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- PDB-4c5l: Structure of the pyridoxal kinase from Staphylococcus aureus in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c5l
タイトルStructure of the pyridoxal kinase from Staphylococcus aureus in complex with pyridoxal
要素PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
キーワードTRANSFERASE / RIBOKINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphomethylpyrimidine kinase activity / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / pyridoxal kinase / thiamine biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase / Hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase domain / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PXL / 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / pyridoxal kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MU50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nodwell, M. / Alte, F. / Sieber, S.A. / Schneider, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: A Subfamily of Bacterial Ribokinases Utilizes a Hemithioacetal for Pyridoxal Phosphate Salvage.
著者: Nodwell, M.B. / Koch, M.F. / Alte, F. / Schneider, S. / Sieber, S.A.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
C: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
D: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,30612
ポリマ－119,2474
非ポリマー1,0598
水5,513306
1
A: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
D: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2507
ポリマ－59,6242
非ポリマー6275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
C: PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0565
ポリマ－59,6242
非ポリマー4323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.440, 102.780, 83.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9973, 0.0023, -0.0734), (-0.004, 0.9997, -0.0238), (0.0733, 0.024, 0.997)0.9407, -1.7557, 41.7491
2given(-0.998, 0.0112, 0.0626), (-0.0183, -0.9933, -0.1139), (0.0609, -0.1148, 0.9915)-27.3562, 5.6952, 42.1933
3given(-1, 0.0018, -0.0007), (-0.0017, -0.9888, -0.1496), (-0.001, -0.1496, 0.9888)-25.7177, 9.6722, 0.6748

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHOMETHYLPYRIMIDINE KINASE / PYRIDOXAL KINASE


分子量: 29811.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MU50 (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q99W31, UniProt: A0A0H3JTP0*PLUS, pyridoxal kinase
#2: 化合物 ChemComp-UEG / 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / ビタミンB6


分子量: 169.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PXL / 3-HYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLISONICOTINALDEHYDE / PYRIDOXAL / ピリドキサ-ル


分子量: 167.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細FIRST AMINO ACID IS A GLY INSTEAD OF MET DUE TO REMOVAL OF THE AFFINITY TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50MM HEPES PH 7.6, 2M NH4SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→43.81 Å / Num. obs: 90725 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.65
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C5J

