PDB-4bvo: Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form VI (part-open) in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bvo

タイトル

Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form VI (part-open) in complex with polytungstate POM-1

要素

ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

キーワード

HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / PURINERGIC SIGNALLING / TWINNING / METAL CLUSTER / KEGGIN

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N.

履歴

登録	2013年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bvo.cif.gz	166.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bvo.ent.gz	137.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bvo_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bvo_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4bvo_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	4bvo_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bvpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4brd-d 4bro-d 1cw7-1 4brp-2 4ah3-1 1ai3-1 1bl5-1 4ajr-1 6g8b-d 4brf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

ヘテロ分子

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.692, 143.692, 75.166
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1397- NA
2	1	A-2117- HOH

#1: タンパク質	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I / NTPDASE1 分子量: 41537.230 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 37-393 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2, apyrase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-E43 / 12-POLYTUNGSTATE 分子量: 2848.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₄₀W₁₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.54 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100MM TRIS PH 7.3, 200MM K NA TARTRATE, 18% PEG3350, 10MM POM1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9181
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→29.4 Å / Num. obs: 50327 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.1

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→124.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 4.195 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19757	1293	2.6 %	RANDOM
R_work	0.14907	-	-	-
obs	0.15036	49027	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.184 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0.23 Å²	0 Å²
2-	-	0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→124.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2840	0	64	203	3107

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.02	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.98	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.376	5	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.156	25.96	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.4	15	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.207	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.831	2.043	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.625	3.077	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.301	2.525	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.293	18.684	4783
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.911	3	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	28.903	5	74
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	18.479	5	3090

LS精密化シェル

解像度: 1.696→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	82	-
R_work	0.233	3389	-
obs	-	-	93.79 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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