PDB-4c6v: Crystal structure of M. tuberculosis KasA in complex with TLM5 (S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c6v

タイトル

Crystal structure of M. tuberculosis KasA in complex with TLM5 (Soak for 5 min)

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

キーワード

TRANSFERASE / KAS ENZYME / TYPE 2 FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MYCOLIC ACID SYNTHESIS / THIOLACTOMYCIN

機能・相同性

Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : / Chem-TLG / :

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for the Recognition of Mycolic Acid Precursors by Kasa, a Condensing Enzyme and Drug Target from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Schiebel, J. / Kapilashrami, K. / Fekete, A. / Bommineni, G.R. / Schaefer, C.M. / Mueller, M.J. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2013年9月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c6v.cif.gz	169.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c6v.ent.gz	134.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4c6v_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4c6v_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	4c6v_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4c6v_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/4c6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c6uC 4c6wC 4c6xC 4c6zC 4c70C 4c71C 4c72C 4c73C 2wgeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wgf-4 6p9m-1 2gp6-d 6y2j-2 5w2q-1 6p9k-1 2wgd-1 6y2j-3 2wge-1 2wgg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

ヘテロ分子

46.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

ヘテロ分子

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.230, 77.230, 146.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA-KETOACYL ACP SYNTHASE 分子量: 45820.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PFPCA1 / 発現宿主: MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155 参照: UniProt: I6Y8T4, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-TLG / (5R)-3-acetyl-4-hydroxy-5-methyl-5-[(1Z)-2-methylbuta-1,3-dien-1-yl]thiophen-2(5H)-one 分子量: 238.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄O₃S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.86 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 9.5 詳細: 10% PEG 3350, 0.2 M K/NA-TARTRATE, 1.5 MM TCEP, pH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→49.44 Å / Num. obs: 14534 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WGE

2wge

解像度: 2.7→66.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 25.395 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.785 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24217	729	5 %	RANDOM
R_work	0.17643	-	-	-
obs	0.17969	13755	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0.84 Å²	0 Å²
2-	-	1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→66.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3030	0	21	88	3139

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.662	1.97	4225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.255	5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.45	23.415	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.15	15	471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.939	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.684	1.5	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.299	2	3262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.036	3	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.366	4.5	963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	52	-
R_work	0.257	1015	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.985	-0.0327	0.275	3.448	0.271	1.381	0.0652	0.0766	-0.4201	-0.1551	0.0354	0.3662	0.4094	-0.0819	-0.1006	0.292	-0.0194	0.0328	0.2099	-0.0591	0.2639	38.0363	-15.7919	34.4034
2	3.5427	-3.1499	-1.1398	10.0356	0.5309	14.5844	-0.1466	-0.4698	-0.1019	0.8495	0.1374	0.7441	0.8763	-0.764	0.0093	0.1847	-0.1287	0.1371	0.2192	-0.0881	0.1475	28.6376	-19.3732	49.9745
3	12.3393	-5.9134	-0.0065	5.7356	2.2544	5.9919	0.3473	0.0768	-0.4781	0.6009	-0.5043	0.1969	1.0494	-0.1831	0.1571	0.3054	-0.1106	0.0519	0.0845	-0.0009	0.0967	42.4074	-20.9592	50.5397
4	5.8857	-4.1505	-1.3238	3.6897	-0.4723	3.057	0.0947	0.3667	-0.02	-0.0595	-0.2018	0.035	0.2355	-0.2473	0.1071	0.3509	-0.1158	0.0709	0.116	-0.149	0.318	32.9132	-7.9781	56.13
5	3.6802	-1.5042	1.0473	2.5768	-2.0664	6.6023	0.0402	0.079	0.2981	0.1067	-0.1915	-0.2357	0.1947	0.0265	0.1514	0.1434	0.0136	-0.0024	0.0325	0.008	0.0711	47.8543	-4.8404	46.7357
6	2.115	-0.9309	1.2473	2.761	-0.9651	2.6559	0.1956	0.028	-0.1938	-0.2621	0.0236	0.2144	0.1398	-0.1547	-0.2192	0.1145	0.0212	0.0099	0.0481	-0.0044	0.0603	37.7081	-8.4454	33.5658
7	2.7799	-5.5581	1.2818	11.4615	-1.2366	11.8428	0.0829	0.3241	0.3776	0.0401	-0.4682	-1.058	1.2141	1.0445	0.3854	0.1846	0.1255	-0.0137	0.2221	-0.0091	0.6177	60.3332	-20.0838	44.8292
8	0.4597	-0.5946	0.687	2.5566	0.1537	1.6597	0.0873	0.1079	0.0461	-0.4898	-0.0271	-0.2906	-0.1356	0.1807	-0.0602	0.1894	0.047	0.0999	0.1006	0.0003	0.0636	48.8976	-4.9555	29.219
9	1.9463	-0.1433	-0.283	2.9435	1.9441	1.811	0.2092	0.267	0.0904	-0.7197	0.0138	-0.4895	-0.3811	0.131	-0.223	0.2567	0.0702	0.1432	0.1217	0.0334	0.1065	50.1731	-9.5055	25.5366

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	83 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	103 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	161 - 183
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	184 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	252 - 266
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	267 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	373 - 416

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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