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万見
- PDB-4c7m: The crystal structure of TcpB or BtpA TIR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c7m
タイトルThe crystal structure of TcpB or BtpA TIR domain
要素Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction
類似検索 - 分子機能
Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Alaidarous, M. / Ve, T. / Casey, L.W. / Valkov, E. / Ullah, M.O. / Schembri, M.A. / Mansell, A. / Sweet, M.J. / Kobe, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Mechanism of bacterial interference with TLR4 signaling by Brucella Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein TcpB.
著者: Alaidarous, M. / Ve, T. / Casey, L.W. / Valkov, E. / Ericsson, D.J. / Ullah, M.O. / Schembri, M.A. / Mansell, A. / Sweet, M.J. / Kobe, B.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
B: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
C: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein
D: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2404
ポリマ－60,2404
非ポリマー00
水1448
1
A: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0601
ポリマ－15,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0601
ポリマ－15,0601
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0601
ポリマ－15,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0601
ポリマ－15,0601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.966, 73.676, 74.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Toll/interleukin-1 receptor domain-containing protein


分子量: 15060.121 Da / 分子数: 4 / 断片: TIR DOMAIN, RESIDUES 90-220 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌)
遺伝子: EXD79_08750 / プラスミド: PMCSG7 VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4P6KMT3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.2 M NACL, 25%(W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953693
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953693 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→42.42 Å / Num. obs: 18090 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 63.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル解像度: 2.6→42.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H16

3h16


解像度: 2.57→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9155 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8999 / SU R Cruickshank DPI: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.715 / SU Rfree Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.293 / 詳細: DISORDERED REGION WITH NO DENSITY WERE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2401 1009 5.58 %RANDOM
Rwork0.2317 ---
obs0.2322 18079 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.965 Å20 Å27.2796 Å2
2---0.9446 Å20 Å2
3----5.0204 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.411 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4061 0 0 8 4069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014137HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.055574HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1461SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes595HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4137HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.76
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion537SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4377SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.73 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2833 151 5.19 %
Rwork0.2601 2756 -
all0.2613 2907 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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