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- PDB-4uqr: Structure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uqr
タイトルStructure of Bacillus subtilis Nitric Oxide Synthase in complex with N-omega-Nitro-L-Arginine
要素NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric-oxide synthase (flavodoxin) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Nitric oxide synthase, oxygenase subunit / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / N-OMEGA-NITRO-L-ARGININE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-PROPANOL / Nitric oxide synthase oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Holden, J.K. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Identification of Redox Partners and Development of a Novel Chimeric Bacterial Nitric Oxide Synthase for Structure Activity Analyses.
著者: Holden, J.K. / Lim, N. / Poulos, T.L.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,59712
ポリマ－41,7871
非ポリマー1,81011
水5,891327
1
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,19424
ポリマ－83,5742
非ポリマー3,61922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-35.6 kcal/mol
Surface area30770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.606, 94.820, 62.892
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2297-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / NOSOXY-LIKE PROTEIN


分子量: 41787.082 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34453, EC: 1.14.13.165

-
非ポリマー , 7種, 338分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-NRG / N-OMEGA-NITRO-L-ARGININE / NNA


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 219.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13N5O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % / 解説: CC ONE HALF 0.812 RPIM 0.509
結晶化pH: 7.6
詳細: 60 MM BIS-TRIS METHANE/40 MM CITRIC ACID PH 7.6, 15% (VOL/VOL) PEG 3350, 1.9% (VOL/VOL) 1-PROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.1271
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→61.41 Å / Num. obs: 50723 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LWA

4lwa


解像度: 1.72→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.277 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. N TERMINAL METHIONINE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19912 2584 5.1 %RANDOM
Rwork0.16805 ---
obs0.16959 48103 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3---2.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 123 327 3391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7651.9814252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.936747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0345361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36324.118153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81715519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2061520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.542.2251449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5222.2231446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3773.3271808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4762.5071690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 169 -
Rwork0.266 3400 -
obs--94.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.47 Å / Origin y: 20.215 Å / Origin z: 22.418 Å
111213212223313233
T0.0212 Å2-0.0158 Å20.0038 Å2-0.0169 Å2-0.0055 Å2--0.0525 Å2
L0.1906 °20.0632 °20.1243 °2-0.6893 °2-0.2145 °2--0.2529 °2
S-0.0485 Å °0.0161 Å °0.0059 Å °-0.0678 Å °0.0694 Å °0.0012 Å °-0.0308 Å °0.0121 Å °-0.0209 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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