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- PDB-6g9x: Crystal structure of a MFS transporter at 2.54 Angstroem resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g9x
タイトルCrystal structure of a MFS transporter at 2.54 Angstroem resolution
要素Major facilitator superfamily MFS_1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MFS transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


symporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-sulfanylbenzoic acid / L-lactate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Syntrophobacter fumaroxidans
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kalbermatter, D. / Bosshart, P. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Mechanistic basis of L-lactate transport in the SLC16 solute carrier family.
著者: Bosshart, P.D. / Kalbermatter, D. / Bonetti, S. / Fotiadis, D.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major facilitator superfamily MFS_1
B: Major facilitator superfamily MFS_1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,39223
ポリマ－89,5992
非ポリマー4,79221
水362
1
A: Major facilitator superfamily MFS_1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,51613
ポリマ－44,8001
非ポリマー2,71612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Major facilitator superfamily MFS_1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,87610
ポリマ－44,8001
非ポリマー2,0769
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.765, 200.539, 64.561
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質 Major facilitator superfamily MFS_1


分子量: 44799.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Syntrophobacter fumaroxidans (strain DSM 10017 / MPOB) (バクテリア)
遺伝子: Sfum_3364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0LNN5
#5: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-JKE / 2-sulfanylbenzoic acid


分子量: 154.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2S
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.94 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: zinc bromide, HEPES, jeffamine ED-2003

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→53.26 Å / Num. obs: 34625 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 69.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.54 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1731 / CC1/2: 0.594 / Rpim(I) all: 0.7 / Rrim(I) all: 1.7 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJun 1, 2017 (BUILT 20170615データ削減
autoPROC1.0.5 (20170920)データスケーリング
CRANK22.0.153位相決定
BUCCANEER1.6.4モデル構築
Coot0.8.9モデル構築
PHENIX1.13_2998精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→24.79 Å / SU ML: 0.2826 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.7672
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 1996 5.78 %
Rwork0.2175 --
obs0.2196 34558 55.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 80.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5757 0 173 2 5932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00886090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15568265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0597928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.46883374
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.4191170.3923277X-RAY DIFFRACTION6.72
2.36-2.420.3839250.3502396X-RAY DIFFRACTION9.67
2.42-2.50.3793320.3513536X-RAY DIFFRACTION12.92
2.5-2.580.3743450.311725X-RAY DIFFRACTION17.62
2.58-2.670.4014570.3027951X-RAY DIFFRACTION22.97
2.67-2.770.2712720.28991170X-RAY DIFFRACTION28.22
2.77-2.90.3264950.26881539X-RAY DIFFRACTION37.19
2.9-3.050.30111520.26082478X-RAY DIFFRACTION59.21
3.05-3.240.28972010.25183283X-RAY DIFFRACTION79
3.24-3.490.2592500.22024074X-RAY DIFFRACTION97.65
3.49-3.840.22592570.24198X-RAY DIFFRACTION99.87
3.84-4.40.22992580.18744220X-RAY DIFFRACTION100
4.4-5.530.25972620.18484271X-RAY DIFFRACTION100
5.53-24.790.25252730.24364444X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.09141630411-1.78367170956-0.03297330913746.179998738091.195594245462.928340065380.2362429522470.4095309656170.243589572215-1.35340330469-0.5752571213530.3074111475-0.763721474666-0.455627729960.2106882885160.4415140457330.174846214138-0.1581797340710.299707727271-0.06288485630210.12607995689195.885034244330.260934296645.6501047272
26.196060506090.27828042823-0.8886763663316.455602948711.203215435633.127902751190.185892510092-0.614821054774-0.329657412681-0.131038671029-0.0829754602311-1.308723553560.1391772783450.910531918608-0.008781275087910.270402227688-0.007553573682380.0215487190590.5481095047210.03242306918210.410313744399135.60759753123.346998141561.394984587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 420)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 11 through 410)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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