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万見
- PDB-6erc: Peroxidase A from Dictyostelium discoideum (DdPoxA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6erc
タイトルPeroxidase A from Dictyostelium discoideum (DdPoxA)
要素Peroxinectin A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme peroxidase / modified heme / halide oxidation / antibacterial activity / social amoeba
機能・相同性
機能・相同性情報


Thyroxine biosynthesis / : / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / iodide peroxidase activity / Neutrophil degranulation / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / response to oxidative stress ...Thyroxine biosynthesis / : / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / iodide peroxidase activity / Neutrophil degranulation / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / response to oxidative stress / defense response to bacterium / immune response / heme binding / endoplasmic reticulum / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Peroxinectin A
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.50001845399 Å
データ登録者Nicolussi, A. / Mlynek, G. / Furtmueller, P.G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW1224 オーストリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Secreted heme peroxidase from Dictyostelium discoideum: Insights into catalysis, structure, and biological role.
著者: Nicolussi, A. / Dunn, J.D. / Mlynek, G. / Bellei, M. / Zamocky, M. / Battistuzzi, G. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Soldati, T. / Obinger, C.
履歴
登録2017年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxinectin A
B: Peroxinectin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,88917
ポリマ－117,0752
非ポリマー2,81415
水2,954164
1
A: Peroxinectin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,21410
ポリマ－58,5381
非ポリマー1,6779
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxinectin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6757
ポリマ－58,5381
非ポリマー1,1376
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.253, 128.253, 146.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peroxinectin A


分子量: 58537.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: poxA, DDB_G0277275 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): BG11 / 参照: UniProt: Q6TMK4, peroxidase

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糖 , 2種, 5分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 174分子

#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M BIS-TRIS, pH 5.5, 0.2 M MgSO4, 23.2% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月25日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.672 Å / Num. obs: 48501 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 55.7108172641 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.3149 / Rpim(I) all: 0.1043 / Rrim(I) all: 0.3319 / Net I/σ(I): 7.64
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 4.14 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4813 / CC1/2: 0.298 / Rpim(I) all: 1.395 / Rrim(I) all: 4.372 / % possible all: 99.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.50001845399→48.6716666667 Å / SU ML: 0.508372546101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34082399034 / 位相誤差: 31.6616486608
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256737835507 1189 2.45265893808 %
Rwork0.228062798378 --
obs0.228760684094 48478 99.9525782974 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.3662475869 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.50001845399→48.6716666667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8240 0 182 164 8586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005508470305248669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54672412515311737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03964105915281219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003385542898141552
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.34510039435155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61380.3724505805391430.3921542487715861X-RAY DIFFRACTION99.9666999667
2.6138-2.75160.3955508040521490.3623942766695804X-RAY DIFFRACTION99.9664147775
2.7516-2.9240.3612266053761480.3186451188365891X-RAY DIFFRACTION99.9338077114
2.924-3.14970.3403648011931450.2862986387415833X-RAY DIFFRACTION99.9331327315
3.1497-3.46660.2603242726031500.256295168795919X-RAY DIFFRACTION100
3.4666-3.9680.2489082124811480.2058425758335898X-RAY DIFFRACTION100
3.968-4.99850.2151365697231490.1802504346975944X-RAY DIFFRACTION99.9671862182
4.9985-48.68090.2030036597341570.183888277326139X-RAY DIFFRACTION99.8889417738
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.011965648550.2789981869-0.1251193140941.249860482040.05009023404172.873952466990.01217134715590.003175001555820.03556185689090.0452933399303-0.06956287303750.0655765096214-0.0705372529929-0.2651174026890.05853735935940.3496885536690.02385709182440.001699020245240.3225355673390.004109020711320.35320148164555.108113358-21.6436281166-35.2060820281
22.40927428633-0.4122730145450.7378872555351.7419643595-0.0829807092662.59459085144-0.0158877141644-0.1762716014840.187359046769-0.04691300689490.0001006062148230.15306767313-0.366456989882-0.3327055208720.01517660475210.474400300758-0.0156321840382-0.01118592302030.446748205828-0.03192958727550.40246489245613.3224293384-34.8833071461-19.6537590087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 21 through 531)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 21 through 531)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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