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- PDB-4c14: The crystal strucuture of PpAzoR in complex with reactive black 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c14
タイトルThe crystal strucuture of PpAzoR in complex with reactive black 5 (RB5)
要素FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FD5 / FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Goncalves, A.M.D. / de Sanctis, D. / Bento, I.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: The crystal structure of Pseudomonas putida azoreductase - the active site revisited.
著者: Goncalves, A.M. / Mendes, S. / de Sanctis, D. / Martins, L.O. / Bento, I.
履歴
登録2013年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Atomic model
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 2.02019年1月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1133
ポリマ－21,3861
非ポリマー1,7272
水2,558142
1
A: FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
ヘテロ分子

A: FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2266
ポリマ－42,7722
非ポリマー3,4544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-39.5 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.674, 94.971, 146.949
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2093-

HOH

21A-2136-

HOH

31A-2142-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1 / AZO-DYE REDUCTASE 1 / FMN-DEPENDENT NADH-AZO COMPOUND OXIDOREDUCTASE 1 / AZOREDUCTASE / NAD(P)H ...AZO-DYE REDUCTASE 1 / FMN-DEPENDENT NADH-AZO COMPOUND OXIDOREDUCTASE 1 / AZOREDUCTASE / NAD(P)H QUINONE OXIDOREDUCTASE


分子量: 21386.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FMN-BINDING PROTEIN / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: MET94 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER
参照: UniProt: Q88IY3, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物 ChemComp-FD5 / [5-[3-[2-[[4-[2-[1-azanyl-7-[2-[4-[methyl-bis(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]phenyl]hydrazinyl]-8-oxidanyl-3,6-bis[tris(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]naphthalen-2-yl]hydrazinyl]phenyl]-bis(oxidanyl)-$l^{4}-sulfanyl]ethoxy]-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate / FAD DERIVATIVE


分子量: 1180.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H54N9O21PS4
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9725
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→73.5 Å / Num. obs: 20109 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 30.004 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C0W

4c0w


解像度: 1.9→36.337 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2137 1026 5.1 %
Rwork0.1848 --
obs0.1862 20092 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.541 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.337 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 84 142 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6872296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.687619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054245
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.00020.30541460.23882700X-RAY DIFFRACTION100
2.0002-2.12550.29881110.22562729X-RAY DIFFRACTION100
2.1255-2.28960.27411600.21622690X-RAY DIFFRACTION100
2.2896-2.51990.22631630.19912675X-RAY DIFFRACTION99
2.5199-2.88440.23081600.18992675X-RAY DIFFRACTION98
2.8844-3.63350.21531380.18322746X-RAY DIFFRACTION99
3.6335-36.34370.17091480.16352851X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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