PDB-4by6: Yeast Not1-Not2-Not5 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4by6

タイトル

Yeast Not1-Not2-Not5 complex

要素

(GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT ...) x 3

キーワード

TRANSCRIPTION / CTERMINAL COMPONENTS OF THE CCR4_NOT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

response to pheromone triggering conjugation with cellular fusion / negative regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / pseudohyphal growth / CCR4-NOT core complex / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / regulation of stem cell population maintenance / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / ATPase activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.797 Å

データ登録者

Bhaskar, V. / Basquin, J. / Conti, E.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure and RNA-Binding Properties of the not1-not2-not5 Module of the Yeast Ccr4-not Complex
著者: Bhaskar, V. / Roudko, V. / Basquin, J. / Sharma, K. / Urlaub, H. / Seraphin, B. / Conti, E.

履歴

登録	2013年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4by6.cif.gz	721.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4by6.ent.gz	594.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4by6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4by6_validation.pdf.gz	499.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4by6_full_validation.pdf.gz	514.4 KB	表示
XML形式データ	4by6_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	4by6_validation.cif.gz	76.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/4by6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/4by6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3cke-2 1jq3-d 5e2j-d 6b1b-d 5l8s-2 6a98-d 1ytu-d 3qw4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

B: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 2

C: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 5

D: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

E: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 2

F: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 5

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
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1

D: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

E: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 2

F: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1

B: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 2

C: GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.452, 109.174, 133.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.0994, 0.0027, -0.995), (0.0077, -1, -0.0035), (-0.995, -0.008, 0.0993)
ベクター: 250.6354, 5.7417, 205.6984)

-
GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 39 / NOT1 CTERM 分子量: 64436.094 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1542-2094 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: CEN.PK113-7D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: N1P976, UniProt: P25655*PLUS
#2: タンパク質	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 2 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 36 / NOT2 分子量: 22387.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: P06100
#3: タンパク質	GENERAL NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 5 / NOT5 分子量: 31208.912 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 299-560 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q12514

-
非ポリマー , 5種, 13分子

#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 6.5% (W/V) PEG 8000, 100 MM MES 6.5, 200 MM CALCIUM ACETATE

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	SLS	X06DA	1	1
シンクロトロン	SLS	X10SA	2	1.00606

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS	1	PIXEL	2012年10月16日
DECTRIS PILATUS	2	PIXEL

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.00606	1

反射

解像度: 2.8→49.15 Å / Num. obs: 77882 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 53.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.3

反射シェル

解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOL	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.797→48.904 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2258	7524	5 %
R_work	0.1812	-	-
obs	0.1834	77872	98.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.797→48.904 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13987	0	36	5	14028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14382
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.117	19505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.044	5238
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2160
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2451

