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- PDB-4bkp: Crystal structure of human GDP-L-fucose synthase with bound NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkp
タイトルCrystal structure of human GDP-L-fucose synthase with bound NADP
要素GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-mannose metabolic process / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration ...GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-mannose metabolic process / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration / electron transfer activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-L-fucose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Vollmar, M. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Krojer, T. / Bradley, A. / Raynor, J.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. ...Vollmar, M. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Krojer, T. / Bradley, A. / Raynor, J.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Gdp-L-Fucose Synthase with Bound Nadp
著者: Vollmar, M. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Krojer, T. / Bradley, A. / Raynor, J.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
B: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
C: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
D: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,45510
ポリマ－151,2304
非ポリマー3,2256
水90150
1
A: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
B: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2915
ポリマ－75,6152
非ポリマー1,6763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-23.6 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
2
C: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
D: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1645
ポリマ－75,6152
非ポリマー1,5493
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-22.5 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.596, 163.095, 197.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質
GDP-L-FUCOSE SYNTHASE / GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE-3 / 5-EPIMERASE-4-REDUCTASE / PROTEIN FX / RED CELL NADP(H)-BINDING ...GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE-3 / 5-EPIMERASE-4-REDUCTASE / PROTEIN FX / RED CELL NADP(H)-BINDING PROTEIN / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY 4E MEMBER 1


分子量: 37807.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q13630, GDP-L-fucose synthase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 3350, 0.1M CITRATE PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.4 Å / Num. obs: 47605 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4B8W

4b8w


解像度: 2.7→49.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 22.103 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.766 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23091 2408 5.1 %RANDOM
Rwork0.19603 ---
obs0.1978 45196 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9797 0 209 50 10056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01910274
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.9514057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.868320799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.22851290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98924.044455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.524151413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9041542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0448.8385172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0428.8385171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.21516.5826458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0989.1195100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 169 -
Rwork0.332 3334 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44660.27070.35110.41841.07833.26030.1105-0.0929-0.05940.0716-0.1719-0.00130.097-0.37570.06140.1213-0.0254-0.02510.2293-0.04790.0864-3.3488-17.2929-53.5008
22.1161.02260.15361.0036-0.02460.74010.1956-0.0124-0.2851-0.0785-0.1355-0.18570.1103-0.1182-0.060.2136-0.0102-0.04940.2157-0.07760.1436-0.9069-28.9014-66.1789
32.9011.85821.06131.44020.44721.83910.5876-0.3596-0.37730.3676-0.3565-0.24250.4512-0.194-0.23110.223-0.0967-0.14670.14210.03680.1407-6.6841-38.7305-56.8707
40.4866-0.21561.20240.4490.14974.5726-0.08920.08360.0951-0.05990.0747-0.179-0.3580.12130.01450.235-0.10780.0290.3482-0.06540.07714.0726-10.1301-94.4036
51.2160.5815-1.16350.4314-0.46941.2776-0.16330.0593-0.2459-0.05160.0435-0.20390.04250.09190.11980.2142-0.02760.01460.305-0.15080.176420.2234-20.857-81.52
65.42740.96950.0841.751-0.3321.9518-0.23440.6701-0.5816-0.21710.214-0.49320.32790.42580.02040.0939-0.01280.09980.3551-0.25630.29430.8288-23.5959-91.9697
71.14820.4075-0.60040.355-0.20083.9601-0.17740.2375-0.322-0.14430.0335-0.08230.225-0.00570.14390.0973-0.00110.06770.0706-0.05650.166-18.1041-2.5073-45.0844
81.33150.31840.40091.60320.78680.5532-0.0867-0.026-0.147-0.101-0.03580.0623-0.0446-0.03060.12250.085-0.01720.01660.13850.02980.1563-26.42884.7865-32.1299
93.04830.8417-0.58833.0242-0.48491.2217-0.37470.568-0.6873-0.1890.21470.1161-0.046-0.3790.160.0851-0.05230.02490.1785-0.11290.276-40.4248-7.0248-40.2757
100.4345-0.7430.6071.9021-1.69851.5435-0.18070.0204-0.05930.7237-0.2974-0.3821-0.64210.3310.4780.7738-0.1799-0.19660.23580.17740.4133-11.15915.90092.7143
111.0420.7930.65743.2653-1.22025.51310.17-0.0641-0.19940.1185-0.031-0.4639-0.09220.2121-0.1390.0997-0.0146-0.06430.11850.0370.1423-9.084613.5718-15.7318
121.2460.42281.00392.78670.64231.7551-0.1875-0.29310.18020.4394-0.1268-0.0352-0.2928-0.28450.31430.26970.0732-0.08960.1171-0.02760.0794-20.625226.9152-11.3509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-11 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2A81 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3A209 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4B-11 - 78
5X-RAY DIFFRACTION5B79 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6B211 - 320
7X-RAY DIFFRACTION7C-12 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8C79 - 183
9X-RAY DIFFRACTION9C184 - 321
10X-RAY DIFFRACTION10D-7 - 35
11X-RAY DIFFRACTION11D36 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12D93 - 320

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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