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- PDB-4bwg: Structural basis of subtilase cytotoxin SubAB assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bwg
タイトルStructural basis of subtilase cytotoxin SubAB assembly
要素
  • SUBA
  • SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
キーワードTOXIN / AB5 TOXINS / DISASSEMBLY / CELLULAR TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum lumen / host cell cytosol / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Enterotoxin / Peptidase S8/S53 domain / : / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Enterotoxin / Peptidase S8/S53 domain / : / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilase SubB / Subtilase cytotoxin subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Le Nours, J. / Paton, A.W. / Byres, E. / Troy, S. / Herdman, B.P. / Johnson, M.D. / Paton, J.C. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of Subtilase Cytotoxin Subab Assembly.
著者: Le Nours, J. / Paton, A.W. / Byres, E. / Troy, S. / Herdman, B.P. / Johnson, M.D. / Paton, J.C. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
履歴
登録2013年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUBA
B: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
C: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
D: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
E: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
F: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
G: SUBA
H: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
I: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
J: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
K: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
L: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,30714
ポリマ－207,11912
非ポリマー1882
水1,51384
1
A: SUBA
B: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
C: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
D: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
E: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
F: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6527
ポリマ－103,5596
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13110 Å2
ΔGint-57.8 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
2
G: SUBA
H: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
I: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
J: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
K: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
L: SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6567
ポリマ－103,5596
非ポリマー961
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-69.5 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.212, 81.712, 227.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 SUBA


分子量: 37535.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: 98NK2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6EZC2
#2: タンパク質
SUBTILASE CYTOTOXIN, SUBUNIT B / SUBB


分子量: 13204.717 Da / 分子数: 10 / Fragment: RESIDUES 24-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: 98NK2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3ZTX8
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.1 / 詳細: 11% PEG8K, 0.5M LISO4, 0.1M CITRATE PH 3.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.94
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→66.08 Å / Num. obs: 252165 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 48.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTIES 3DWA AND 2IY9

3dwa

2iy9


解像度: 2.6→38.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8621 / SU R Cruickshank DPI: 0.511 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.468 / SU Rfree Blow DPI: 0.273 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.283
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 3347 5.06 %RANDOM
Rwork0.2192 ---
obs0.2207 66102 99.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.756 Å20 Å21.8146 Å2
2---4.9733 Å20 Å2
3---5.7293 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.527 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12419 0 11 84 12514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112895HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0917659HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5502SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes219HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1950HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12895HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1778SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14898SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 257 5.29 %
Rwork0.2327 4601 -
all0.234 4858 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1268-1.6845-1.17285.24673.213.14170.11860.0989-0.4108-0.8919-0.55660.945-0.7479-0.33240.4379-0.04880.0781-0.2034-0.2709-0.0864-0.0586-8.900713.45233.9888
21.16881.3047-1.91924.47810.54782.3723-0.2471-0.0805-0.6820.4596-0.50041.18910.7591-0.28710.7475-0.1635-0.0840.1646-0.5029-0.22070.6926-7.0798-28.303528.9858
33.4031-2.6275-1.93438.10642.94924.8298-0.0489-0.25370.1012-0.58050.7185-1.211-0.14860.8785-0.6696-0.2505-0.05970.0892-0.0694-0.19940.096221.3741-5.606928.4295
41.23022.33061.54376.58054.90657.9154-0.05230.2954-0.7833-1.2156-0.53710.6676-0.4248-0.83680.5894-0.130.0876-0.4182-0.3918-0.29310.3718-7.8041-18.48518.9663
53.2931-0.685-0.07101.20192.5160.38060.2815-0.1236-1.1245-0.22950.1016-0.54710.0296-0.15110.62560.06280.0452-0.5677-0.0868-0.432710.9946-3.98617.832
61.1140.9848-0.35115.45470.58152.4843-0.408-0.4543-0.53751.06980.31050.20121.00840.73790.09750.17680.24750.2374-0.2860.13710.0539.8444-21.21140.1886
74.10320.8783-3.34861.4112-1.49287.40950.2126-0.68950.1317-0.0553-0.1966-0.0472-0.26150.9815-0.016-0.2383-0.06240.0526-0.0641-0.0627-0.241922.073930.129260.9136
83.6503-0.97243.47933.2230.94042.377-0.11120.1006-0.14780.81570.19440.11160.68310.6557-0.0832-0.150.23430.10050.60790.1472-0.430520.201218.0201102.1094
96.23920.7268-6.81362.7299-2.12099.45230.27560.25620.3920.04830.24420.2299-0.729-1.0598-0.5197-0.32750.08120.04620.26830.0023-0.2667-8.527927.923381.182
100.1614-2.21991.26162.70583.53354.7691-0.0758-0.70770.13790.30720.2965-0.4674-0.4456-0.0844-0.2207-0.1431-0.26760.04010.3783-0.2284-0.313820.301139.1768100.7265
112.53981.13642.95913.02125.52670.98620.09-0.3420.64420.3636-0.1040.1168-1.0893-0.13790.0140.4667-0.04520.4778-0.39-0.1642-0.35453.852947.13487.6075
120.5032-0.09592.41572.4663-0.10862.2245-0.2646-0.5519-0.49050.2504-0.07730.3690.99840.00170.34190.1540.06480.34270.1510.2387-0.15032.344810.707290.5156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN K
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN L

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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