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万見
- PDB-4bsp: Crystal structure of R-spondin 1 (Fu1Fu2) - Holmium soak -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bsp
タイトルCrystal structure of R-spondin 1 (Fu1Fu2) - Holmium soak
要素R-SPONDIN-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / ADULT STEM CELL / LEUCINE-RICH REPEAT / G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR / FURIN DOMAIN / WNT SIGNALING / CONGENITAL ANONYCHIA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of receptor internalization / positive regulation of Wnt signaling pathway / Regulation of FZD by ubiquitination / G protein-coupled receptor binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heparin binding / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Furin-like repeat ...R-spondin, Fu-CRD domain / : / Furin-like repeat, cysteine-rich / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2 / Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2 / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HOLMIUM ATOM / R-spondin-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Peng, W.C. / de Lau, W. / Forneris, F. / Granneman, J.C.M. / Huch, M. / Clevers, H. / Gros, P.
引用ジャーナル: Cell Rep. / 年: 2013
タイトル: Structure of Stem Cell Growth Factor R-Spondin 1 in Complex with the Ectodomain of its Receptor Lgr5.
著者: Peng, W.C. / De Lau, W. / Forneris, F. / Granneman, J.C.M. / Huch, M. / Clevers, H. / Gros, P.
履歴
登録2013年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R-SPONDIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1334
ポリマ－13,7071
非ポリマー4263
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.630, 64.560, 92.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-200-

HO

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要素

#1: タンパク質 R-SPONDIN-1 / ROOF PLATE-SPECIFIC SPONDIN-1 / HRSPO1


分子量: 13706.780 Da / 分子数: 1 / 断片: FU1FU2, RESIDUES 31-146 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q2MKA7
#2: 化合物 ChemComp-HO / HOLMIUM ATOM / ホルミウムヒドリド


分子量: 164.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ho
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINAL GS AND C-TERMINAL AAA ADDED BY CLONING PLASMID, PLUS C-TERMINAL 6XHIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.52 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.535
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.535 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.2 Å / Num. obs: 7500 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 32.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→52.916 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 29.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 338 4.6 %
Rwork0.2281 --
obs0.2296 7322 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→52.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数683 0 7 19 709
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8731000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.503282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.520.30661390.25053348X-RAY DIFFRACTION94
2.52-52.93470.24871990.22143636X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13110.0439-0.12560.0602-0.01820.1307-0.21040.10470.02570.3385-0.14720.1146-0.5667-0.1351-0.00380.43590.01750.02480.3515-0.00410.2741-0.0216.982339.5158
20.06530.07750.05920.09180.07040.0552-0.06190.0309-0.0113-0.2878-0.08740.16330.06860.0323-0.00410.283-0.04680.04460.22650.00320.22399.272413.158634.1987
30.03490.0229-0.04220.0357-0.03730.054-0.0943-0.02760.3337-0.2221-0.1202-0.0906-0.03240.2577-0.00020.2788-0.04290.07030.35310.00970.33969.024915.044933.2348
40.4604-0.0433-0.02840.46280.1290.0343-0.0319-0.00970.0899-0.1055-0.0014-0.18410.0310.0144-0.08840.18540.01420.05390.1672-0.02880.19046.06790.555223.1569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 40 THROUGH 60 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 61 THROUGH 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 68 THROUGH 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 83 THROUGH 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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