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- PDB-4bkx: The structure of HDAC1 in complex with the dimeric ELM2-SANT doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkx
タイトルThe structure of HDAC1 in complex with the dimeric ELM2-SANT domain of MTA1 from the NuRD complex
要素
  • HISTONE DEACETYLASE 1
  • METASTASIS-ASSOCIATED PROTEIN MTA1
キーワードTRANSCRIPTION / INOSITOL PHOSPHATE SIGNALLING / ELM2-SANT DOMAIN / HDAC / HDAC1 / HISTONE DEACETYLASE / MTA1
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cell fate specification ...Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / endoderm development / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / NuRD complex / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein deacetylation / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of signaling receptor activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of gene expression, epigenetic / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / histone deacetylase activity / response to ionizing radiation / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / G1/S-Specific Transcription / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Notch-HLH transcription pathway / eyelid development in camera-type eye / oligodendrocyte differentiation / E-box binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / odontogenesis of dentin-containing tooth / locomotor rhythm / RNA Polymerase I Transcription Initiation / SUMOylation of transcription factors / histone deacetylase complex / hair follicle placode formation / Regulation of MECP2 expression and activity / G0 and Early G1 / NF-kappaB binding / negative regulation by host of viral transcription / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / heterochromatin / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / transcription repressor complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of cell migration / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / hippocampus development / promoter-specific chromatin binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / double-strand break repair / p53 binding / chromatin organization / nuclear envelope / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
Hormone receptor fold - #50 / Metastasis-associated protein MTA1, R1 domain / Mesoderm induction early response protein/metastasis-associated protein / MTA R1 domain / Hormone receptor fold / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / ELM2 domain / ELM2 domain ...Hormone receptor fold - #50 / Metastasis-associated protein MTA1, R1 domain / Mesoderm induction early response protein/metastasis-associated protein / MTA R1 domain / Hormone receptor fold / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain / BAH domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Arginase; Chain A / Myb-like DNA-binding domain / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Ureohydrolase domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Metastasis-associated protein MTA1 / Histone deacetylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Millard, C.J. / Watson, P.J. / Celardo, I. / Gordiyenko, Y. / Cowley, S.M. / Robinson, C.V. / Fairall, L. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2013
タイトル: Class I Hdacs Share a Common Mechanism of Regulation by Inositol Phosphates.
著者: Millard, C.J. / Watson, P.J. / Celardo, I. / Gordiyenko, Y. / Cowley, S.M. / Robinson, C.V. / Fairall, L. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2013年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METASTASIS-ASSOCIATED PROTEIN MTA1
B: HISTONE DEACETYLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,72710
ポリマ－75,1402
非ポリマー5878
水00
1
A: METASTASIS-ASSOCIATED PROTEIN MTA1
B: HISTONE DEACETYLASE 1
ヘテロ分子

A: METASTASIS-ASSOCIATED PROTEIN MTA1
B: HISTONE DEACETYLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,45420
ポリマ－150,2804
非ポリマー1,17416
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_465y-1,x+1,-z1
Buried area15800 Å2
ΔGint-277.4 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.199, 108.199, 133.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細DIMER OF A HETERODIMERIC COMPLEX

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 METASTASIS-ASSOCIATED PROTEIN MTA1


分子量: 19961.213 Da / 分子数: 1 / 断片: ELM2-SANT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13330
#2: タンパク質 HISTONE DEACETYLASE 1 / HD1


分子量: 55178.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13547, histone deacetylase

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M NA HEPES PH7.5, 2M AMMONIUM SULPHATE, 5% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器日付: 2011年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→76.6 Å / Num. obs: 16916 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A69

4a69


解像度: 3→76.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 17.18 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26149 910 5.1 %RANDOM
Rwork0.21084 ---
obs0.21337 16916 96.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.5 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→76.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4235 0 27 0 4262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194357
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0231.9525896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.835527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69224.055217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.65315722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6941524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 68 -
Rwork0.329 1261 -
obs--97.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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