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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c8r | ||||||
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タイトル | Human gamma-butyrobetaine dioxygenase (BBOX1) in complex with Ni(II) and N-(3-hydroxypicolinoyl)-S-(pyridin-2-ylmethyl)-L-cysteine (AR692B) | ||||||
![]() | GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE 1 / DSBH / FACIAL TRIAD / GAMMA-BUTYROBETAINE / HYDROXYLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-butyrobetaine dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / iron ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chowdhury, R. / Rydzik, A.M. / Kochan, G.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modulating carnitine levels by targeting its biosynthesis pathway - selective inhibition of gamma-butyrobetaine hydroxylase. 著者: Rydzik, A.M. / Chowdhury, R. / Kochan, G.T. / Williams, S.T. / McDonough, M.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 476.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 390.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 122.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3o2gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 44861.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 500分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/6YT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/6YT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-6YT / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M AMMONIUM CITRATE, 10MM NISO4, 2% 1,6-DIAMINOHEXANE, 19% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→48.42 Å / Num. obs: 71043 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.01 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3O2G 解像度: 2.82→48.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 66066.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1039 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.42 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.82→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 12
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Xplor file |
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