PDB-4bv8: Crystal structure of the apo form of mouse Mu-crystallin.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bv8

タイトル

Crystal structure of the apo form of mouse Mu-crystallin.

要素

THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lysine catabolism / 1-piperideine-2-carboxylate/1-pyrroline-2-carboxylate reductase [NAD(P)H] / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase / thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase activity / delta1-piperideine-2-carboxylate reductase activity / pyrroline-2-carboxylate reductase activity / thyroid hormone metabolic process / thyroid hormone binding / thyroid hormone transport / mitochondrial transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Borel, F. / Hachi, I. / Palencia, A. / Gaillard, M.C. / Ferrer, J.L.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Mouse Mu-Crystallin Complexed with Nadph and the T3 Thyroid Hormone
著者: Borel, F. / Hachi, I. / Palencia, A. / Gaillard, M.C. / Ferrer, J.L.

履歴

登録	2013年6月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bv8.cif.gz	240.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bv8.ent.gz	192.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bv8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bv8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bv9C 4bvaC 2i99S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ig4-d 4dll-d 6zrv-d 3ilm-d 5u5g-1 3f9r-d 4gmg-1 3hlt-3 1rvg-1 1vll-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

B: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
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1

B: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

A: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.6 kDa, 2 ポリマー
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2

A: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

B: THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.280, 96.550, 76.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	THIOMORPHOLINE-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE / MU-CRYSTALLIN HOMOLOG / NADP-REGULATED THYROID-HORMONE-BINDING PROTEIN / KETIMINE REDUCTASE 分子量: 36226.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PDEST / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 参照: UniProt: O54983, thiomorpholine-carboxylate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 10 MM TRIS-CL PH 8.5, 180 MM KH2PO4, 14.4% PEG 3350, 240 MM NASCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→48.3 Å / Num. obs: 28087 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I99

2i99

解像度: 2.3→48.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 15.927 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24327	1404	5 %	RANDOM
R_work	0.19241	-	-	-
obs	0.19495	26682	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4435	0	8	207	4650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.097	1.958	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.733	3	9958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.47	5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.625	24.061	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.771	15	695
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.498	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	5192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	982
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.922	2.819	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.921	2.819	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.604	4.222	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.9	2.929	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	104	-
R_work	0.23	1988	-
obs	-	-	98.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0486	0.0181	-0.2642	0.1845	-0.1179	1.8932	0.0218	-0.0253	-0.0117	-0.0376	0.0237	0.0045	0.0031	0.0734	-0.0455	0.0756	-0.0134	-0.0251	0.0357	0.0259	0.0317	17.9788	-1.4183	1.8536
2	1.2124	0.2357	0.8439	0.2512	0.1384	0.643	-0.0316	0.0393	0.0416	0.0052	-0.0083	0.0215	-0.0356	0.0146	0.0399	0.0422	0.0008	0.0103	0.0175	0.0062	0.0512	2.7123	9.9834	-33.7865
3	0.21	-0.0546	0.0751	0.0434	-0.1113	0.4643	0.0108	0.0222	-0.0015	0.0376	-0.0116	0.0091	-0.0252	0.0182	0.0008	0.1334	-0.0033	0.0018	0.0063	-0.0178	0.0865	11.1015	3.2796	-15.2458
4	189.7174	149.685	76.0662	176.1604	61.1808	30.5217	-3.9705	2.7661	-1.2529	-4.0144	4.3881	-0.0908	-1.6364	1.1517	-0.4175	0.8413	0.156	-0.0909	0.2378	0.009	0.1077	-9.0678	-9.8524	-40.7959
5	3.3665	-5.0925	4.5926	7.7037	-6.9471	6.2655	0.0573	0.0168	-0.0278	-0.0856	-0.0219	0.0487	0.0816	0.0254	-0.0354	0.0922	0.0431	0.0215	0.0471	0.0676	0.1279	18.9356	5.5013	-19.0994

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	89 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	90 - 311
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2001 - 2105
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2001 - 2102
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1312
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1313
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1313

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