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7971-2.8289	0.3142	206	0.3083	4016	X-RAY DIFFRACTION	81
2.8289-2.8622	0.3591	249	0.2872	4714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8622-2.8971	0.3511	252	0.2811	4798	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8971-2.9337	0.3404	252	0.2763	4840	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9337-2.9723	0.3332	259	0.2625	4853	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9723-3.013	0.3082	252	0.2533	4838	X-RAY DIFFRACTION	99
3.013-3.0561	0.2939	250	0.2378	4791	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0561-3.1017	0.3096	256	0.2278	4862	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1017-3.1501	0.31	250	0.2277	4820	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1501-3.2018	0.245	254	0.2132	4854	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2018-3.257	0.2743	257	0.219	4817	X-RAY DIFFRACTION	99
3.257-3.3162	0.2536	255	0.2218	4792	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3162-3.38	0.2529	255	0.214	4802	X-RAY DIFFRACTION	99
3.38-3.4489	0.2629	254	0.1966	4803	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4489-3.5239	0.2603	254	0.1969	4821	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5239-3.6059	0.2437	254	0.1845	4747	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6059-3.696	0.2004	249	0.1664	4724	X-RAY DIFFRACTION	97
3.696-3.7959	0.2363	250	0.1675	4787	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7959-3.9075	0.2031	249	0.1683	4784	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9075-4.0336	0.2118	250	0.1577	4761	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0336-4.1777	0.2005	249	0.1568	4808	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1777-4.3449	0.1761	250	0.1403	4725	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3449-4.5425	0.1669	254	0.1312	4835	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5425-4.7818	0.1721	254	0.1279	4844	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7818-5.0811	0.1832	251	0.1342	4790	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0811-5.4729	0.1948	255	0.1508	4815	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4729-6.0228	0.2215	254	0.1699	4808	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0228-6.8922	0.1998	254	0.1716	4784	X-RAY DIFFRACTION	98
6.8922-8.6756	0.1742	247	0.1624	4708	X-RAY DIFFRACTION	97
8.6756-48.9118	0.2164	249	0.1923	4782	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9141	-1.9592	-0.5366	5.4401	0.6172	4.9485	-0.0091	-0.4159	0.1902	0.1136	-0.034	-0.0884	-0.1181	0.0789	0.0535	0.278	-0.0477	-0.0548	0.3166	0.0199	0.2157	15.2484	-8.6881	213.9236
2	2.3713	0.4887	0.3604	1.581	0.2615	1.7058	-0.0781	-0.0512	-0.1355	0.0462	0.0151	-0.0027	0.1	-0.2186	0.0822	0.276	-0.0712	-0.0043	0.3251	0.032	0.3241	-1.3308	-11.1136	204.0627
3	2.4384	1.2864	3.0665	1.9404	1.2986	3.9415	-0.1904	-0.1126	0.2501	-0.1161	-0.4783	0.4656	-0.2471	-0.6395	0.58	0.3678	-0.0966	0.0025	0.6018	-0.026	0.4606	-16.4184	-0.9975	196.3887
4	3.3279	0.7812	-0.4448	2.5367	-0.4846	3.2196	-0.2386	0.3697	0.1717	-0.3401	0.1364	0.1404	0.0844	-0.1805	0.0936	0.3055	-0.1047	-0.0351	0.4625	-0.01	0.3613	-32.3214	-14.8043	185.6374
5	5.0176	-1.0055	1.0507	2.7659	-3.4786	5.6407	-0.0445	0.3766	1.336	-0.7029	0.4908	0.4218	-0.8201	-1.0912	-0.3781	1.0406	0.032	-0.1852	0.6616	0.2513	1.1749	-45.196	4.2847	181.1166
6	0.3579	-0.162	-0.1773	0.1271	0.0648	0.0925	-0.0675	-0.141	0.5018	-0.4538	-0.2619	0.7026	0.1992	-0.3361	0.3166	0.5635	-0.0629	0.0876	0.5201	-0.2533	0.7879	-38.2567	2.0163	194.6806
7	5.2885	-2.8983	-0.348	5.7572	2.8268	5.2258	-0.502	0.8683	0.4832	-0.1927	0.6945	-0.772	-1.4794	0.6619	-0.1682	0.8829	-0.2937	-0.1558	0.5638	0.1255	0.8766	-12.2555	8.0624	187.631
8	6.9641	2.2213	-1.5335	1.5841	0.0791	1.5607	-0.1979	-0.0425	-0.3198	-0.034	0.0481	-0.1595	0.2245	-0.1488	0.1356	0.3344	0.0027	-0.0264	0.3196	0.1117	0.352	14.4779	3.4524	192.5169
9	5.3099	0.8128	-1.6754	7.1715	-1.5945	2.3625	-0.1489	0.0847	0.0665	-0.0989	0.2277	-0.4762	-0.3689	-0.0513	-0.0574	0.2438	0.0366	0.0024	0.3198	0.022	0.2945	25.9192	21.4193	189.7354
10	2.5722	0.1899	-0.6204	5.4639	0.4291	3.2836	-0.0678	0.1806	0.1712	-0.4068	0.1946	0.4573	-0.504	-0.2427	-0.0919	0.3464	0.0621	-0.0099	0.3848	0.0586	0.3538	15.86	35.6226	186.705
11	3.5994	0.6752	3.6624	7.3657	-0.1111	3.8218	0.2554	-1.7199	-1.0262	0.4165	-0.1731	0.631	0.7614	-1.0436	-0.0461	0.6411	-0.2073	0.1498	0.7941	0.19	0.6608	-8.3534	-16.5327	221.0063
12	7.0743	-4.0623	-2.9301	2.9014	0.6666	6.5074	-0.0954	0.4833	0.0175	0.3419	0.0587	0.2988	-0.0341	-0.916	-0.0298	0.2941	-0.0644	-0.0749	0.3416	0.0035	0.4199	-8.0356	2.4726	211.4818
13	2.7382	-0.2187	0.0335	2.151	1.6173	2.689	-0.2728	-0.6003	-0.1746	0.3848	0.3383	0.0993	-0.0819	0.0648	-0.0799	0.3834	0.0529	-0.0927	0.4683	0.1094	0.3311	21.3851	17.059	200.7053
14	5.0306	2.6013	0.1297	3.14	2.4326	3.126	0.0447	0.9569	0.1869	-1.3704	0.1526	0.1131	-0.4408	-1.2152	-0.0425	0.4731	-0.0871	-0.1428	0.6285	0.1125	0.5436	4.3397	7.3352	183.8326
