[日本語] English
万見
- PDB-4bjm: Crystal structure of the flax-rust effector avrM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bjm
タイトルCrystal structure of the flax-rust effector avrM
要素AVRM
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PLANT DISEASES / IMMUNITY / INNATE / PROTEIN MULTIMERIZATION / PROTEIN BINDING / MEMBRANE TRANSLOCATION / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP VIRULENCE FACTORS
機能・相同性Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1680 / Flax-rust effector AvrM-A / Flax-rust effector AvrM, N-terminal domain / Flax-rust effector AvrM-A / Flax-rust effector AvrM N-terminal domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / AvrM
機能・相同性情報
生物種MELAMPSORA LINI (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ve, T. / Williams, S.J. / Kobe, B.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of the Flax-Rust Effector Avrm Reveal Insights Into the Molecular Basis of Plant-Cell Entry and Effector-Triggered Immunity
著者: Ve, T. / Williams, S.J. / Catanzariti, A.M. / Rafiqi, M. / Rahman, M. / Ellis, J.G. / Hardham, A.R. / Jones, D.A. / Anderson, P.A. / Dodds, P.N. / Kobe, B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Analysis of the C-Terminal Domain of the Flax Rust Effector Protein Avrm.
著者: Ve, T. / Williams, S.J. / Stamp, A. / Valkov, E. / Dodds, P.N. / Anderson, P.A. / Kobe, B.
履歴
登録2013年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AVRM
B: AVRM
C: AVRM
D: AVRM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7005
ポリマ－109,6644
非ポリマー351
水2,270126
1
A: AVRM
B: AVRM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8683
ポリマ－54,8322
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-25.3 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
2
C: AVRM
D: AVRM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8322
ポリマ－54,8322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-11.2 kcal/mol
Surface area24470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.470, 125.610, 128.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
AVRM


分子量: 27416.035 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 46-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MELAMPSORA LINI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MV46
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 1.3 M SODIUM CITRATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95394
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→72.93 Å / Num. obs: 44915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 79.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BJM

4bjm


解像度: 2.6→26.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9231 / SU R Cruickshank DPI: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.358 / SU Rfree Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 2259 5.04 %RANDOM
Rwork0.2093 ---
obs0.2105 44794 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 98.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9565 Å20 Å20 Å2
2--4.3113 Å20 Å2
3----7.2679 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.461 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→26.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7092 0 1 126 7219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.019624HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3583SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes243HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes997HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7176HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion930SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7988SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3016 156 4.81 %
Rwork0.2337 3085 -
all0.237 3241 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7160.05630.72020.7901-0.31470.37930.0012-0.3375-0.17460.00510.095-0.07030.03230.135-0.0962-0.26910.00180.02110.02140.03850.067-2.057524.49590.7601
20-0.5007-0.58551.45860.36932.35070.0466-0.12630.1464-0.5442-0.00240.04770.2275-0.1727-0.04420.0912-0.01390.019-0.10950.0259-0.0529-4.02322.3193-31.6832
30.0864-0.4632-0.91013.03672.17371.45610.01760.0204-0.00830.0587-0.29690.08030.2453-0.25450.2793-0.04110.031-0.0987-0.2062-0.1508-0.1209-9.7806-5.6538-28.3784
40.2298-0.28390.01840.48610.0650.15850.03230.00130.0370.2108-0.015-0.02020.16710.0555-0.01730.17730.0538-0.0611-0.0401-0.1291-0.061113.6886-7.8685-8.0389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る