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- PDB-4c6y: Ancestral PNCA (last common ancestors of Gram-positive and Gram- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c6y
タイトルAncestral PNCA (last common ancestors of Gram-positive and Gram- negative bacteria) beta-lactamase class A
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Risso, V.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Phenotypic Comparisons of Consensus Variants Versus Laboratory Resurrections of Precambrian Proteins.
著者: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Hyperstability and Substrate Promiscuity in Laboratory Resurrections of Precambrian Beta-Lactamases.
著者: Risso, V.A. / Gavira, J.A. / Mejia-Carmona, D.F. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 2.02023年12月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,08631
ポリマ－56,1772
非ポリマー2,90929
水5,459303
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,86019
ポリマ－28,0891
非ポリマー1,77118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,22612
ポリマ－28,0891
非ポリマー1,13811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.581, 57.473, 240.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE


分子量: 28088.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 解説: RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / プラスミド: PET24 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: beta-lactamase

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非ポリマー , 7種, 332分子

#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESURRECTED SEQUENCE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: CAPILLARY COUNTERDIFFUSION 20%PEG 400, 15%PEG 4K, 10% PEG 8K, TRIS-HCL 0.1M PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.7 Å / Num. obs: 52107 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B88

4b88


解像度: 1.799→46.703 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 2660 5.1 %
Rwork0.1416 --
obs0.143 52085 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→46.703 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3934 0 190 303 4427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3025992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7891756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006783
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7993-1.83210.25241380.19492462X-RAY DIFFRACTION98
1.8321-1.86730.22351370.16442554X-RAY DIFFRACTION100
1.8673-1.90540.19011730.14542525X-RAY DIFFRACTION100
1.9054-1.94680.15271250.14412571X-RAY DIFFRACTION100
1.9468-1.99210.18711250.13962627X-RAY DIFFRACTION100
1.9921-2.04190.1661340.12842544X-RAY DIFFRACTION100
2.0419-2.09720.17411340.12652577X-RAY DIFFRACTION100
2.0972-2.15890.14251490.12572555X-RAY DIFFRACTION100
2.1589-2.22860.17811410.12212584X-RAY DIFFRACTION100
2.2286-2.30820.16891430.12852582X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.40060.14541440.1192589X-RAY DIFFRACTION100
2.4006-2.50990.17491340.12232603X-RAY DIFFRACTION100
2.5099-2.64220.16971530.11582601X-RAY DIFFRACTION100
2.6422-2.80770.14471420.12622594X-RAY DIFFRACTION100
2.8077-3.02440.14711440.13392627X-RAY DIFFRACTION100
3.0244-3.32870.17061250.14032639X-RAY DIFFRACTION100
3.3287-3.81020.15541220.14362656X-RAY DIFFRACTION100
3.8102-4.79970.15621470.14152699X-RAY DIFFRACTION100
4.7997-46.71860.2171500.18792836X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.73981.363-0.9491.7787-0.57891.81690.1281-0.48010.03250.3726-0.1585-0.2008-0.01760.18480.0320.1514-0.0211-0.0440.1767-0.00660.1607-6.78485.2519-33.1233
21.69411.86950.41832.26190.43140.11940.2317-0.32940.28070.257-0.17910.2678-0.0149-0.146-0.08760.1243-0.00820.00750.1938-0.01980.1969-16.34089.651-37.2391
31.3135-0.0970.11071.0849-0.08741.79080.02680.10810.053-0.2449-0.09670.09480.0131-0.09220.0810.17550.0167-0.02040.08220.00820.1764-22.51929.759-64.8489
42.21680.57260.40881.7571-0.2671.96060.1393-0.085-0.0829-0.4316-0.2791-0.39730.39790.46930.1170.25910.10990.0670.22580.06770.2362-8.40365.9781-70.5761
51.0646-0.00170.20941.0323-0.11371.12950.0154-0.01980.1028-0.0682-0.0457-0.0192-0.04280.03390.0390.1060.00920.00130.09490.00940.1604-17.718711.6533-55.1052
60.4402-0.7061-0.16141.8793-1.11733.67220.065-0.067-0.0449-0.0547-0.06770.07790.4203-0.03510.00250.129-0.017-0.00550.10120.00220.1747-12.1791-3.8864-49.0819
72.0702-0.0017-0.56160.9517-0.40591.3307-0.057-0.05330.0496-0.02670.07690.00650.17720.039-0.01870.1083-0.0094-0.01710.0953-0.00090.1303-9.47761.1351-42.884
85.39710.9648-0.34662.5547-0.74752.1731-0.23120.0841-0.7592-0.2032-0.0742-0.21740.91430.05790.22150.8038-0.10330.070.18490.01130.2598-21.2463-28.4798-36.5916
91.5953-0.4150.84411.4037-0.0272.3643-0.03230.0283-0.0601-0.30390.051-0.22060.61570.3213-0.03230.36120.01380.04780.24150.01080.1721-17.1443-17.7786-31.3385
101.0133-0.6437-1.42640.92210.013.99960.1265-0.39080.0880.15030.00590.0994-0.08120.0364-0.12920.2051-0.04460.01430.3292-0.00090.1686-26.794-6.4614-6.0073
111.82950.4947-0.98361.0995-0.42913.17540.0031-0.14710.02780.00290.04940.09030.0548-0.0059-0.04460.135-0.01060.00110.19030.0150.1228-25.0026-6.8565-19.3048
120.77370.1609-0.9141.6906-0.12412.5535-0.1119-0.1932-0.24170.0201-0.0263-0.15151.03240.31370.0580.43340.08440.03310.28260.07240.1834-18.8846-20.8447-18.2245
133.4693-0.61160.23223.0063-1.31021.71910.2046-0.102-0.3827-0.0528-0.0206-0.20370.79930.15260.15831.1363-0.0390.11060.12990.11720.1913-22.1931-29.4453-26.0807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 26 THROUGH 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 51 THROUGH 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 69 THROUGH 98 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 99 THROUGH 118 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 119 THROUGH 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 213 THROUGH 238 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 240 THROUGH 290 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 27 THROUGH 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 41 THROUGH 68 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 69 THROUGH 118 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 119 THROUGH 195 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 196 THROUGH 271 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 272 THROUGH 290 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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