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Yorodumi- PDB-4bm3: CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREA... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bm3 | |||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF MANGANESE PEROXIDASE 4 FROM PLEUROTUS OSTREATUS - CRYSTAL FORM III | |||||||||
Components | MANGANESE PEROXIDASE 4 | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / CLASS II (FUNGAL) PEROXIDASES / ELECTRON T LIGNIN PEROXIDASE / LIGNIN DEGRADATION | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | PLEUROTUS OSTREATUS (oyster mushroom) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Medrano, F.J. / Romero, A. | |||||||||
Citation | Journal: Biotechnol.Biofuels / Year: 2014 Title: Ligninolytic Peroxidase Genes in the Oyster Mushroom Genome: Heterologous Expression, Molecular Structure, Catalytic and Stability Properties, and Lignin-Degrading Ability. Authors: Fernandez-Fueyo, E. / Ruiz-Duenas, F.J. / Martinez, M.J. / Romero, A. / Hammel, K.E. / Medrano, F.J. / Martinez, A.T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bm3.cif.gz | 150.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bm3.ent.gz | 118.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bm3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/4bm3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4blkC 4bllC 4blnC 4blxC 4blyC 4blzC 4bm0C 4bm1C 4bm2C 4bm4C 3fmuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36350.035 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PLEUROTUS OSTREATUS (oyster mushroom) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): K-12 / Variant (production host): W3110 / References: UniProt: W5IDB6*PLUS, manganese peroxidase | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-HEM / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.67 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.1 M TRIS-HCL AT PH 7.0, 2.0 M (NH4)2SO4 & 0.2 M LI2SO4. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 48575 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.75 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3FMU Resolution: 1.65→38.366 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.15 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.198 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→38.366 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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