4c5j


解像度: 1.85→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 10.071 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27485 4567 5 %RANDOM
Rwork0.2341 ---
obs0.23614 86158 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.67 Å2-0 Å2-0.57 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8037 0 68 306 8411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4231.97111274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.763318151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30451078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27726.019319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.244151369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.823158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it00.24297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other00.24296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it00.35353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4010.2344005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.443 328 -
Rwork0.384 6223 -
obs--97.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10460.2091-0.37271.68050.2912.05510.0189-0.2085-0.17030.1939-0.01560.06810.2485-0.0572-0.00330.2278-0.02750.01660.1394-0.00180.1677-16.39711.8661-20.9706
22.8281-0.2177-0.88013.8369-0.07977.3628-0.0069-0.27130.02950.3639-0.01350.1941-0.1896-0.33850.02040.2087-0.10220.01090.2149-0.0120.2231-25.6501-6.4398-18.9561
326.03860.70845.81515.22074.363524.3636-0.1195-0.0359-0.7801-0.0808-0.1153-0.7112-0.16190.55740.23480.2730.05270.01690.31130.05880.4255-5.4059-10.6849-21.5939
41.039-0.0497-0.90088.1768-17.48138.3554-0.2544-1.1096-0.3503-0.005-0.6658-0.27270.33512.52860.92020.81760.37-0.17011.26910.29940.7599-17.9532-17.4553-11.9759
53.3263-0.15460.54225.17871.15055.90070.1256-0.1325-0.43180.0434-0.07450.00930.86450.1778-0.05110.2674-0.0648-0.01080.20890.0310.2417-20.8389-20.4765-24.5786
63.50692.0619-4.69369.5834-0.224410.0769-0.03940.0602-0.18260.0288-0.0334-0.53910.48430.46280.07280.39930.0149-0.08120.2574-0.02260.2018-17.813-19.3294-36.1963
736.263411.315821.88824.23163.86817.82250.16281.6352-1.7629-1.07331.41640.00841.09751.4699-1.57920.50430.01290.020.3626-0.07220.4819-0.1929-9.6145-35.6331
85.44980.6591-0.16252.23720.16911.3660.05140.2472-0.2801-0.0989-0.0516-0.00380.4255-0.02350.00030.3473-0.0278-0.00020.1395-0.01890.1509-15.386-6.6211-36.1346
93.20041.83021.48541.74421.88492.97650.10540.3355-0.2599-0.04510.1048-0.24470.47080.2466-0.21020.51340.12120.00370.25330.00190.2025-6.676-6.4646-37.3923
102.64850.6022-0.57352.3927-0.37661.6577-0.04690.12690.0808-0.40870.03670.23970.1174-0.26380.01010.3077-0.0652-0.04920.1616-0.00290.1303-23.31923.2807-68.6538
117.9434-1.77910.0934.5122-0.44822.5417-0.1741-0.32040.0350.12650.0986-0.10890.32440.03340.07550.25320.0019-0.01750.15770.00740.1224-15.7921.111-54.308
122.0946-1.4740.14487.1472-0.77822.8620.0126-0.3338-0.10950.11190.10520.74640.1605-0.3613-0.11790.1482-0.0837-0.00730.29520.01930.3087-31.1838-3.0288-59.3043
1319.7389-5.64788.200611.8959-2.75023.4546-0.3757-0.08090.48880.56180.1565-1.144-0.13180.07860.21920.4347-0.0124-0.01750.5157-0.01020.3073-19.2843-16.8296-52.9484
143.4790.29390.11935.34750.75855.0929-0.2066-0.0274-0.2671-0.22310.08890.18660.43090.1810.11770.2455-0.1099-0.00230.23270.03780.2565-26.3414-20.031-64.6486
1528.1549-8.50623.81152.7318-0.14737.00230.4527-0.0401-0.8963-0.23990.16530.1547-0.07281.2635-0.6180.9232-0.15890.24830.7230.05580.8749-13.7116-20.8985-75.6655
1611.18964.21320.2988.6209-0.10683.0829-0.20330.6788-0.3416-0.53390.095-0.44420.5461-0.04290.10840.5213-0.0919-0.06330.2756-0.06270.2717-23.1258-18.8924-78.2748
174.07661.28770.23163.3143-0.10811.3924-0.18330.3102-0.2046-0.71260.1813-0.06070.43510.00210.0020.5701-0.09010.00310.2001-0.01610.1076-17.3455-5.1996-76.2414
188.778116.0249-8.2541.8861-17.68578.3015-0.35350.3164-0.7343-0.3182-0.1597-0.59570.2804-0.14510.51320.5611-0.0686-0.03170.3793-0.08680.2347-23.6969-19.2769-84.0797
