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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bjm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the flax-rust effector avrM | ||||||
要素 | AVRM | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / PLANT DISEASES / IMMUNITY / INNATE / PROTEIN MULTIMERIZATION / PROTEIN BINDING / MEMBRANE TRANSLOCATION / STRUCTURE-ACTIVITY RELATIONSHIP VIRULENCE FACTORS | ||||||
機能・相同性 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1680 / Flax-rust effector AvrM-A / Flax-rust effector AvrM, N-terminal domain / Flax-rust effector AvrM-A / Flax-rust effector AvrM N-terminal domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / AvrM 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MELAMPSORA LINI (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ve, T. / Williams, S.J. / Kobe, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Structures of the Flax-Rust Effector Avrm Reveal Insights Into the Molecular Basis of Plant-Cell Entry and Effector-Triggered Immunity 著者: Ve, T. / Williams, S.J. / Catanzariti, A.M. / Rafiqi, M. / Rahman, M. / Ellis, J.G. / Hardham, A.R. / Jones, D.A. / Anderson, P.A. / Dodds, P.N. / Kobe, B. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Analysis of the C-Terminal Domain of the Flax Rust Effector Protein Avrm. 著者: Ve, T. / Williams, S.J. / Stamp, A. / Valkov, E. / Dodds, P.N. / Anderson, P.A. / Kobe, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bjm.cif.gz | 363.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bjm.ent.gz | 301.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bjm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bjm_validation.pdf.gz | 454.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bjm_full_validation.pdf.gz | 464.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4bjm_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bjm_validation.cif.gz | 43 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/4bjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/4bjm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27416.035 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 46-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MELAMPSORA LINI (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2MV46 #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 1.3 M SODIUM CITRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95394 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95394 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→72.93 Å / Num. obs: 44915 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 79.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BJM 解像度: 2.6→26.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9231 / SU R Cruickshank DPI: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.358 / SU Rfree Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.243 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 98.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.461 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→26.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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