PDB-4c0e: Structure of the NOT1 superfamily homology domain from Chaetomium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4c0e

タイトル

Structure of the NOT1 superfamily homology domain from Chaetomium thermophilum

要素

NOT1

キーワード

GENE REGULATION / DEADENYLATION / MRNA DECAY / CCR4-NOT / HYDROLASE / TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Chen, Y. / Boland, A. / Raisch, T. / Jonas, S. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and Assembly of the not Module of the Human Ccr4-not Complex
著者: Boland, A. / Chen, Y. / Raisch, T. / Jonas, S. / Kuzuoglu-Ozturk, D. / Wohlbold, L. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.

履歴

登録	2013年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月16日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.3	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4c0e.cif.gz	774 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4c0e.ent.gz	650.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4c0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/4c0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4c0dC 4c0fC 4c0gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g5g-1 4cuo-1 3itm-5 2rbc-1 4drf-2 6aqg-2 5ajd-6 5cpn-d 3l68-1 3l1a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NOT1

B: NOT1

C: NOT1

D: NOT1

240 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NOT1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NOT1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: NOT1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: NOT1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.750, 127.220, 130.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NOT1 分子量: 59983.105 Da / 分子数: 4 断片: NOT1 SUPERFAMILY HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 1676-2193 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CHAETOMIUM THERMOPHILUM (菌類) / プラスミド: PETMCN (PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: G0SAL9
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE TEN N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE INCOMPLETELY CLEAVED EXPRESSION TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 % 解説: SELENIUM SITES WERE IDENTIFIED IN DATA SET 2, COLLECTED AT 0.97925 A, PEAK DATA AT THE SE EDGE IN SG19.
結晶化	pH: 6 詳細: 100MM MES PH=6.0, 180MM MGCL2, 5% PEG20000, 10MM PROLINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97925
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月27日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→90.9 Å / Num. obs: 41851 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 76.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	AUTOSOLVE	位相決定
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.2→63.61 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUES 1674, 1682, 1715, 1801, 1802, 1804, 1867, 1880, 1981, 1996, 2001, 2005, 2031, 2035, 2133, 2141, 2142, 2163, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2586	2110	5.1 %
R_work	0.2168	-	-
obs	0.2189	41820	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.352 Å² / k_sol: 0.326 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	17.8646 Å²	0 Å²	21.4607 Å²
2-	-	-15.2439 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→63.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15737	0	0	0	15737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16116
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.526	21945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.301	5632
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	2531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2828

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.2745	0.3597	120	0.3096	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2745-3.3564	0.3118	151	0.2774	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3564-3.4471	0.3267	145	0.2648	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4471-3.5485	0.2932	141	0.2617	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5485-3.6631	0.2793	142	0.2357	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6631-3.794	0.2528	149	0.2291	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.794-3.9459	0.2742	123	0.2145	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9459-4.1254	0.271	129	0.2091	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1254-4.3429	0.242	142	0.1919	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3429-4.6149	0.2443	146	0.1836	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6149-4.9711	0.2292	144	0.1908	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9711-5.4711	0.2219	122	0.2044	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4711-6.2622	0.2456	168	0.2413	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2622-7.8873	0.284	155	0.2236	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8873-63.6225	0.2288	133	0.1931	2705	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.844	0.0705	-0.6328	3.1149	-1.0211	2.4755	0.0121	0.1875	0.1425	-0.2365	0.0408	-0.2015	-0.2543	0.2572	-0.0252	0.1393	-0.0103	0.0029	0.1165	0.0054	0.0924	21.1248	-14.4552	26.7127
2	2.5508	1.7008	-1.5064	3.551	-1.3895	2.4071	-0.1085	-0.1253	-0.1895	0.1613	0.0802	0.0924	0.1296	-0.0653	0.0293	0.3114	-0.0042	-0.0391	0.3302	-0.025	0.2513	13.6068	12.1738	37.7375
3	1.231	-0.4861	-1.31	1.5321	1.4861	5.5655	0.1122	-0.206	0.2157	0.1725	0.0514	0.0688	-0.2866	-0.0823	-0.1478	0.3659	-0.0357	0.0383	0.1989	-0.01	0.326	7.9973	48.5003	43.7095
4	4.1759	-1.8333	-2.4048	2.646	1.476	3.0505	-0.0583	0.1384	-0.1498	-0.1166	-0.0225	0.0806	0.0049	0.2146	0.0621	0.2757	-0.0373	-0.0212	0.2116	0.0427	0.3321	23.6906	76.7078	18.9037
5	3.5628	0.7326	-0.4303	3.9573	0.007	3.5679	0.1481	-0.9285	-0.2282	1.0364	-0.2784	0.0018	0.443	0.3067	0.1044	0.8085	-0.0017	0.0352	0.6929	0.1433	0.3361	19.1191	-33.6237	64.8586
6	3.7772	-0.7999	-0.2444	4.8017	0.7124	3.5595	0.07	0.0502	0.1667	-0.3976	-0.0397	-0.7145	-0.2056	0.8046	0.0262	0.3229	-0.0786	0.0296	0.6157	0.0277	0.4762	47.6085	31.4627	20.8368
7	2.9864	0.6867	-0.7748	4.6295	-0.149	3.6808	-0.073	0.5765	0.2527	-0.4377	0.1174	0.0361	0.013	-0.0226	-0.0552	0.4419	-0.0327	-0.021	0.4288	0.0796	0.3264	12.9843	44.1901	1.7739
8	2.2624	-0.0013	-0.4327	2.5616	-0.3907	2.0541	0.1461	-0.0382	0.0052	0.4364	-0.0329	1.0598	0.1277	-0.6455	-0.1699	0.4663	-0.1599	0.2953	0.5044	-0.0516	1.1583	-12.6333	81.0635	40.5636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND ((RESSEQ 1674:1961))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND ((RESSEQ 1674:1961))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND ((RESSEQ 1674:1961))
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND ((RESSEQ 1674:1961))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND ((RESSEQ 1987:2193))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND ((RESSEQ 1987:2193))
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND ((RESSEQ 1987:2193))
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND ((RESSEQ 1987:2193))

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)