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- PDB-4c0q: Transportin 3 in complex with Ran(Q69L)GTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c0q
タイトルTransportin 3 in complex with Ran(Q69L)GTP
要素
  • GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
  • TRANSPORTIN-3
キーワードTRANSPORT PROTEIN/GTP-BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-GTP-BINDING PROTEIN COMPLEX / NUCLEAR IMPORT / HEAT REPEAT / IMPORTIN BETA
機能・相同性
機能・相同性情報


annulate lamellae / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process ...annulate lamellae / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / viral process / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / protein export from nucleus / mitotic spindle organization / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of protein binding / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / midbody / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / GTP binding / nucleolus / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transportin-3/Importin-13 second TPR domain / Transportin-3/Importin-13 third TPR domain / Transportin-3/Importin-13 fourth TPR domain / : / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...Transportin-3/Importin-13 second TPR domain / Transportin-3/Importin-13 third TPR domain / Transportin-3/Importin-13 fourth TPR domain / : / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Ran GTPase / Small GTPase Ran-type domain profile. / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP-binding nuclear protein Ran / Transportin-3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Maertens, G. / Hare, S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Nuclear Import of Splicing Factors by Human Transportin 3.
著者: Maertens, G.N. / Cook, N.J. / Wang, W. / Hare, S. / Gupta, S.S. / Oztop, I. / Lee, K. / Pye, V.E. / Cosnefroy, O. / Snijders, A.P. / Kewalramani, V.N. / Fassati, A. / Engelman, A. / Cherepanov, P.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32014年3月5日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSPORTIN-3
B: TRANSPORTIN-3
C: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
D: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,4988
ポリマ－259,4044
非ポリマー1,0954
水00
1
A: TRANSPORTIN-3
C: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2494
ポリマ－129,7022
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRANSPORTIN-3
D: GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2494
ポリマ－129,7022
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.950, 93.514, 104.713
Angle α, β, γ (deg.)78.43, 68.29, 68.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.72047, 0.04323, 0.69214), (0.1001, -0.98112, 0.16547), (0.68622, 0.1885, 0.70254)6.7149, 17.72964, 50.93138
2given(-0.72638, 0.04996, 0.68548), (0.05247, -0.99041, 0.12779), (0.68529, 0.12879, 0.71679)6.48357, 16.08058, 52.20178

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要素

#1: タンパク質 TRANSPORTIN-3 / IMPORTIN-12 / IMP12 / TRANSPORTIN-SR / TRN-SR / TRANSPORTIN 3


分子量: 105391.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETSUMO-TNPO3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 LACI / 参照: UniProt: Q9Y5L0
#2: タンパク質 GTP-BINDING NUCLEAR PROTEIN RAN / ANDROGEN RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN 24 / GTPASE RAN / RAS-LIKE PROTEIN TC4 / RAS-RELATED NUCLEAR ...ANDROGEN RECEPTOR-ASSOCIATED PROTEIN 24 / GTPASE RAN / RAS-LIKE PROTEIN TC4 / RAS-RELATED NUCLEAR PROTEIN / RAN


分子量: 24309.938 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCPH6P-RAN(Q69L) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P62826
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 13.5% (W/V) PEG3350, 8.5% (W/V) BENZAMIDINE HYDROCHLORIDE, 0.2M SODIUM ACETATE, PH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9798
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→40 Å / Num. obs: 34998 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 133.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.42→3.6 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C0P

4c0p


解像度: 3.42→39.946 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 1764 5.1 %
Rwork0.2677 --
obs0.2689 34962 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 137.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.42→39.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15700 0 66 0 15766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74921819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6815911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0282531
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032746
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.42-3.51240.42881340.42162571X-RAY DIFFRACTION99
3.5124-3.61570.40691290.38052562X-RAY DIFFRACTION99
3.6157-3.73230.39131350.37872533X-RAY DIFFRACTION99
3.7323-3.86560.35871360.32872564X-RAY DIFFRACTION99
3.8656-4.02030.33321320.3172565X-RAY DIFFRACTION99
4.0203-4.2030.3071420.29582580X-RAY DIFFRACTION100
4.203-4.42440.33761440.28582536X-RAY DIFFRACTION99
4.4244-4.70120.29321490.27792553X-RAY DIFFRACTION100
4.7012-5.06350.31991300.26582557X-RAY DIFFRACTION100
5.0635-5.57180.30741110.27912603X-RAY DIFFRACTION100
5.5718-6.37530.31791480.29562544X-RAY DIFFRACTION100
6.3753-8.02150.31441340.26962579X-RAY DIFFRACTION99
8.0215-39.94830.2071400.19452451X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96920.56340.87911.65640.12880.4928-0.05-0.33851.165-0.3062-0.03460.2004-0.2713-0.0594-0.16330.79330.0843-0.03910.3131-0.0441.0692-23.162825.6136-28.858
21.1364-0.13560.24911.22550.0980.47810.0445-0.5338-1.1891-0.0170.07480.4023-0.05340.09220.09720.71020.1476-0.07990.767-0.02321.622-21.982-23.1298-21.2183
31.29750.4659-0.52231.13620.41780.76050.0021-0.0215-0.19750.17090.0137-0.0641-0.0485-0.0691-00.65890.21290.04621.1291-0.03590.637413.4193-1.7785-19.3242
41.3492-0.4093-1.16950.8615-0.12323.03290.1248-0.2847-0.62840.1185-0.46610.18050.80091.16370.06111.2897-0.1942-0.2420.92720.40611.04559.9759-8.693318.6689
50.4418-0.60880.330.7025-0.31720.41570.0903-0.35480.6044-0.4602-0.1829-0.2756-0.6224-0.1242-0.00071.4135-0.0878-0.02371.4010.0991.92895.340636.931712.1103
61.36480.0959-0.38480.3964-0.23152.54180.2737-1.2070.51320.54250.07380.23410.1502-0.821.81231.38760.0070.1143.5092-0.45090.9354-16.731818.881745.1132
70.9635-0.4666-0.21931.07160.11621.009-0.06830.2632-0.6703-0.57220.12520.87950.20850.01200.8817-0.0382-0.31510.7507-0.0091.057-18.81651.0541-36.565
81.348-0.9271-0.11541.56520.16351.03760.38-0.25160.24080.0886-0.2213-0.2197-0.1692-0.46340.00370.7813-0.12530.01531.1626-0.01730.4678-4.85649.363913.2253
90.0036-0.01550.00630.0664-0.02770.01340.1169-0.1822-0.2648-0.02040.0897-0.1758-0.15350.1836-0.00070.97810.23890.07471.628-0.18480.743-5.70394.9424-12.045
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 5:286)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 287:736)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 737:922)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 5:369)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 370:702)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 703:922)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESID 9:177)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D AND RESID 9:177)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN D AND RESID 183:188)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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