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- PDB-4c1d: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with L-captopril -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c1d
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 with L-captopril
要素BETA-LACTAMASE CLASS B VIM-2
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / L-CAPTOPRIL / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.198 Å
データ登録者Zollman, D. / Brem, J. / McDonough, M.A. / van Berkel, S.S. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Metallo-beta-Lactamase Inhibition by Captopril Stereoisomers.
著者: Brem, J. / van Berkel, S.S. / Zollman, D. / Lee, S.Y. / Gileadi, O. / McHugh, P.J. / Walsh, T.R. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月17日Group: Other / Structure summary
改定 1.22015年11月25日Group: Database references
改定 1.32016年1月13日Group: Database references
改定 1.42018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE CLASS B VIM-2
B: BETA-LACTAMASE CLASS B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,44416
ポリマ－51,3872
非ポリマー1,05714
水7,782432
1
A: BETA-LACTAMASE CLASS B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2228
ポリマ－25,6931
非ポリマー5297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-LACTAMASE CLASS B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2228
ポリマ－25,6931
非ポリマー5297
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.246, 79.402, 67.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE CLASS B VIM-2 / CLASS B BETA-LACTAMASE / METALLO BETA LACTAMASE VIM-2 / METALLO BETA-LACTAMASE / METALLO-BETA- ...CLASS B BETA-LACTAMASE / METALLO BETA LACTAMASE VIM-2 / METALLO BETA-LACTAMASE / METALLO-BETA-LACTAMASE / METALLO-BETA-LACTAMASE VIM-2 / METTALO-BETA-LACTAMASE VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 PROTEIN / VIM-2 TYPE METALLO-BETA-LACTAMASE


分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 解説: PLASMID DERIVED NON-GENOMIC. / プラスミド: OPINF VECTOR BASED ON PTRIEX VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 446分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-X8Z / L-CAPTOPRIL / カプトプリル


分子量: 217.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15NO3S / コメント: 阻害剤, 薬剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V PEG3350, 1 MM TCEP.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 126706 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 13.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KO3

1ko3


解像度: 1.198→39.701 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CONFORMATION OF RAMACHANDRAN OUTLIERS 84 ASP, 87 TRP AND 178 ALA VALIDATED BY CLEAR ELECTRON DENSITY. POSSIBLE ALTERNATIVE CONFORMATION OF LIGAND, HOWEVER VERY LOW OCCUPANCY SO LEFT UNMODELLED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1722 1991 1.6 %
Rwork0.1427 --
obs0.1432 126687 97.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.198→39.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3464 0 48 432 3944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0253778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4035208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8831322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008686
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1975-1.22750.26411100.2347639X-RAY DIFFRACTION84
1.2275-1.26060.24871430.21658631X-RAY DIFFRACTION95
1.2606-1.29770.26631420.20898911X-RAY DIFFRACTION98
1.2977-1.33960.24681370.18578973X-RAY DIFFRACTION99
1.3396-1.38750.2071500.16728936X-RAY DIFFRACTION99
1.3875-1.44310.16941410.14558999X-RAY DIFFRACTION99
1.4431-1.50870.18911480.13398990X-RAY DIFFRACTION99
1.5087-1.58830.16711440.12389040X-RAY DIFFRACTION99
1.5883-1.68780.15461450.11929003X-RAY DIFFRACTION99
1.6878-1.81810.1681390.11419032X-RAY DIFFRACTION99
1.8181-2.00110.14881480.11719071X-RAY DIFFRACTION100
2.0011-2.29060.1691500.12479076X-RAY DIFFRACTION100
2.2906-2.88580.15841450.14499169X-RAY DIFFRACTION100
2.8858-39.72280.16541490.15049226X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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