191.48650.31950.39972.6945-0.14383.4472-0.08830.04320.0822-0.31390.05920.1129-0.066-0.15820.02910.2624-0.0274-0.04820.12140.02030.1332-17.889811.3094-64.6955
2012.2106-5.3581-3.11025.50492.54874.7450.0014-0.6230.20620.32650.0375-0.2377-0.15720.1317-0.03880.2638-0.0354-0.04160.15580.01750.1317-13.368610.3303-51.3184
211.68710.38520.43035.32850.29834.83130.0325-0.18810.11070.01060.0109-0.5609-0.10520.3819-0.04340.1315-0.0419-0.00020.19960.03460.2576-5.174916.2097-60.4204
2220.975815.17216.450311.53941.745118.5009-0.4385-0.70491.54880.0486-0.2621.2696-2.3921-0.66860.70040.64570.28560.01770.61770.06220.9014-20.092826.6577-55.4566
2321.099-3.1854-2.231712.56460.16119.3077-0.353-0.92490.74060.63350.1885-0.0871-0.99070.12010.16460.3197-0.0865-0.04120.2636-0.01160.2656-6.904628.0716-53.2082
243.5394-1.02771.61864.9745-0.17524.821-0.13090.03460.466-0.2378-0.112-0.082-0.763-0.22330.24290.2154-0.03220.04460.21260.03280.342-12.569234.6498-67.5891
254.22310.8335-0.38324.8789-1.75453.82070.07970.29560.4712-0.47180.10740.6882-0.3159-0.4567-0.18710.4447-0.0182-0.07320.22840.05120.2613-18.690222.0958-74.0446
2615.09313.38723.8347.2288-0.06312.4881-0.06420.45150.9799-0.53990.09090.05040.02190.0751-0.02670.4632-0.0096-0.0060.19620.08070.1757-13.808924.5641-78.292
271.23950.4253-0.14732.8149-0.94282.09840.12150.52050.4147-0.53410.14580.3818-0.1729-0.4909-0.26730.53870.0733-0.1390.41260.13230.4047-26.116721.0176-76.0467
281.21620.30231.13513.3644-0.64551.32750.0390.0296-0.00550.1555-0.0918-0.2727-0.0130.08550.05290.0098-0.01260.00780.1884-0.01710.2149-8.758311.03-26.0453
295.1002-2.0461-2.12588.43590.81770.88730.039-0.0619-0.021-0.4958-0.061-0.1378-0.00450.03960.0220.10220.01740.01230.20390.00820.1913-6.30458.9174-32.5357
306.9034-2.2584-0.71612.93580.48242.0357-0.0216-0.50740.18660.37450.0786-0.13210.0219-0.0085-0.0570.2576-0.0126-0.02080.1870.00850.1406-11.968610.2058-13.4441
311.62770.79660.81565.5605-0.62814.73180.0638-0.59710.30550.6323-0.013-0.153-0.31570.0358-0.05080.1435-0.05720.01920.3439-0.08170.3234-3.253223.378-17.3836
328.3621-0.91053.46344.70220.09796.1983-0.0146-0.07560.6644-0.0414-0.060.1757-0.6633-0.46890.07470.256-0.02810.06480.22040.01170.4714-7.926936.465-27.2665
3317.560516.1466-6.6814.8503-6.14662.5640.07570.2020.99670.01840.24440.94350.0011-0.1725-0.32010.5349-0.02220.02520.45270.04090.54-19.043230.0843-35.9923
348.24310.2155-0.32953.7833-0.34082.22580.32980.13670.4721-0.2021-0.1196-0.245-0.31120.1436-0.21030.2301-0.04410.00880.13070.01290.2286-6.342621.0637-32.5546
353.9505-0.3868-1.49742.4735-0.15461.46690.06020.02670.2489-0.1534-0.09540.1384-0.3307-0.13110.03520.24680.0192-0.02420.1627-0.00990.1337-19.811619.6863-32.9031
365.15168.48122.437616.76924.62811.7762-0.15960.39780.5612-0.22330.20210.4653-0.41040.0861-0.04250.39130.00680.02590.28560.05090.3036-13.579327.0578-41.0886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2A82 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4A116 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5A124 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6A173 - 203
7X-RAY DIFFRACTION7A204 - 208
8X-RAY DIFFRACTION8A209 - 249
9X-RAY DIFFRACTION9A250 - 276
10X-RAY DIFFRACTION10B1 - 34
11X-RAY DIFFRACTION11B35 - 64
12X-RAY DIFFRACTION12B65 - 107
13X-RAY DIFFRACTION13B108 - 123
14X-RAY DIFFRACTION14B124 - 176
15X-RAY DIFFRACTION15B177 - 188
16X-RAY DIFFRACTION16B189 - 207
17X-RAY DIFFRACTION17B208 - 269
18X-RAY DIFFRACTION18B270 - 276
19X-RAY DIFFRACTION19C1 - 50
20X-RAY DIFFRACTION20C51 - 65
21X-RAY DIFFRACTION21C66 - 107
22X-RAY DIFFRACTION22C108 - 119
23X-RAY DIFFRACTION23C120 - 128
24X-RAY DIFFRACTION24C129 - 199
25X-RAY DIFFRACTION25C200 - 228
26X-RAY DIFFRACTION26C229 - 243
27X-RAY DIFFRACTION27C244 - 276
28X-RAY DIFFRACTION28D1 - 27
29X-RAY DIFFRACTION29D28 - 35
30X-RAY DIFFRACTION30D36 - 71
31X-RAY DIFFRACTION31D72 - 149
32X-RAY DIFFRACTION32D150 - 197
33X-RAY DIFFRACTION33D198 - 208
34X-RAY DIFFRACTION34D209 - 233
35X-RAY DIFFRACTION35D234 - 264
36X-RAY DIFFRACTION36D265 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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