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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bnq | ||||||
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タイトル | The structure of the Staphylococcus aureus Ham1 protein | ||||||
要素 | NON-CANONICAL PURINE NTP PYROPHOSPHATASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HAM / INOSINE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHATASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 XTP/dITP diphosphatase / purine nucleoside triphosphate catabolic process / ITP diphosphatase activity / XTP diphosphatase activity / dITP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.279 Å | ||||||
データ登録者 | Abergel, C. / Claverie, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Molecular Replacement: Tricks and Treats. 著者: Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bnq.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bnq.ent.gz | 69.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bnq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bnq_validation.pdf.gz | 450.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bnq_full_validation.pdf.gz | 453.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4bnq_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bnq_validation.cif.gz | 25.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/4bnq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21441.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: IN HOUSE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P99094, nucleoside-triphosphate diphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | LACK OF INITIAL MET | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% AMSO4, PH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97974 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97974 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→43.4 Å / Num. obs: 26528 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.4 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 85.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.279→43.398 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: THE TWO MONOMERS ADOPT DIFFERENT CONFORMATIONS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.279→43.398 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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