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万見
- PDB-2g5g: Cofacial heme binding to ChaN of Campylobacter jejuni -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g5g
タイトルCofacial heme binding to ChaN of Campylobacter jejuni
要素putative lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cofacial heme / tyrosine ligand / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN, domain 2 / Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN / Ferric uptake regulator, CjrA, predicted / Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN / Rossmann fold - #11550 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN, domain 2 / Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN / Ferric uptake regulator, CjrA, predicted / Haem-binding uptake, Tiki superfamily, ChaN / Rossmann fold - #11550 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Iron transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chan, A.C. / Murphy, M.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Cofacial Heme Binding is Linked to Dimerization by a Bacterial Heme Transport Protein.
著者: Chan, A.C. / Lelj-Garolla, B. / Rosell, F.I. / Pedersen, K.A. / Mauk, A.G. / Murphy, M.E.
履歴
登録2006年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5982
ポリマ－30,9821
非ポリマー6161
水4,378243
1
X: putative lipoprotein
ヘテロ分子

X: putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1974
ポリマ－61,9642
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)87.918, 58.790, 82.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 putative lipoprotein


分子量: 30981.945 Da / 分子数: 1 / 断片: soluble domain (residues 20-283) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
生物種: Campylobacter jejuni / 株: NCTC 11168 / 遺伝子: CJ0177 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 6967670, UniProt: Q0PBW2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 4000, 100 mM HEPES, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.978726 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月8日
詳細: 2-crystal monochromator, Si111, 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36 Å / Num. all: 28754 / Num. obs: 28754 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.48 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.638
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 2.699 / % possible all: 97.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.3 / 反射: 24052
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
14.0060.1918.281SE34.81.33
212.07511.06232.413SE22.10.93
311.9051.79916.34SE38.20.8
420.99812.10827.775SE52.50.72
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.26-500.461158
4.56-7.260.432025
3.56-4.560.412593
3.02-3.560.383033
2.66-3.020.333389
2.41-2.660.293719
2.22-2.410.213984
2.06-2.220.154151
Phasing dmFOM : 0.61 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.59 / 反射: 24053 / Reflection acentric: 23062 / Reflection centric: 991
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.7-35.5560.930.940.821100961139
3.6-5.70.930.940.8433153088227
2.9-3.60.830.830.741253937188
2.5-2.90.660.660.4641163960156
2.1-2.50.460.460.3371076909198
2-2.10.270.280.144290420783

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.669 / SU ML: 0.108 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24172 1469 5.1 %RANDOM
Rwork0.20718 ---
obs0.20902 27276 98.97 %-
all-28745 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å21.03 Å2
2---1.2 Å20 Å2
3---1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2072 0 43 243 2358
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222159
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4372.0212922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1975254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.66526.18697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.15815420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.603153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2890.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0171.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55622058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2513964
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2774.5862
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 103 -
Rwork0.276 1950 -
obs--97.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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