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万見
- PDB-1r0m: Structure of Deinococcus radiodurans N-acylamino acid racemase at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r0m
タイトルStructure of Deinococcus radiodurans N-acylamino acid racemase at 1.3 : insights into a flexible binding pocket and evolution of enzymatic activity
要素N-acylamino acid racemase
キーワードISOMERASE / Racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-succinylamino acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Wang, W.-C. / Chiu, W.-C. / Hsu, S.-K. / Wu, C.-L. / Chen, C.-Y. / Liu, J.-S. / Hsu, W.-H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for catalytic racemization and substrate specificity of an N-acylamino acid racemase homologue from Deinococcus radiodurans
著者: Wang, W.-C. / Chiu, W.-C. / Hsu, S.-K. / Wu, C.-L. / Chen, C.-Y. / Liu, J.-S. / Hsu, W.-H.
履歴
登録2003年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylamino acid racemase
B: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,2434
ポリマ－164,2434
非ポリマー00
水30,0311667
1
A: N-acylamino acid racemase
C: N-acylamino acid racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1212
ポリマ－82,1212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-acylamino acid racemase
D: N-acylamino acid racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,1212
ポリマ－82,1212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.367, 116.367, 120.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-494-

HOH

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要素

#1: タンパク質
N-acylamino acid racemase


分子量: 41060.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RYA6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 / 波長: 1.0093, 1.0085, 0.9924, 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.00931
31.00851
40.99241
51.54181
反射解像度: 1.3→30 Å / Num. obs: 391835 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.35 Å / % possible obs: 41.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 4.96 / Num. unique all: 391835 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.513 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17299 19678 5 %RANDOM
Rwork0.15436 ---
all0.1553 ---
obs0.1553 371660 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11064 0 0 1667 12731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02111268
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2811.95915288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73324444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91451432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.022312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.32291
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2680.312804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.56598
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.52155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2920.3132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.5136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3427128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.995311388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67124140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.53733900
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.554111268
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.04851667
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.746511064
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.194 1393
Rwork0.164 27382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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