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万見
- PDB-4bm5: Chloroplast inner membrane protein TIC110 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bm5
タイトルChloroplast inner membrane protein TIC110
要素SIMILAR TO CHLOROPLAST INNER MEMBRANE PROTEIN TIC110
キーワードPROTEIN TRANSPORT
機能・相同性Protein TIC110, chloroplastic / Chloroplast envelope transporter / TOC-TIC supercomplex I / protein import into chloroplast stroma / membrane / Similar to chloroplast inner membrane protein Tic110
機能・相同性情報
生物種CYANIDIOSCHYZON MEROLAE (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Tsai, J.-Y. / Chu, C.-C. / Yeh, Y.-H. / Chen, L.-J. / Li, H.-m. / Hsiao, C.-D.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2013
タイトル: Structural Characterizations of Chloroplast Translocon Protein Tic110.
著者: Tsai, J.-Y. / Chu, C.-C. / Yeh, Y.-H. / Chen, L.-J. / Li, H.-M. / Hsiao, C.-D.
履歴
登録2013年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIMILAR TO CHLOROPLAST INNER MEMBRANE PROTEIN TIC110


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4711
ポリマ－39,4711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.100, 121.100, 242.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 SIMILAR TO CHLOROPLAST INNER MEMBRANE PROTEIN TIC110 / CMC


分子量: 39470.633 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 871-1218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CYANIDIOSCHYZON MEROLAE (真核生物)
株: 10D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1V6H9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.08 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9787
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→30 Å / Num. obs: 8171 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 27.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 4.2→27.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 185959.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.366 706 10.6 %RANDOM
Rwork0.35 ---
obs0.35 6673 81.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 1339.51 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 74.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.63 Å20 Å20 Å2
2--3.63 Å20 Å2
3----7.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error1 Å0.82 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→27.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1350 0 0 0 1350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it23.761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it36.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it59.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it61.832.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 4.2→4.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 90 10.2 %
Rwork0.379 793 -
obs--66.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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