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- PDB-4bnq: The structure of the Staphylococcus aureus Ham1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bnq
タイトルThe structure of the Staphylococcus aureus Ham1 protein
要素NON-CANONICAL PURINE NTP PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / HAM / INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleoside triphosphate catabolic process / XTP/dITP diphosphatase / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dITP/XTP pyrophosphatase / Ham1-like protein / Ham1 family / Maf protein - #10 / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / dITP/XTP pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.279 Å
データ登録者Abergel, C. / Claverie, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Molecular Replacement: Tricks and Treats.
著者: Abergel, C.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NON-CANONICAL PURINE NTP PYROPHOSPHATASE
B: NON-CANONICAL PURINE NTP PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4498
ポリマ－42,8822
非ポリマー5676
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-38.3 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.403, 101.542, 102.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NON-CANONICAL PURINE NTP PYROPHOSPHATASE / NON-STANDARD PURINE NTP PYROPHOSPHATASE / NUCLEOSIDE-TRIPHOS PHATE DIPHOSPHATASE / NUCLEOSIDE- ...NON-STANDARD PURINE NTP PYROPHOSPHATASE / NUCLEOSIDE-TRIPHOS PHATE DIPHOSPHATASE / NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE / NTPASE


分子量: 21441.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / プラスミド: IN HOUSE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P99094, nucleoside-triphosphate diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細LACK OF INITIAL MET

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% AMSO4, PH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97974
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97974 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→43.4 Å / Num. obs: 26528 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.279→43.398 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE TWO MONOMERS ADOPT DIFFERENT CONFORMATIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1143 5.1 %
Rwork0.1882 --
obs0.1908 22550 85.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.279→43.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2983 0 31 193 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1374114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5921139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2791-2.38280.27141110.21441756X-RAY DIFFRACTION58
2.3828-2.50840.30281190.22822589X-RAY DIFFRACTION83
2.5084-2.66560.30261420.23022882X-RAY DIFFRACTION92
2.6656-2.87130.26781490.2252856X-RAY DIFFRACTION92
2.8713-3.16020.28391670.21272825X-RAY DIFFRACTION91
3.1602-3.61730.24131640.17782834X-RAY DIFFRACTION90
3.6173-4.55670.20141520.15582803X-RAY DIFFRACTION89
4.5567-43.40610.20511390.18122862X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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