PDB-4bz1: Structure of dengue virus EDIII in complex with Fab 3e31

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bz1

タイトル

Structure of dengue virus EDIII in complex with Fab 3e31

要素

ENVELOPE PROTEIN
FAB 3E31 HEAVY CHAIN
FAB 3E31 LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN COMPLEX / FUSION LOOP / VIRION

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

DENGUE VIRUS 4 (デング熱ウイルス)

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Li, J. / Watterson, D. / Chang, C.W. / Li, X.Q. / Ericsson, D.J. / Qiu, L.W. / Cai, J.P. / Chen, J. / Fry, S.R. / Cooper, M.A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Dengue Virus Ediii in Complex with Fab 3E31
著者: Li, J. / Watterson, D. / Chang, C.W. / Li, X.Q. / Ericsson, D.J. / Qiu, L.W. / Cai, J.P. / Chen, J. / Fry, S.R. / Cooper, M.A. / Che, X.Y. / Young, P.R. / Kobe, B.

履歴

登録	2013年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bz1.cif.gz	308 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bz1.ent.gz	256.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bz1_validation.pdf.gz	463 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bz1_full_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示
XML形式データ	4bz1_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	4bz1_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/4bz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r29S 4bz2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cbv-d 1ndg-d 4bz2-d 5o1r-2 5vjq-4 5tru-1 6rp8-1 5vjo-2 3hfm-d 1nbz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (11) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (11)

登録構造単位

A: ENVELOPE PROTEIN

H: FAB 3E31 HEAVY CHAIN

L: FAB 3E31 LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

59 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.802, 107.009, 134.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ENVELOPE PROTEIN 分子量: 11175.703 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 3, RESIDUES 301-394 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DENGUE VIRUS 4 (デング熱ウイルス) 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q7TGC7

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	FAB 3E31 HEAVY CHAIN 分子量: 23263.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#3: 抗体	FAB 3E31 LIGHT CHAIN 分子量: 24101.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C

-
非ポリマー , 5種, 111分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.01 M ZINC CHLORIDE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 5.0, 20% (W/V) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95369
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→57.06 Å / Num. obs: 32253 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.54
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2R29

2r29

解像度: 2.15→53.504 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2546	1633	5.1 %
R_work	0.2234	-	-
obs	0.225	32246	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→53.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4040	0	19	102	4161

