PDB-4blz: CRYSTAL STRUCTURE OF FUNGAL VERSATILE PEROXIDASE I FROM PLEUROTUS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4blz

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF FUNGAL VERSATILE PEROXIDASE I FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM VI

要素

VERSATILE PEROXIDASE I

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CLASS II FUNGAL PEROXIDASES

機能・相同性

機能・相同性情報

versatile peroxidase / reactive-black-5:hydrogen-peroxide oxidoreductase activity / manganese peroxidase activity / lignin catabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Medrano, F.J. / Romero, A.

引用

ジャーナル: Biotechnol.Biofuels / 年: 2014
タイトル: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability.
著者: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T.

履歴

登録	2013年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4blz.cif.gz	265.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4blz.ent.gz	215.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4blz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4blz_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4blz_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4blz_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	4blz_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/4blz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4blkC 4bllC 4blnC 4blxC 4blyC 4bm0C 4bm1C 4bm2C 4bm3C 4bm4C 3fmuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fnb-1 4bln-d 4blx-d 4fcn-d 4bll-d 4blk-d 4bm0-d 4g05-d 3fm4-d 2vka-d 5abn-d 3fm1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VERSATILE PEROXIDASE I

B: VERSATILE PEROXIDASE I

ヘテロ分子

71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VERSATILE PEROXIDASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VERSATILE PEROXIDASE I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.540, 38.620, 98.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	VERSATILE PEROXIDASE I 分子量: 34794.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PLEUROTUS OSTREATUS (ヒラタケ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: Q9UR19*PLUS, versatile peroxidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M IMIDAZOLE AT PH 8.0, 1.0 M K/NA TARTRATE & 0.2 M NACL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 48950 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.56 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.27
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FMU

3fmu

解像度: 2→49.085 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	2366	5 %
R_work	0.2231	-	-
obs	0.2255	47201	96.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 28.433 Å² / k_sol: 0.325 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.5776 Å²	0 Å²	-1.5291 Å²
2-	-	-5.7326 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.155 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4852	0	90	693	5635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	6962
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.565	1796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	936

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.0409	0.299	129	0.2452	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0409-2.0853	0.3141	148	0.2461	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0853-2.1338	0.2817	132	0.2335	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1338-2.1872	0.2695	152	0.24	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1872-2.2463	0.6327	111	0.5	2019	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2463-2.3124	0.4936	107	0.3782	2128	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3124-2.387	0.2605	139	0.2155	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.4723	0.2738	149	0.2215	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4723-2.5713	0.2586	143	0.2086	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5713-2.6883	0.2427	136	0.2135	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6883-2.8301	0.266	154	0.2018	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8301-3.0073	0.2636	141	0.2051	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0073-3.2395	0.2632	149	0.2028	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2395-3.5654	0.22	136	0.1987	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5654-4.0811	0.2796	140	0.2118	2601	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0811-5.1409	0.1912	143	0.1717	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1409-49.0998	0.1942	157	0.1872	2880	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4678	-0.2364	0.6795	0.2456	0.0078	0.7495	0.0555	0.194	-0.2634	-0.0142	0.0025	0.1018	0.0555	0.0691	-0.0354	0.1223	-0.0177	-0.0426	0.1405	-0.0189	0.0917	-14.9158	-1.6441	-28.8724
2	0.5526	0.0476	0.4981	0.2586	-0.1661	0.8697	-0.0222	0.046	-0.0331	-0.1102	0.0303	0.0712	0.0133	-0.0541	0.0016	0.0917	-0.0153	-0.019	0.0239	-0.0092	0.0188	-12.1143	-0.0721	-9.9724
3	0.2377	0.057	0.4011	1.2214	1.1444	1.5863	-0.1291	0.0773	-0.3639	0.5409	0.2805	0.359	0.7534	-0.532	-0.0907	0.5141	-0.0791	0.1171	0.3342	0.0954	0.5819	-20.278	-7.7818	0.6443
4	1.1992	0.483	-0.4135	1.6616	-0.9083	0.9207	-0.0872	0.3239	0.0008	-0.108	-0.0272	0.1561	0.1833	0.149	0.1186	0.1584	0.032	0.0476	0.3168	0.0556	0.1952	-12.5137	11.7626	-81.191
5	1.5279	0.0112	-0.071	1.3556	-0.1509	2.2958	0.075	0.093	-0.3893	-0.1706	0.1008	-0.1058	0.4978	-0.021	-0.0022	0.1732	0.0149	0.0231	0.0788	0.0058	0.2504	-23.6904	2.0599	-68.1457
6	0.8367	0.0429	-0.3503	0.6601	-0.1029	0.9902	-0.0819	0.0007	-0.0406	0.218	0.0111	-0.2183	0.2	0.0731	0.0785	0.1438	0.0105	0.0034	0.2643	0.0039	0.2212	-14.8206	3.9163	-53.9474
7	1.1441	-0.7028	0.4521	0.881	0.0827	0.7594	0.0135	-0.0309	-0.1632	-0.1311	-0.0727	-0.1214	0.1653	0.2059	0.0426	0.1912	0.0575	0.0942	0.1877	0.0373	0.2737	-14.8798	3.6581	-69.4964
8	0.4435	-0.1579	0.1148	0.3598	-0.1823	0.3742	-0.0607	-0.0199	0.098	-0.0285	-0.0098	-0.0574	0.0593	0.072	0.0632	0.1221	0.0015	0.0212	0.1265	0.0242	0.1067	-22.2027	10.674	-56.2402
9	0.6149	0.0422	-0.3209	0.6631	-0.3926	0.3822	-0.0085	0.0893	-0.071	-0.1106	-0.036	0.0489	0.0653	0.0173	0.0418	0.1034	0.0159	0.0199	0.0874	-0.0074	0.1347	-39.0039	4.0954	-58.7377
10	0.5774	-0.1742	-0.4948	0.3167	-0.0113	0.6601	0.0916	0.1209	0.1282	0.0228	0.0456	-0.0389	0.0354	0.0406	-0.0986	0.1637	0.0188	0.0352	0.1469	0.0282	0.1805	-26.7566	16.0131	-68.5701
11	1.3209	-0.0595	-0.0391	0.5634	-0.1052	0.8162	-0.0021	0.1417	-0.2113	-0.4168	0.061	0.0933	0.084	-0.0426	-0.0522	0.2629	0.0083	-0.0226	0.1481	-0.0059	0.2271	-49.8465	6.5131	-63.1794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:159)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 160:313)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 314:330)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 2:28)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 29:50)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 51:82)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 83:114)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 115:159)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 160:251)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 252:297)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 298:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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