)
要素CAS6B
キーワードHYDROLASE / CRISPR / CAS PROTEIN / RNA PROCESSING / RIBONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRISPR Cas6 N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas6, C-terminal / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6 / Alpha-Beta Plaits - #1890 / CRISPR-associated protein Cas6, N-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #1900 / CRISPR-associated protein, Cas6 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Jinek, M. / Niewoehner, O. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Evolution of Crispr RNA Recognition and Processing by Cas6 Endonucleases.
著者: Niewoehner, O. / Jinek, M. / Doudna, J.A.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Atomic model
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CAS6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5986
ポリマ－29,2711
非ポリマー3275
水2,468137
1
A: CAS6B
ヘテロ分子

A: CAS6B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,19612
ポリマ－58,5412
非ポリマー65410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2740 Å2
ΔGint-264.8 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.540, 68.540, 133.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 CAS6B


分子量: 29270.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (バクテリア)
プラスミド: PEC-K-MBP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q53VU8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.1M MES (PH 6.0), 0.2M ZINC ACETATE, 9% (W/V) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999951
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→61 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.001→48.465 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1138 5.1 %
Rwork0.2055 --
obs0.2064 22224 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→48.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1891 0 5 137 2033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1912640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.318715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.001-2.09210.23951370.2262537X-RAY DIFFRACTION98
2.0921-2.20240.2011380.20652593X-RAY DIFFRACTION100
2.2024-2.34040.25941420.20072574X-RAY DIFFRACTION100
2.3404-2.5210.19741550.20192596X-RAY DIFFRACTION100
2.521-2.77470.22471470.19832606X-RAY DIFFRACTION100
2.7747-3.17620.21181560.20672625X-RAY DIFFRACTION100
3.1762-4.00130.21561190.19822707X-RAY DIFFRACTION100
4.0013-48.47930.22791440.21142848X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1698-0.0211-0.03860.0943-0.22350.08370.2812-0.67760.11440.84950.06370.06450.4768-0.255300.4724-0.18890.1056-0.2816-0.9232-0.6706-0.217426.377135.6073
20.29690.25790.62780.89590.70070.50490.0522-0.0062-0.03130.0204-0.0691-0.01870.0422-0.007-00.07840.00630.01240.0826-0.01870.080516.688932.800126.1422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID -3 THROUGH 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 87 THROUGH 264 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る