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Yorodumi- PDB-6aqg: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aqg | ||||||
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Title | Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulcerans complexed with L-lysine and Cladosporin | ||||||
Components | Lysine--tRNA ligase | ||||||
Keywords | LIGASE/INHIBITOR / SSGCID / Lysine--tRNA ligase / synthetase / cladosporin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / LIGASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium ulcerans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium ulcerans complexed with L-lysine and Cladosporin Authors: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6aqg.cif.gz | 788.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6aqg.ent.gz | 654.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6aqg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6aqg_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6aqg_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 6aqg_validation.xml.gz | 77.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6aqg_validation.cif.gz | 109 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5vl1S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56581.621 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: MyulA.00612.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium ulcerans (strain Agy99) (bacteria) Strain: Agy99 / Gene: lysS, MUL_4181 / Plasmid: MyulA.00612.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0PV47, lysine-tRNA ligase #2: Chemical | ChemComp-LYS / #3: Chemical | ChemComp-KRS / #4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.63 Å3/Da / Density % sol: 66.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.1 Details: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM L-Lysine and cladosporin, then mixed 1:1 with MorpheusCol12opt1 (h7): 0.1 M Tris base/ HCl, pH=9.1, 12.5% (w/v) PEG-1000, 16% ...Details: MyulA.00612.a.B1.PW37993 at 28 mg/ml was incubated with 3 mM L-Lysine and cladosporin, then mixed 1:1 with MorpheusCol12opt1 (h7): 0.1 M Tris base/ HCl, pH=9.1, 12.5% (w/v) PEG-1000, 16% (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD. Tray: 291151h7, puck: wer4-8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2017 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→41.316 Å / Num. obs: 148550 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.885 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.043 / Net I/σ(I): 12.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5VL1 Resolution: 2.25→41.316 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 19.95
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.1 Å2 / Biso mean: 54.3156 Å2 / Biso min: 16.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→41.316 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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