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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c8u | ||||||
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タイトル | Xenopus ZNRF3 ectodomain crystal form II | ||||||
![]() | E3 UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE ZNRF3 | ||||||
![]() | LIGASE / WNT / RNF43 / LGR4 / LGR5 / LGR6 / RSPO / R-SPONDIN / R-SPO / RSPO1 / RSPO2 / RSPO3 / RSPO4 / RECEPTOR / MEMBRANE / SIGNALLING | ||||||
機能・相同性 | ![]() Regulation of FZD by ubiquitination / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / limb development / stem cell proliferation / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...Regulation of FZD by ubiquitination / Wnt receptor catabolic process / negative regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / limb development / stem cell proliferation / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | XENOPUS TROPICALIS | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zebisch, M. / Jones, E.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Molecular Basis of Znrf3/Rnf43 Transmembrane Ubiquitin Ligase Inhibition by the Wnt Agonist R-Spondin. 著者: Zebisch, M. / Xu, Y. / Krastev, C. / Macdonald, B.T. / Chen, M. / Gilbert, R.J.C. / He, X. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4c84C ![]() 4c85C ![]() 4c86C ![]() 4c8aC ![]() 4c8cC ![]() 4c8fC ![]() 4c8pC ![]() 4c8tC ![]() 4c8vC ![]() 4c8wC ![]() 4c99C ![]() 4c9aC ![]() 4c9eC ![]() 4c9rC ![]() 4c9uC ![]() 4c9vC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given / Matrix: (-1, -0.007), |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20494.014 Da / 分子数: 2 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 24-191 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q08D68, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) #2: 化合物 | ChemComp-BR / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.3 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.01→75 Å / Num. obs: 6320 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Net I/σ(I): 8 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 3.01→50.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 39.524 / SU ML: 0.715 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.653 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.44 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→50.34 Å
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拘束条件 |
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