15	4.1337	0.9004	-1.1026	2.8859	-0.3752	3.2666	-0.2878	0.2171	-0.4645	-0.5426	0.1024	-0.3061	0.2312	-0.0678	0.1476	0.3936	-0.0762	0.041	0.2665	-0.0073	0.3707	22.4663	2.9359	177.4394
16	6.1142	-0.0958	0.4307	6.1541	-1.4275	6.4265	0.869	0.6786	0.5919	-0.9206	-0.6241	-0.0395	-0.1626	-0.486	-0.2359	0.6749	0.2434	-0.0195	0.6794	-0.1008	0.814	15.4197	11.4552	229.2258
17	2.4474	0.0962	0.0563	1.4783	0.3407	3.289	0.2553	-0.1306	0.3924	-0.1015	-0.1104	0.3013	-0.7172	-0.3647	-0.1461	0.6451	0.125	0.1465	0.4225	-0.1043	0.6043	23.103	15.6503	246.8327
18	5.0682	0.3302	4.4521	5.8144	1.9303	4.3758	0.6297	-0.2657	-0.4712	0.6804	-0.0381	-0.0309	-0.1205	-0.0363	-0.5492	0.6485	-0.0617	0.1488	0.532	-0.1698	0.4441	35.7855	6.3864	265.3516
19	3.2241	-0.2788	-0.9026	2.2021	1.0947	4.3721	0.1012	0.0702	-0.0063	-0.2205	0.2384	-0.4404	-0.2821	0.5803	-0.3248	0.5658	-0.1641	0.1244	0.5602	-0.1446	0.4344	46	22.9208	278.5073
20	4.4645	0.4572	0.487	3.6957	0.3122	6.5353	0.2592	-0.3197	-0.6343	0.0052	0.3662	-0.5674	0.3474	0.8948	-0.5922	0.412	0.0415	-0.0067	0.623	-0.1326	0.5776	52.6756	9.5701	285.0658
21	1.9211	0.1197	1.0185	1.982	-0.8795	1.0951	0.2679	0.1376	-0.2882	0.143	0.1523	0.0371	1.3499	0.4798	-0.4082	0.708	-0.0457	0.0432	0.3482	-0.1301	0.8566	41.5776	0.2753	274.1647
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23	4.9969	-1.4347	-0.1184	6.9888	-0.2355	2.53	-0.1069	0.2619	-0.0957	-0.4748	0.1324	-0.0176	0.0796	0.2014	-0.0186	0.3211	0.059	0.0182	0.3642	0.0299	0.1942	37.796	-14.682	221.2582
24	2.9293	-0.5898	-0.5414	6.138	1.6772	2.842	-0.1241	-0.2831	-0.2801	0.5509	0.2828	-0.5334	0.3147	0.1465	-0.1448	0.3831	0.0712	-0.014	0.3594	0.0566	0.2777	44.67	-29.7983	233.4495
25	0.341	0.7622	-0.9461	6.501	-1.8514	2.6342	-0.0829	-0.2794	-0.2581	-0.1008	0.0816	-0.2628	0.2841	0.3816	0.011	0.4012	0.127	0.08	0.4332	0.0286	0.337	41.409	-34.0749	234.3204
26	3.953	1.1012	0.8028	0.547	-0.491	2.2848	-0.1187	-0.2415	0.1259	-0.6142	-0.7227	0.7018	-0.8482	-1.0594	0.4251	1.1429	0.345	0.3867	0.7647	-0.301	1.1878	8.12	23.0053	253.4743
27	0.0362	0.4799	-0.361	8.0761	-5.8595	4.2661	-0.3867	-1.1019	0.3154	1.4009	0.5628	0.1914	-1.0828	-1.2863	-0.1857	0.9319	0.2555	0.1799	1.1577	-0.3262	1.0161	14.2791	18.0479	269.8946
28	0.1715	0.4167	-0.1635	2.3798	1.8934	3.5429	0.2653	-0.1697	0.1664	0.1524	-0.3031	0.2804	-0.2354	-0.6099	0.0653	0.3381	0.1103	-0.0093	0.5419	-0.0061	0.5344	23.1753	-4.3398	244.3395
29	4.8363	4.6404	4.9703	4.4594	4.7615	5.1493	0.1269	-0.9434	-0.0978	0.3772	-0.016	-0.4023	-0.0299	0.378	-0.1557	0.4935	0.0907	-0.0029	0.6166	-0.0679	0.5067	43.6807	-3.8844	242.4361
30	2.933	-0.1955	-0.821	3.8934	-0.1585	3.5457	0.2595	-0.0921	0.6062	-0.2695	0.0947	-0.3791	-0.745	0.4151	-0.2928	0.4767	-0.0586	0.0902	0.3213	-0.0649	0.4366	50.5521	2.0375	224.4873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1567:1657)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1660:1792)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 1793:1825)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 1826:2053)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 2054:2079)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 5:32)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 33:49)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 50:99)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 100:138)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 139:191)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 345:373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 374:402)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 403:423)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 424:467)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 468:560)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 1567:1597)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND RESID 1598:1792)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESID 1793:1825)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 1826:1992)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 1993:2078)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN E AND RESID 4:43)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN E AND RESID 48:85)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN E AND RESID 86:138)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN E AND RESID 139:179)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN E AND RESID 180:191)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN F AND RESID 345:362)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN F AND RESID 363:375)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN F AND RESID 376:419)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN F AND RESID 420:467)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN F AND RESID 468:560)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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