PDB-3w79: Crystal Structure of azoreductase AzrC in complex with sulfone-mo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3w79

タイトル

Crystal Structure of azoreductase AzrC in complex with sulfone-modified azo dye Orange I

要素

FMN-dependent NADH-azoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / azoreductase / azo bond cleavage / FMN-binding / azoreductase-azoreductase substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ogata, D. / Yu, J. / Ooi, T. / Yao, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of AzrA and of AzrC complexed with substrate or inhibitor: insight into substrate specificity and catalytic mechanism.
著者: Yu, J. / Ogata, D. / Gai, Z. / Taguchi, S. / Tanaka, I. / Ooi, T. / Yao, M.

履歴

登録	2013年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3w79.cif.gz	326.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3w79.ent.gz	268.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3w79.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/3w79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/3w79	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3w77SC 3w78C 3w7aC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3w7a-1 2q8h-d 4zgx-4 5wvr-d 2z9c-1 4tqs-1 2hpv-2 3w7a-2 2d5i-1 3w77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FMN-dependent NADH-azoreductase

B: FMN-dependent NADH-azoreductase

C: FMN-dependent NADH-azoreductase

D: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

94.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FMN-dependent NADH-azoreductase

B: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FMN-dependent NADH-azoreductase

D: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	191.144, 56.567, 105.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 211 / Label seq-ID: 2 - 211

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase 分子量: 22950.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus (バクテリア) / 株: B29 / 遺伝子: azrC, azoR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C0STY1, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ORI / 4-[(E)-(4-hydroxynaphthalen-1-yl)diazenyl]benzenesulfonic acid / Orange I 分子量: 328.342 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₂N₂O₄S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 600, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 39733 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	5.1	0.495	1	98.6
2.49-2.59	5.4	0.427	1	99
2.59-2.7	5.5	0.354	1	99.4
2.7-2.85	5.5	0.292	1	99.5
2.85-3.02	5.6	0.218	1	99.8
3.02-3.26	5.6	0.159	1	99.8
3.26-3.58	5.7	0.114	1	99.9
3.58-4.1	5.7	0.087	1	99.9
4.1-5.17	5.6	0.071	1	99.9
5.17-50	5.5	0.068	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W77

3w77

解像度: 2.4→36.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.098 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24288	1988	5 %	RANDOM
R_work	0.21358	-	-	-
obs	0.21503	37655	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.541 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.34 Å²	0 Å²	-0.45 Å²
2-	-	4.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6440	0	216	39	6695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	6272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	1.974	9288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.448	3	14384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.332	5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.97	25.513	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.53	15	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.734	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7856
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11388	0.13
1	2	B	11388	0.13
2	1	A	11747	0.11
2	2	C	11747	0.11
3	1	A	11378	0.13
3	2	D	11378	0.13
4	1	B	11319	0.13
4	2	C	11319	0.13
5	1	B	11346	0.13
5	2	D	11346	0.13
6	1	C	11400	0.12
6	2	D	11400	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	157	-
R_work	0.28	2600	-
obs	-	-	93.33 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7204	0.0969	-0.3627	0.3247	-0.3149	1.1653	0.0017	0.0797	-0.0108	0.0477	-0.0014	-0.0371	-0.0603	0.0043	-0.0003	0.1117	-0.0103	0.0079	0.0114	-0.0027	0.0487	37.7522	-28.3752	30.6377
2	1.2472	0.4932	-0.0698	0.4516	0.1094	0.2474	0.0421	0.136	0.0218	0.0526	-0.0544	-0.0297	-0.0148	-0.0427	0.0123	0.0945	-0.0125	0.0096	0.064	0.0207	0.027	55.6142	-27.8129	13.7946
3	0.5116	0.2091	0.3116	0.4152	0.3509	1.0758	0.0094	0.0724	-0.003	0.0238	-0.0112	0.0216	0.0162	0.0173	0.0018	0.1114	0.0024	0.0095	0.0154	-0.0028	0.0588	12.5328	0.6667	29.8613
4	1.3325	0.4185	0.1955	0.4431	-0.1198	0.3231	0.0053	0.1637	0.0087	0.0419	-0.0138	0.0376	0.0111	0.0571	0.0085	0.0899	-0.0077	0.0209	0.0478	0.0059	0.0212	-5.3501	-0.0534	13.1249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 211
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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