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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4c0p | ||||||
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Title | Unliganded Transportin 3 | ||||||
![]() | TRANSPORTIN-3 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / NUCLEAR IMPORT / HEAT REPEAT / TNPO3 | ||||||
Function / homology | ![]() annulate lamellae / nuclear import signal receptor activity / small GTPase binding / protein import into nucleus / nuclear envelope / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maertens, G.N. / Cook, N.J. / Hare, S. / Cherepanov, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for Nuclear Import of Splicing Factors by Human Transportin 3. Authors: Maertens, G.N. / Cook, N.J. / Wang, W. / Hare, S. / Gupta, S.S. / Oztop, I. / Lee, K. / Pye, V.E. / Cosnefroy, O. / Snijders, A.P. / Kewalramani, V.N. / Fassati, A. / Engelman, A. / Cherepanov, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 567.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 525.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 113.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 150.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4c0oC ![]() 4c0qC ![]() 2x19S ![]() 2xwuS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 104281.148 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C511A MUTATION ENGINEERED TO IMPROVE CRYSTAL PACKING Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-DTT / Sequence details | C511A MUTATION ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.3 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8.2 Details: 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M NABR, 10 MM DTT, 2 MM EDTA, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH8.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9394 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→40 Å / Num. obs: 96311 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 78.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.11 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 2X19, 2XWU Resolution: 2.95→38.17 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 90.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.95→38.17 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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