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- PDB-4bkl: Crystal structure of the arthritogenic antibody M2139 (Fab fragme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bkl
タイトルCrystal structure of the arthritogenic antibody M2139 (Fab fragment) in complex with the triple-helical J1 peptide
要素
  • J1 EPITOPE
  • M2139 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
  • M2139 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / RHEUMATOID ARTHRITIS / COLLAGEN TYPE II
機能・相同性
機能・相同性情報


Non-integrin membrane-ECM interactions / Extracellular matrix organization / NCAM1 interactions / Signaling by PDGF / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / collagen type II trimer / collagen type XI trimer / MET activates PTK2 signaling / anterior head development ...Non-integrin membrane-ECM interactions / Extracellular matrix organization / NCAM1 interactions / Signaling by PDGF / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / collagen type II trimer / collagen type XI trimer / MET activates PTK2 signaling / anterior head development / Collagen degradation / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / ECM proteoglycans / proteoglycan metabolic process / platelet-derived growth factor binding / Integrin cell surface interactions / notochord development / limb bud formation / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / limb morphogenesis / tissue homeostasis / MHC class II protein binding / cellular response to BMP stimulus / endochondral ossification / collagen trimer / collagen fibril organization / cartilage development / skeletal system morphogenesis / proteoglycan binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cartilage condensation / inner ear morphogenesis / roof of mouth development / inner ear development / basement membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / chondrocyte differentiation / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / visual perception / ossification / extracellular matrix / skeletal system development / central nervous system development / sensory perception of sound / bone development / regulation of gene expression / collagen-containing extracellular matrix / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Collagen triple helix repeat ...Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen alpha-1(II) chain
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Raposo, B. / Dobritzsch, D. / Ge, C. / Ekman, D. / Lindh, I. / Foerster, M. / Uysal, H. / Schneider, G. / Holmdahl, R.
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2014
タイトル: Epitope-Specific Antibody Response is Controlled by Immunoglobulin Vh Polymorphisms.
著者: Raposo, B. / Dobritzsch, D. / Ge, C. / Ekman, D. / Xu, B. / Lindh, I. / Forster, M. / Uysal, H. / Nandakumar, K.S. / Schneider, G. / Holmdahl, R.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月5日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M2139 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
B: M2139 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
E: J1 EPITOPE
F: J1 EPITOPE
G: J1 EPITOPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5975
ポリマ－58,5975
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9720 Å2
ΔGint-50.5 kcal/mol
Surface area22950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.180, 95.180, 190.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11E
21F
12E
22G
13F
23G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: HYP / End label comp-ID: HYP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROEC11 - 3311 - 33
21PROPROFD11 - 3311 - 33
12PROPROEC11 - 3311 - 33
22PROPROGE11 - 3311 - 33
13GLYGLYFD10 - 3310 - 33
23GLYGLYGE10 - 3310 - 33

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: 抗体 M2139 FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 24689.611 Da / 分子数: 1 / 断片: VH AND CH1 / 由来タイプ: 天然
詳細: HEAVY CHAIN CLEAVED BY PAPAIN, EXACT TERMINI UNCLEAR
由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA (NS0) / 株: DBA/1
#2: 抗体 M2139 FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 23963.469 Da / 分子数: 1 / 断片: VL AND CL / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA (NS0) / 株: DBA/1
#3: タンパク質・ペプチド J1 EPITOPE


分子量: 3314.599 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRIPLE-HELICAL SYNTHETIC PEPTIDE, CHAINS CROSSLINKED AT C-TERMINUS, CONTAINS J1-EPITOPE OF COLLAGEN TYPE II FROM MOUSE FLANKED BY GPO REPEATS
由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P28481*PLUS
配列の詳細THE ANTIBODY UNDERWENT SOMATIC MUTATION SEQUENCE IS LARGELY IDENTICAL WITH THAT OF IGHV1-4 THE ...THE ANTIBODY UNDERWENT SOMATIC MUTATION SEQUENCE IS LARGELY IDENTICAL WITH THAT OF IGHV1-4 THE ANTIBODY UNDERWENT SOMATIC MUTATION SEQUENCE IS LARGELY IDENTICAL WITH THAT OF IGKV3-1 ONE OF THE THREE PEPTIDE CHAINS HAS ADDITIONAL 4 RESIDUES (KKYG) AT THE C-TERMINUS, WHICH CROSSLINKS ALL THREE CHAINS WITH EACH OTHER WE HAVE NO WAY OF KNOWING WHICH OF THE 3 CHAINS E, F OR G IT IS, DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY FOR THE CROSSLINKED END

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.7 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.0, 10 % DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→82.5 Å / Num. obs: 16327 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y5T

2y5t


解像度: 3.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 21.877 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.289 / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONLY ONE OF THE TWO ALTERNATIVE CONFORMATION OF LOOP A158-164 WAS MODELED SEVERAL RESIDUES AT THE C-TERMINUS OF FAB HEAVY AND LIGHT CHAIN ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ONLY ONE OF THE TWO ALTERNATIVE CONFORMATION OF LOOP A158-164 WAS MODELED SEVERAL RESIDUES AT THE C-TERMINUS OF FAB HEAVY AND LIGHT CHAIN AND AT N- AND C-TERMINI OF THE PEPTIDE CHAINS ARE NOT MODELED DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2627 823 5.1 %RANDOM
Rwork0.22175 ---
obs0.22378 15468 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 117.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.42 Å22.42 Å20 Å2
2--2.42 Å20 Å2
3----7.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3770 0 0 0 3770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.9935294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7453.0028147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8075503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77724.348138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.31715576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2071514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.07611.6892027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.06411.6882026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.88617.5032525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.88517.5062526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.79512.1021852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.79312.1041853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.8217.9782770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.78414850
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.78314848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E5900.22
12F5900.22
21E6050.23
22G6050.23
31F6130.2
32G6130.2
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 62 -
Rwork0.378 1097 -
obs--98.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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