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	5659
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.857	1491
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	634
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2133	0.3536	126	0.3027	2490	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2133-2.2847	0.3872	132	0.3398	2489	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2847-2.3664	0.3151	139	0.2812	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3664-2.4611	0.2875	141	0.2749	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4611-2.5732	0.3005	130	0.2696	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5732-2.7088	0.3454	137	0.2717	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7088-2.8785	0.281	131	0.2565	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8785-3.1007	0.2897	134	0.2491	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1007-3.4127	0.2752	147	0.2345	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4127-3.9064	0.2155	131	0.2026	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9064-4.9212	0.1975	137	0.1685	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9212-53.521	0.229	148	0.2007	2747	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5432	-2.0651	-0.6939	5.9023	0.0129	2.86	-0.1514	0.3133	0.0669	-0.9421	-0.1208	-1.5559	-0.0212	0.3557	0.2069	0.4301	0.0641	0.2123	0.3244	0.0418	0.7621	-20.5205	25.1666	4.2944
2	4.6573	0.9519	2.0226	8.8595	-1.4247	8.0869	-0.0269	0.1668	-0.3413	-0.2657	-0.2204	-0.8015	0.5945	-0.1023	0.2066	0.3464	0.0636	0.1206	0.212	0.0087	0.3867	-25.3577	16.1059	11.1038
3	5.6935	-3.268	0.5273	7.4916	-0.7473	3.4244	0.0112	0.4708	-0.1472	-0.5118	-0.2661	-0.804	0.5211	0.1997	0.2182	0.3742	0.0114	0.134	0.2455	-0.0292	0.4012	-25.0245	21.5667	7.2803
4	2.6014	0.7697	0.2301	4.2443	1.4488	3.7022	0.1468	-0.3509	-0.1329	0.2052	-0.0777	-0.1515	0.2237	-0.0017	-0.0567	0.1575	-0.0103	-0.012	0.2885	-0.0227	0.1837	-31.9118	50.5	11.9118
5	2.1399	1.731	0.8347	8.0782	2.2862	4.6078	0.1747	0.058	0.1201	0.1839	0.0697	0.0571	-0.0129	0.0908	-0.2491	0.1187	0.0266	0.0059	0.3197	-0.0224	0.2221	-31.0955	54.21	10.4272
6	1.5343	-1.4608	-0.567	3.2425	0.3534	2.0538	-0.6267	-0.4853	0.3415	1.9411	0.3615	-1.0898	-0.0606	0.2851	0.2457	1.0797	0.17	-0.4295	0.5034	-0.0726	0.7212	-19.3049	21.5396	29.7453
7	0.6301	-1.0145	-0.7978	4.9511	2.0452	0.3853	-0.1265	-0.086	0.1558	1.2034	0.1011	-0.5852	0.3922	-0.048	0.0411	0.4017	-0.0212	-0.1087	0.4262	0.0208	0.272	-34.1001	43.7024	24.4413
8	6.299	-2.9083	2.0352	5.7313	-0.5894	4.2385	-0.0011	-0.5646	-0.1814	0.8364	0.0447	0.0894	0.2777	-0.4052	-0.0494	0.3287	-0.0948	-0.0211	0.3528	-0.0289	0.2605	-41.8556	54.0341	25.4683
9	6.031	0.6706	-3.2504	1.995	-4.449	9.667	0.888	1.0036	-0.3672	-0.3443	-0.3134	0.3283	0.5288	-1.8455	-0.4171	0.9019	0.1189	-0.2465	1.0403	-0.1066	0.6102	-30.9656	-9.0319	8.3188
10	8.2291	1.2271	-0.9391	2.2643	1.3571	7.0218	-0.2943	0.6361	0.2638	-0.8412	-0.1769	-0.025	0.4057	-1.106	0.459	0.7436	0.0795	0.0304	0.5212	-0.0437	0.5174	-26.9761	-2.8896	11.6079
11	2.0283	-0.9292	-3.9401	7.6735	1.5756	6.2492	0.0144	-0.9877	-0.4777	1.7264	-0.1302	-1.3009	1.2298	0.9129	0.0764	1.2152	-0.0343	-0.2521	0.6532	0.0681	0.6494	-16.4658	-13.0137	19.2574
12	1.9992	2.4535	2.0674	6.583	1.752	1.9459	1.046	-0.1461	0.4797	0.4644	-0.4785	0.9185	0.7536	-1.5876	-0.6651	0.6204	0.0142	0.1073	1.0182	-0.0855	0.5415	-33.7208	-3.3691	14.9298
13	7.6987	1.9874	1.285	6.6456	1.8452	6.9339	0.4015	0.8021	-0.2985	0.5555	-0.0798	-0.7757	0.9414	0.0624	-0.3164	0.6829	0.0882	0.0095	0.405	-0.0239	0.3855	-20.984	-7.9607	13.4786
14	8.2241	2.9432	4.8141	2.1328	-0.5281	7.1051	0.6619	0.7805	1.6564	0.227	-0.5852	-0.3847	0.043	0.7233	-0.0626	0.6508	0.1623	0.1586	0.5604	-0.0434	0.8164	-11.7257	-4.5542	11.8429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN H AND (RESID 1 THROUGH 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN H AND (RESID 33 THROUGH 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN H AND (RESID 65 THROUGH 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN H AND (RESID 116 THROUGH 172 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN H AND (RESID 173 THROUGH 217 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN L AND (RESID 1 THROUGH 96 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN L AND (RESID 97 THROUGH 156 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN L AND (RESID 157 THROUGH 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 301 THROUGH 310 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESID 311 THROUGH 336 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESID 337 THROUGH 350 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESID 351 THROUGH 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESID 364 THROUGH 386 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN A AND (RESID 387 THROUGH 396 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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